More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0170 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0170  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  100 
 
 		 550 aa  1117    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3751  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  52.57 
 
 		 556 aa  527  1e-148  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0544  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  52.74 
 
 		 567 aa  517  1.0000000000000001e-145  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4576  MSHA biogenesis protein MshL  49.73 
 
 		 609 aa  513  1e-144  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4417  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  52.17 
 
 		 562 aa  513  1e-144  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0389  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  50.99 
 
 		 563 aa  513  1e-144  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3663  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  55.9 
 
 		 561 aa  513  1e-144  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0560  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  52.21 
 
 		 558 aa  512  1e-144  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3486  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  55.69 
 
 		 561 aa  511  1e-143  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.552648  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0466  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  55.69 
 
 		 561 aa  510  1e-143  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.142109  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0484  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  52.02 
 
 		 559 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0505  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  52.39 
 
 		 559 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0454  MSHA biogenesis protein MshL  49.91 
 
 		 561 aa  503  1e-141  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3347  type II and III secretion system protein  53 
 
 		 549 aa  503  1e-141  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.292077  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3768  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  52.41 
 
 		 556 aa  504  1e-141  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4112  MSHA biogenesis protein MshL  54.77 
 
 		 560 aa  499  1e-140  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3835  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  51.65 
 
 		 559 aa  500  1e-140  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.139484  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0508  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  51.65 
 
 		 559 aa  500  1e-140  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00251  putative Mannose-sensitive agglutinin (MSHA) biogenesis protein MshL (pilus type IV)  46.65 
 
 		 569 aa  497  1e-139  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0469  type IV pilus, mannose-sensitive hemagglutinin D (MSHD)  48.35 
 
 		 546 aa  466  9.999999999999999e-131  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00341212  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03698  hypothetical protein  47.04 
 
 		 544 aa  463  1e-129  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002368  MSHA biogenesis protein MshL  48.82 
 
 		 530 aa  457  1e-127  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2820  MSHA biogenesis protein MshL  45.17 
 
 		 559 aa  438  1e-121  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0385  type II and III secretion system protein  45.28 
 
 		 537 aa  432  1e-120  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.16862  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1135  MSHA biogenesis protein MshL  45 
 
 		 543 aa  419  1e-116  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00664047  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0753  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  43.69 
 
 		 572 aa  390  1e-107  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.22971  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0764  general secretion pathway protein D  38.27 
 
 		 554 aa  334  2e-90  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.0000564128  normal  0.152478 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0329  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  36.8 
 
 		 538 aa  332  8e-90  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.683129  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3332  type II and III secretion system protein  37.9 
 
 		 614 aa  330  4e-89  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.449777  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0893  type II and III secretion system secretin  36.04 
 
 		 585 aa  327  4.0000000000000003e-88  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3096  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  39.56 
 
 		 577 aa  315  9.999999999999999e-85  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0887  type II and III secretion system protein  29.19 
 
 		 625 aa  185  2.0000000000000003e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0606978  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1007  type II and III secretion system protein  29.25 
 
 		 512 aa  182  2e-44  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1227  PP family ATPase  26.91 
 
 		 508 aa  169  1e-40  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0109  type II and III secretion system protein  28.6 
 
 		 547 aa  163  6e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.379094  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1968  type II and III secretion system protein  27.48 
 
 		 506 aa  162  2e-38  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.150823  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0076  type II and III secretion system protein  27.83 
 
 		 539 aa  159  1e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0549  putative Type II secretory pathway component PulD  27.99 
 
 		 581 aa  155  2e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1384  type II and III secretion system protein  27.41 
 
 		 563 aa  152  1e-35  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.157655  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3405  type II and III secretion system protein  26.79 
 
 		 594 aa  151  3e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1343  Type II secretory pathway component PulD-like  26.17 
 
 		 546 aa  150  9e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.255385  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1036  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  25.16 
 
 		 506 aa  149  1.0000000000000001e-34  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1647  general secretory pathway protein D  26.4 
 
 		 470 aa  148  3e-34  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.948115  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1821  general secretory pathway protein D  26.64 
 
 		 470 aa  148  3e-34  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.533467  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1467  general secretory pathway protein D  26.17 
 
 		 470 aa  147  5e-34  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3259  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  23.33 
 
 		 830 aa  145  1e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0701174 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0390  putative type II protein secretion system D protein CtsD  24.82 
 
 		 463 aa  142  1.9999999999999998e-32  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0639  type II and III secretion system protein  25.16 
 
 		 569 aa  141  3e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1056  type II and III secretion system protein  24.3 
 
 		 541 aa  140  4.999999999999999e-32  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  decreased coverage  0.0036675  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0928  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  29.51 
 
 		 574 aa  136  9.999999999999999e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0351042  normal  0.287685 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2771  general secretion pathway protein D  34.14 
 
 		 686 aa  122  9.999999999999999e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.662007  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3307  general secretion pathway protein D  31.76 
 
 		 763 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.335208  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0097  general secretion pathway protein D  31.48 
 
 		 662 aa  112  2.0000000000000002e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.395857  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1470  general secretion pathway protein D  30.1 
 
 		 714 aa  112  2.0000000000000002e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0676  type IV pilus secretin PilQ  26.14 
 
 		 712 aa  110  7.000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0513827 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2923  type II and III secretion system protein  25.44 
 
 		 710 aa  109  2e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0785  type II and III secretion system protein  24.9 
 
 		 717 aa  108  2e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.113168  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3403  type IV pilus secretin PilQ  24.85 
 
 		 726 aa  108  2e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.613607 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1299  general secretion pathway protein D  29.97 
 
 		 716 aa  108  3e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0031  general secretion pathway protein D  32.73 
 
 		 794 aa  106  8e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.412275  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3529  general secretion pathway protein D  29.67 
 
 		 740 aa  106  1e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1309  general secretion pathway protein D  29.81 
 
 		 819 aa  106  1e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0418049  normal  0.0430257 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1175  general secretion pathway protein D  31.32 
 
 		 797 aa  105  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.217594  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1412  general secretion pathway protein D  28.38 
 
 		 640 aa  105  3e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2860  general secretion pathway protein D  29.93 
 
 		 640 aa  104  3e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0667  general secretion pathway protein D  29.62 
 
 		 781 aa  104  3e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.509623 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3141  type II and III secretion system protein:NolW-like  30.3 
 
 		 776 aa  104  4e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.529282  normal  0.96586 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2173  general secretion pathway protein D  30.46 
 
 		 745 aa  104  4e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0646  general secretion pathway protein D  29.27 
 
 		 781 aa  103  6e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255398  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2924  general secretion pathway protein D  28.39 
 
 		 675 aa  103  9e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1000  type IV pilus secretin PilQ  24.33 
 
 		 715 aa  103  1e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4251  general secretion pathway protein D  28.57 
 
 		 660 aa  103  1e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0106048 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3658  general secretion pathway protein D  30.45 
 
 		 793 aa  102  1e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0279  type IV pilus secretin PilQ  27.27 
 
 		 710 aa  102  2e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.881103 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0735  fimbrial assembly protein PilQ, putative  23.79 
 
 		 784 aa  101  4e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0883  type IV pilus secretin PilQ  23.79 
 
 		 784 aa  101  4e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.126317  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3247  general secretion pathway protein GspD  29.86 
 
 		 686 aa  100  6e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3315  general secretion pathway protein D  26.15 
 
 		 696 aa  100  8e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02838  GspD, hypothetical type II secretion protein  29.33 
 
 		 686 aa  99  2e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000664316  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02788  hypothetical protein  29.33 
 
 		 686 aa  99  2e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000655056  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3138  general secretion pathway protein D  29.33 
 
 		 686 aa  98.6  2e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3427  general secretion pathway protein D  29.33 
 
 		 686 aa  98.6  2e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5697  general secretion pathway protein D  30.6 
 
 		 787 aa  99.4  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0549216 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0678  general secretion pathway protein D  28.48 
 
 		 720 aa  98.2  3e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00783707  decreased coverage  0.00018208 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2028  general secretion pathway protein D  31.64 
 
 		 658 aa  98.2  3e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.547904  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0683  general secretion pathway protein D  31.54 
 
 		 641 aa  98.2  3e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00528314  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3136  general secretion pathway protein D  29.9 
 
 		 736 aa  97.8  4e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.81817  hitchhiker  0.003504 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23970  general secretion pathway protein D  31.78 
 
 		 658 aa  97.8  4e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.598956  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0609  general secretion pathway protein D  27.94 
 
 		 635 aa  97.4  5e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.73081e-17 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0761  general secretion pathway protein D  30.04 
 
 		 833 aa  97.4  6e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000306489  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0542  type II and III secretion system protein  29.93 
 
 		 702 aa  97.4  6e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001892  general secretion pathway protein D/type II secretion outermembrane pore forming protein (PulD)  26.69 
 
 		 672 aa  97.4  6e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1004  general secretion pathway protein D  27.56 
 
 		 640 aa  97.1  7e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2459  type II/III secretion system protein  31.07 
 
 		 492 aa  97.1  8e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.478191  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0231  general secretion pathway protein D  28.16 
 
 		 689 aa  96.7  9e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3519  general secretion pathway protein D  29.33 
 
 		 654 aa  96.7  1e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0147755  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0336  type II secretion system protein  31.07 
 
 		 482 aa  96.3  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.377207  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0214  type II and III secretion system secretin  31.29 
 
 		 715 aa  96.3  1e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00866012  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1680  type II/III secretion system protein  31.07 
 
 		 482 aa  96.3  1e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.427555  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3269  general secretion pathway protein D  27.56 
 
 		 640 aa  96.7  1e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000207036  hitchhiker  0.00000000000000178028 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>