216 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_4930 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_5391  outer membrane porin, OprD family  95.75 
 
 		 424 aa  782    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4930  outer membrane porin  100 
 
 		 424 aa  856    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0295  outer membrane porin  71.4 
 
 		 428 aa  589  1e-167  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.258921  normal  0.251301 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28400  outer membrane OprD family porin  69.09 
 
 		 425 aa  584  1e-166  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.136229  hitchhiker  0.00818285 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2476  outer membrane protein  68.85 
 
 		 425 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0294  outer membrane porin  64.46 
 
 		 439 aa  552  1e-156  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4940  outer membrane porin  64.69 
 
 		 439 aa  551  1e-155  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.849665  hitchhiker  0.000000184372 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0268  outer membrane porin  64.01 
 
 		 439 aa  545  1e-154  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00205695 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0284  outer membrane porin  64.01 
 
 		 439 aa  545  1e-154  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.314228  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0064  outer membrane porin  61.79 
 
 		 418 aa  520  1e-146  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0645144  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2190  outer membrane porin  54.14 
 
 		 417 aa  429  1e-119  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0522869  hitchhiker  0.0043507 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1260  outer membrane porin  47.55 
 
 		 425 aa  358  9.999999999999999e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.0000749415  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34040  OprD family outer membrane porin  45.56 
 
 		 431 aa  352  5e-96  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4009  outer membrane porin  44.83 
 
 		 422 aa  335  7e-91  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.246775  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4212  outer membrane porin  44.55 
 
 		 427 aa  329  7e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.861462  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1206  outer membrane porin  44.7 
 
 		 421 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1235  outer membrane porin  44.7 
 
 		 421 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188174  normal  0.966 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4550  basic amino acid/basic peptide/imipenem outer membrane porin OprD  41.24 
 
 		 441 aa  305  7e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.770883  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51880  basic amino acid, basic peptide and imipenem outer membrane porin OprD precursor  42.76 
 
 		 443 aa  301  2e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.286241  normal  0.0103947 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3212  outer membrane porin  41.08 
 
 		 414 aa  282  1e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.341701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1097  outer membrane porin  37.01 
 
 		 446 aa  267  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00000158939  normal  0.0454814 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3987  porin D  37.55 
 
 		 448 aa  256  4e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.286909  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1400  outer membrane porin  39.39 
 
 		 447 aa  248  1e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.248292  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4419  outer membrane porin  38.03 
 
 		 448 aa  238  2e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00507634  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4807  outer membrane porin  35.09 
 
 		 441 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3618  outer membrane porin  35.68 
 
 		 441 aa  233  7.000000000000001e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.088636  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0369  outer membrane porin, OprD family  34.14 
 
 		 441 aa  232  1e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2101  porin  34.76 
 
 		 421 aa  231  2e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.690144  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1925  outer membrane porin  35.76 
 
 		 445 aa  231  2e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0782897 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1171  outer membrane porin  35.09 
 
 		 446 aa  230  4e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00378662  normal  0.540471 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24790  putative outer membrane porin  34.52 
 
 		 421 aa  230  5e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2214  outer membrane porin  35.33 
 
 		 440 aa  229  8e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0154417  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0046  porin, putative  33.77 
 
 		 447 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000582651 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0060  outer membrane porin  33.77 
 
 		 447 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.203485 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0063  outer membrane porin  33.77 
 
 		 447 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000166078 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0060  outer membrane porin  33.77 
 
 		 447 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.360119  hitchhiker  0.00983666 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2708  outer membrane porin  38.27 
 
 		 431 aa  224  2e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.268867 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2054  outer membrane porin  35.54 
 
 		 445 aa  223  6e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.796025  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2343  outer membrane porin, OprD family  36.43 
 
 		 418 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2734  putative porin  34.08 
 
 		 455 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.34191  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32270  putative porin  34.44 
 
 		 448 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1458  outer membrane porin  34.02 
 
 		 421 aa  220  3e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1277  outer membrane porin  35.5 
 
 		 419 aa  220  5e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00224038  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54520  porin  34.29 
 
 		 427 aa  219  7e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0211699  normal  0.223535 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51070  porin  32.5 
 
 		 416 aa  218  1e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000811517 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4340  outer membrane porin  35.2 
 
 		 418 aa  217  4e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00498222  normal  0.156563 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1383  BenF-like porin  35.2 
 
 		 418 aa  216  5e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.435313 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10440  putative porin  35.29 
 
 		 418 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4430  outer membrane porin  34.97 
 
 		 418 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0138033 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2127  outer membrane porin  37.14 
 
 		 418 aa  216  8e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.265599  normal  0.364595 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3077  outer membrane porin  33.87 
 
 		 416 aa  215  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0293927  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08660  benzoate-specific outer membrane porin  33.18 
 
 		 423 aa  214  1.9999999999999998e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3290  outer membrane porin, OprD family  32.52 
 
 		 441 aa  215  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.609631  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0234  outer membrane porin  34 
 
 		 444 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0151017  decreased coverage  0.000172994 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5281  outer membrane porin  35.54 
 
 		 413 aa  213  7e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0258  outer membrane porin  34.15 
 
 		 442 aa  212  7.999999999999999e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.103273  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4765  porin  33.33 
 
 		 427 aa  212  9e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0925937  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22450  OprD family outer membrane porin  34.55 
 
 		 422 aa  211  2e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3451  outer membrane porin  35.59 
 
 		 395 aa  211  2e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.243467 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0953  putative porin  34.47 
 
 		 418 aa  211  2e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1023  outer membrane porin  34.27 
 
 		 417 aa  211  2e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0827168 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0903  outer membrane porin  35.01 
 
 		 422 aa  210  5e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26920  OprD family outer membrane porin  34.83 
 
 		 424 aa  208  1e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.291151  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64720  putative porin  33.65 
 
 		 417 aa  208  1e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.916486  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3764  outer membrane porin  33.33 
 
 		 433 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.522082  normal  0.130801 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48920  outer membrane porin  31.67 
 
 		 422 aa  208  2e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5621  putative porin  33.41 
 
 		 417 aa  207  2e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0224  outer membrane porin  34.69 
 
 		 420 aa  207  3e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.79572 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1999  outer membrane porin  33.72 
 
 		 429 aa  207  3e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00175202 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4392  outer membrane porin  32.21 
 
 		 429 aa  206  5e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.644568 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4356  outer membrane porin  32.8 
 
 		 421 aa  206  5e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3160  outer membrane porin  32.86 
 
 		 418 aa  206  6e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2286  outer membrane porin  35.06 
 
 		 447 aa  206  7e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.197845  normal  0.381133 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1577  outer membrane porin  33.73 
 
 		 417 aa  206  7e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.107742  normal  0.53028 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1339  outer membrane porin  32.57 
 
 		 422 aa  206  7e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.868317  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2103  outer membrane porin  32.95 
 
 		 433 aa  206  9e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325058  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2139  outer membrane porin  33.26 
 
 		 433 aa  205  1e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0667606  hitchhiker  0.0000330448 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2638  outer membrane porin  33.5 
 
 		 410 aa  205  1e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00757787  normal  0.107992 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0249  outer membrane porin  35.03 
 
 		 446 aa  205  1e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00208088  normal  0.123914 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1419  outer membrane porin  31.97 
 
 		 429 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.319007  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4527  outer membrane porin  33.26 
 
 		 424 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.321558  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4302  outer membrane porin  31.97 
 
 		 429 aa  204  3e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188975  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4665  outer membrane porin  34.66 
 
 		 438 aa  204  3e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.109112  normal  0.472139 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2167  outer membrane porin  32.2 
 
 		 417 aa  203  4e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.049218  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17140  outer membrane porin  32.18 
 
 		 405 aa  203  5e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.209334  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2058  outer membrane porin  33.8 
 
 		 417 aa  203  6e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.536728  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38130  OprD family outer membrane porin  34.05 
 
 		 426 aa  202  6e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.764823  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49300  OprD family outer membrane porin  34.37 
 
 		 428 aa  202  9.999999999999999e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.32887  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1054  outer membrane porin, OprD family  33.41 
 
 		 422 aa  202  9.999999999999999e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01240  OprE-like outer membrane porin  31.88 
 
 		 440 aa  202  9.999999999999999e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.464345  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03800  anaerobically-induced outer membrane porin OprE precursor  31.05 
 
 		 463 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.314855  normal  0.413921 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00920  OprD family outer membrane porin  32.87 
 
 		 423 aa  201  1.9999999999999998e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.696381  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3682  outer membrane porin  33.25 
 
 		 417 aa  200  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3121  outer membrane porin  31.94 
 
 		 424 aa  199  6e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1168  outer membrane porin  32.73 
 
 		 442 aa  199  6e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.012931  normal  0.278101 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43830  OprD family outer membrane porin  32.53 
 
 		 444 aa  199  7e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2754  porin, putative  34.29 
 
 		 479 aa  199  7.999999999999999e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2999  outer membrane porin  34.29 
 
 		 449 aa  199  9e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.489331  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31180  OprE-like outer membrane porin  31.32 
 
 		 439 aa  198  1.0000000000000001e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4332  outer membrane porin  32.27 
 
 		 439 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.994922 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>