More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2247 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2247  GntR domain protein  100 
 
 		 242 aa  483  1e-136  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3340  regulatory protein GntR, HTH:GntR-like  84.65 
 
 		 254 aa  412  1e-114  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0714467 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6461  GntR domain protein  42.92 
 
 		 257 aa  169  3e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0712738  hitchhiker  0.00000516822 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5550  putative GntR family transcriptional regulator  40.99 
 
 		 240 aa  154  9e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3534  GntR family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 248 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0913049  normal  0.268016 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4982  GntR domain protein  40.19 
 
 		 229 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2365  GntR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 251 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0740393  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5865  GntR domain-containing protein  39.52 
 
 		 230 aa  122  4e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.119327  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11478  transcriptional regulator, GntR family protein  29.58 
 
 		 233 aa  106  4e-22  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2304  GntR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 233 aa  102  4e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2241  GntR domain protein  28.96 
 
 		 227 aa  97.8  1e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.328409 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3405  GntR domain protein  33.5 
 
 		 239 aa  95.9  5e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.69353e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21660  transcriptional regulator, GntR family  35.35 
 
 		 235 aa  95.9  6e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.716798 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3530  GntR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 247 aa  92.8  4e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0642963  normal  0.159703 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2876  GntR domain protein  34.13 
 
 		 245 aa  92  8e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1428  GntR family transcriptional regulator  32 
 
 		 245 aa  91.7  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138717  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0216  GntR domain-containing protein  34.33 
 
 		 235 aa  90.5  2e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.613582 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1834  GntR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 247 aa  90.5  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0450394  normal  0.0643045 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1205  GntR domain protein  33.01 
 
 		 238 aa  90.1  3e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0725034 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6767  GntR domain protein  31.51 
 
 		 240 aa  89  6e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3247  Uxu operon transcriptional regulator  27.31 
 
 		 249 aa  87.8  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3323  Uxu operon transcriptional regulator  27.31 
 
 		 249 aa  87.8  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.198283  normal  0.784875 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3301  GntR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 249 aa  88.2  1e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0570986 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3428  Uxu operon transcriptional regulator  27.31 
 
 		 249 aa  87.8  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000900091 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1975  GntR domain protein  30.24 
 
 		 233 aa  87.4  2e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.64094  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3331  Uxu operon transcriptional regulator  27.62 
 
 		 249 aa  86.3  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.172597 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2645  GntR domain protein  32.09 
 
 		 254 aa  86.7  4e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3905  GntR domain-containing protein  32.21 
 
 		 235 aa  86.3  4e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3324  GntR domain protein  29.5 
 
 		 244 aa  85.5  6e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0986  GntR domain protein  29.5 
 
 		 244 aa  84.7  0.000000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.4902  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0749  GntR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 236 aa  85.1  0.000000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3125  GntR domain-containing protein  37.25 
 
 		 248 aa  84.3  0.000000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.062959 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1157  GntR domain protein  30.67 
 
 		 255 aa  84.7  0.000000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3026  pyruvate dehydrogenase complex repressor  33.62 
 
 		 255 aa  83.6  0.000000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.509676  normal  0.414999 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2785  GntR domain-containing protein  30.33 
 
 		 258 aa  83.6  0.000000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00845086  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3567  GntR domain-containing protein  32.21 
 
 		 245 aa  84  0.000000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3742  GntR domain-containing protein  34.58 
 
 		 269 aa  83.2  0.000000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2703  uxu operon transcriptional regulator  28.78 
 
 		 247 aa  83.2  0.000000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2780  GntR domain-containing protein  28.78 
 
 		 247 aa  83.2  0.000000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1666  GntR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 255 aa  83.2  0.000000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.115082  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1506  uxu operon transcriptional regulator  28.78 
 
 		 247 aa  83.2  0.000000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1522  GntR domain-containing protein  28.64 
 
 		 245 aa  83.6  0.000000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0133617  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4197  GntR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 255 aa  83.2  0.000000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.675851  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1359  GntR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 240 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0317585 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0753  GntR family transcriptional regulator  32 
 
 		 256 aa  82.8  0.000000000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0554  GntR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 252 aa  82.8  0.000000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00161353  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0020  GntR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 256 aa  82.8  0.000000000000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.321852  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0447  GntR-like  34 
 
 		 264 aa  82  0.000000000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0131  DNA-binding transcriptional repressor LldR  31.56 
 
 		 257 aa  82  0.000000000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2418  GntR domain-containing protein  33.87 
 
 		 238 aa  82  0.000000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.211481 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4155  GntR domain-containing protein  33.83 
 
 		 240 aa  82  0.000000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0585899  normal  0.800121 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1464  GntR domain protein  31.8 
 
 		 249 aa  81.6  0.00000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.232072 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1310  GntR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 249 aa  81.3  0.00000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.168144  normal  0.307204 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2067  GntR domain protein  27.16 
 
 		 252 aa  81.3  0.00000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000610321  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3408  GntR domain protein  33.64 
 
 		 253 aa  80.9  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3731  GntR domain protein  33.64 
 
 		 238 aa  80.9  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3688  GntR domain protein  30.19 
 
 		 248 aa  80.9  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3720  GntR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 222 aa  80.9  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4413  GntR domain protein  27.75 
 
 		 241 aa  80.5  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4908  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  30.1 
 
 		 257 aa  80.1  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.305801  normal  0.0431827 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2607  GntR domain protein  32.52 
 
 		 234 aa  80.1  0.00000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0794563 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1767  GntR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 255 aa  80.1  0.00000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4837  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  30.1 
 
 		 257 aa  80.1  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4861  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  30.1 
 
 		 257 aa  80.1  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.25238 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6525  GntR domain-containing protein  35.8 
 
 		 253 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.223773  normal  0.0260964 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4911  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  30.1 
 
 		 257 aa  80.1  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.460485  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3404  GntR domain protein  29.72 
 
 		 245 aa  80.1  0.00000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000285286  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4761  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  30.1 
 
 		 257 aa  80.1  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.553058 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0356  GntR domain-containing protein  28.9 
 
 		 238 aa  80.1  0.00000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0553  GntR domain protein  34.1 
 
 		 253 aa  79.3  0.00000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4787  GntR domain protein  26.81 
 
 		 249 aa  79.7  0.00000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0496334  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0503  regulatory protein GntR HTH  24.66 
 
 		 228 aa  79.3  0.00000000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.290884  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1362  GntR domain protein  29.29 
 
 		 231 aa  79.3  0.00000000000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.971171  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03578  predicted DNA-binding transcriptional regulator  29.21 
 
 		 229 aa  79.3  0.00000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.753742  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0008  GntR domain protein  29.21 
 
 		 229 aa  79.3  0.00000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4204  galactonate operon transcriptional repressor  29.21 
 
 		 229 aa  79.3  0.00000000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.763278  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03522  hypothetical protein  29.21 
 
 		 229 aa  79.3  0.00000000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.700459  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0008  GntR domain-containing protein  29.21 
 
 		 229 aa  79.3  0.00000000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2815  GntR domain-containing protein  31.73 
 
 		 264 aa  79  0.00000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336695  normal  0.311573 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4884  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 258 aa  79  0.00000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3907  galactonate operon transcriptional repressor  29.21 
 
 		 229 aa  79.3  0.00000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2589  GntR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 255 aa  79.3  0.00000000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00059476 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1098  galactonate operon transcriptional repressor  29.21 
 
 		 229 aa  79.3  0.00000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4060  galactonate operon transcriptional repressor  29.21 
 
 		 229 aa  79.3  0.00000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5347  transcriptional regulator GntR family  29.9 
 
 		 242 aa  79  0.00000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4037  GntR domain protein  30.88 
 
 		 226 aa  78.6  0.00000000000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3872  GntR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 243 aa  78.6  0.00000000000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3977  GntR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 245 aa  78.2  0.0000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.355862  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4851  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  29.61 
 
 		 257 aa  77.8  0.0000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0759  GntR domain protein  30.37 
 
 		 255 aa  77.8  0.0000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.347313  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0393  GntR domain protein  29.35 
 
 		 238 aa  77  0.0000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0527  GntR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 252 aa  77  0.0000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0000211713  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0306  FCD domain-containing protein  27.12 
 
 		 228 aa  77  0.0000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.438434  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1996  GntR domain protein  31.02 
 
 		 250 aa  77  0.0000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.482445  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1597  GntR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 252 aa  77  0.0000000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00340794  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2188  GntR domain-containing protein  31.48 
 
 		 240 aa  77.8  0.0000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.030411  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3466  GntR domain protein  29.67 
 
 		 255 aa  77.8  0.0000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0138  GntR domain-containing protein  28.91 
 
 		 268 aa  77.4  0.0000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00000290412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4789  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  29.61 
 
 		 257 aa  76.6  0.0000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1831  transcriptional regulator, GntR family  28.32 
 
 		 239 aa  76.6  0.0000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.185738  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>