More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1106 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1106  GntR domain-containing protein  100 
 
 		 251 aa  498  1e-140  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3347  regulatory protein GntR HTH  53.47 
 
 		 255 aa  257  1e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.140801 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2324  regulatory protein  49.26 
 
 		 242 aa  171  9e-42  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.127616  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1447  GntR family transcriptional regulator  41 
 
 		 243 aa  159  5e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.384199 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3635  regulatory protein GntR, HTH  41.38 
 
 		 248 aa  157  1e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0356922  normal  0.468942 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2385  GntR family transcriptional regulator  43.6 
 
 		 259 aa  153  2e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.655367  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4555  regulatory protein GntR HTH  32.6 
 
 		 265 aa  102  6e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1994  GntR domain-containing protein  35.37 
 
 		 268 aa  99.4  5e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.255259  normal  0.0993193 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1795  GntR domain protein  34.06 
 
 		 272 aa  93.6  3e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.02855  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3110  GntR family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 268 aa  93.6  3e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.371117  normal  0.954276 
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4343  GntR family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 246 aa  93.6  3e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1727  GntR domain protein  34.07 
 
 		 273 aa  93.2  4e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  0.000000957079  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1995  GntR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 268 aa  92.8  5e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00626171  normal  0.663234 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3543  GntR family transcriptional regulator  31 
 
 		 242 aa  92.4  6e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2122  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 255 aa  92.4  7e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1157  GntR-like  35.09 
 
 		 252 aa  90.5  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00396004  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1244  GntR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 231 aa  90.1  3e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1996  GntR domain protein  30.43 
 
 		 250 aa  89.7  4e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.482445  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0427  GntR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 277 aa  89  8e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1157  GntR domain protein  31.56 
 
 		 255 aa  88.6  1e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0142  GntR domain protein  31.72 
 
 		 278 aa  88.6  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5532  putative GntR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 267 aa  88.2  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3396  GntR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 238 aa  87  3e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1277  GntR family transcriptional regulator  32 
 
 		 244 aa  87  3e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.460205  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3725  transcriptional regulator NanR  32.63 
 
 		 237 aa  86.7  3e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.235628  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3068  transcriptional regulator NanR  28.27 
 
 		 235 aa  86.7  3e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2876  GntR domain protein  33.03 
 
 		 245 aa  86.3  4e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4413  GntR domain protein  30.13 
 
 		 241 aa  86.3  4e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2197  GntR domain-containing protein  32.89 
 
 		 239 aa  85.5  8e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000963165  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2247  GntR domain protein  33.79 
 
 		 242 aa  85.1  9e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1078  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  33.33 
 
 		 255 aa  84.7  0.000000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0216  GntR domain-containing protein  32.72 
 
 		 235 aa  84.3  0.000000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.613582 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1787  GntR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 239 aa  85.1  0.000000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0160831  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4155  GntR domain-containing protein  33.62 
 
 		 240 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0585899  normal  0.800121 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0753  GntR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 256 aa  84.3  0.000000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3695  regulatory protein GntR, HTH  26.98 
 
 		 241 aa  84.7  0.000000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4435  GntR domain-containing protein  36.96 
 
 		 229 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2589  GntR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 270 aa  84.7  0.000000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000313005  normal  0.0123827 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3293  GntR family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 256 aa  84.7  0.000000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3603  GntR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 254 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.180217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3102  GntR domain-containing protein  32.9 
 
 		 249 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.616915  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2818  GntR domain-containing protein  32.62 
 
 		 249 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325191  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4763  transcriptional regulator NanR  29.49 
 
 		 235 aa  84.3  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.436481  normal  0.284781 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1410  GntR domain protein  30.74 
 
 		 237 aa  84.3  0.000000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.531658 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5531  putative GntR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 303 aa  84  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7371  transcriptional regulator NanR  32.67 
 
 		 260 aa  84.3  0.000000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3324  GntR domain protein  29.67 
 
 		 244 aa  83.2  0.000000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1705  regulatory protein GntR HTH  31.78 
 
 		 256 aa  83.2  0.000000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0259893  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4148  GntR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 246 aa  83.2  0.000000000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4175  GntR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 241 aa  83.2  0.000000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5612  GntR domain protein  30.64 
 
 		 271 aa  83.2  0.000000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.100575  normal  0.179295 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3067  transcriptional regulator NanR  26.97 
 
 		 258 aa  82.4  0.000000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0862108 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2313  GntR domain-containing protein  32.47 
 
 		 249 aa  82.4  0.000000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.146544  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4063  GntR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 242 aa  82.4  0.000000000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0962  GntR domain-containing protein  28.81 
 
 		 270 aa  82.4  0.000000000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.213599  normal  0.953694 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6337  GntR domain-containing protein  31.8 
 
 		 226 aa  82.4  0.000000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.0092025  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0374  transcriptional regulator PdhR  30.3 
 
 		 250 aa  82  0.000000000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.783921  hitchhiker  0.000643873 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4734  GntR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 255 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.315584  hitchhiker  0.00963759 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3405  GntR domain protein  27.48 
 
 		 239 aa  81.3  0.00000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.69353e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1359  GntR family transcriptional regulator  33.62 
 
 		 240 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0317585 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0391  GntR domain-containing protein  30.9 
 
 		 285 aa  81.6  0.00000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.35489  normal  0.643361 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4780  regulatory protein GntR HTH  33.93 
 
 		 259 aa  81.3  0.00000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1590  GntR domain-containing protein  30.87 
 
 		 273 aa  81.3  0.00000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.884635  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0156  GntR domain protein  30.9 
 
 		 230 aa  81.3  0.00000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.108623 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1624  GntR domain-containing protein  38.04 
 
 		 238 aa  81.6  0.00000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.276308  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0986  GntR domain protein  28.81 
 
 		 244 aa  80.9  0.00000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.4902  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4550  transcriptional regulator, GntR family  33.48 
 
 		 249 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4228  transcriptional regulator GntR  33.05 
 
 		 249 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1289  GntR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 253 aa  80.9  0.00000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0823  GntR family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 274 aa  80.5  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.691508  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4074  GntR domain-containing protein  30.08 
 
 		 261 aa  80.9  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4648  transcriptional regulator NanR  29.49 
 
 		 234 aa  80.9  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.462339  normal  0.769273 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5316  GntR domain protein  31.7 
 
 		 239 aa  80.9  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173644  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3305  GntR family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 251 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1321  regulatory protein GntR HTH  28.39 
 
 		 240 aa  81.3  0.00000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  2.57427e-29 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1506  uxu operon transcriptional regulator  31.17 
 
 		 247 aa  80.5  0.00000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1046  GntR domain-containing protein  34.2 
 
 		 253 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0362  GntR domain-containing protein  31.52 
 
 		 261 aa  80.1  0.00000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4735  GntR domain-containing protein  29.22 
 
 		 255 aa  80.1  0.00000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0749  GntR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 236 aa  80.1  0.00000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1310  GntR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 249 aa  80.1  0.00000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.168144  normal  0.307204 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2780  GntR domain-containing protein  31.17 
 
 		 247 aa  80.5  0.00000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4600  GntR domain-containing protein  29.22 
 
 		 255 aa  80.1  0.00000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.487729  normal  0.0576497 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4274  GntR domain protein  35.56 
 
 		 229 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.556367 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3981  GntR domain-containing protein  34.31 
 
 		 233 aa  80.1  0.00000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2703  uxu operon transcriptional regulator  31.17 
 
 		 247 aa  80.5  0.00000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2789  GntR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 241 aa  80.1  0.00000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.061235 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1043  GntR domain-containing protein  34.2 
 
 		 253 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3342  GntR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 246 aa  80.1  0.00000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0346  GntR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 238 aa  79.7  0.00000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0418  transcriptional regulator PdhR  30.3 
 
 		 250 aa  79.7  0.00000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0833  GntR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 272 aa  79.7  0.00000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0464324 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0375  GntR domain protein  30.8 
 
 		 234 aa  80.1  0.00000000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.400874  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3935  transcriptional regulator PdhR  30.3 
 
 		 250 aa  79.7  0.00000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.470057  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0427  transcriptional regulator PdhR  31.17 
 
 		 250 aa  79.7  0.00000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.988139  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3628  GntR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 262 aa  79.7  0.00000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0316  GntR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 262 aa  79.7  0.00000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3600  transcriptional regulator PdhR  31.17 
 
 		 250 aa  79.7  0.00000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.988331  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4055  transcriptional regulator PdhR  30.3 
 
 		 250 aa  79.7  0.00000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0112662  normal  0.466854 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0425  transcriptional regulator PdhR  31.17 
 
 		 250 aa  79.7  0.00000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113174  normal  0.0306695 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>