165 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2627 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2627  hypothetical protein  100 
 
 		 1206 aa  2421    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4071  hypothetical protein  82.08 
 
 		 1208 aa  1982    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000209226 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3221  type VI secretion protein IcmF  86.63 
 
 		 1194 aa  2040    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.79348  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0399  type VI secretion protein IcmF  34.67 
 
 		 1177 aa  649    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0326  putative lipoprotein  34.67 
 
 		 1177 aa  649    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3720  Fis family transcriptional regulator  38.94 
 
 		 1194 aa  795    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2516  type VI secretion protein IcmF  36.36 
 
 		 1187 aa  835    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0016  hypothetical protein  39.3 
 
 		 1008 aa  746    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2130  ImcF domain-containing protein  96.93 
 
 		 1206 aa  2300    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1209  ImcF domain-containing protein  36.48 
 
 		 1182 aa  783    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.177502  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3242  type VI secretion protein IcmF  34.33 
 
 		 1165 aa  631  1e-179  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.748769  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2794  type VI secretion protein IcmF  34.55 
 
 		 1165 aa  618  1e-175  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1083  type VI secretion protein IcmF  34.08 
 
 		 1165 aa  615  9.999999999999999e-175  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.199978  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0226  hypothetical protein  33.67 
 
 		 1174 aa  577  1.0000000000000001e-163  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0228  hypothetical protein  33.83 
 
 		 1174 aa  579  1.0000000000000001e-163  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.164141  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0057  ImcF domain-containing protein  34.16 
 
 		 1205 aa  570  1e-161  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1099  type VI secretion protein IcmF  33.9 
 
 		 1153 aa  562  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1218  hypothetical protein  33.9 
 
 		 1153 aa  561  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.19667 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0148  hypothetical protein  27.93 
 
 		 1176 aa  356  2e-96  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.201488  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00910  hypothetical protein  27.44 
 
 		 1102 aa  336  1e-90  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.617351  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2316  ImcF domain-containing protein  26.82 
 
 		 1171 aa  332  2e-89  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00185575  hitchhiker  0.000165437 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1522  hypothetical protein  25.04 
 
 		 1181 aa  330  9e-89  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.29104 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2554  hypothetical protein  27.93 
 
 		 1168 aa  322  3.9999999999999996e-86  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.024238  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000016  IcmF-related protein  24.3 
 
 		 1172 aa  316  1.9999999999999998e-84  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0516  type VI secretion protein IcmF  26.74 
 
 		 1199 aa  304  5.000000000000001e-81  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5577  hypothetical protein  26.91 
 
 		 1179 aa  293  2e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1473  ImcF domain-containing protein  25.91 
 
 		 1209 aa  292  3e-77  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5418  hypothetical protein  27.4 
 
 		 1192 aa  289  2e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3000  ImcF domain-containing protein  25.29 
 
 		 1212 aa  287  9e-76  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4057  type VI secretion protein IcmF  27.51 
 
 		 1220 aa  286  2.0000000000000002e-75  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000260588 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0140  ImcF/SciS family protein  25.39 
 
 		 1302 aa  278  4e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1610  SciS protein  25.32 
 
 		 1302 aa  276  1.0000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.17347  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0163  ImcF/SciS family protein  25.32 
 
 		 1302 aa  276  1.0000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.136069  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2373  ImcF domain-containing protein  24.57 
 
 		 1182 aa  275  3e-72  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.720279  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2965  ImcF-related protein  26.29 
 
 		 1209 aa  275  6e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.449228  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2840  ImcF-related protein  26.29 
 
 		 1209 aa  275  6e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0399  putative lipoprotein  26.29 
 
 		 1209 aa  274  8.000000000000001e-72  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.196026  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1593  putative lipoprotein  26.29 
 
 		 1209 aa  274  8.000000000000001e-72  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.736034  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1778  putative lipoprotein  26.29 
 
 		 1209 aa  274  8.000000000000001e-72  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0448  ImcF-related protein  26.29 
 
 		 1209 aa  274  8.000000000000001e-72  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1204  SciS protein  26.27 
 
 		 1209 aa  273  1e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.263659  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3022  type VI secretion protein IcmF  25.9 
 
 		 1302 aa  272  2e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0104  ImcF domain-containing protein  25.88 
 
 		 1179 aa  270  8.999999999999999e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26710  hypothetical protein  26.69 
 
 		 1205 aa  268  5e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0957907  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0254  putative lipoprotein  26.14 
 
 		 1209 aa  268  5.999999999999999e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.452905  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0213  type VI secretion protein IcmF  24.62 
 
 		 1211 aa  264  8e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1592  hypothetical protein  25.86 
 
 		 1208 aa  264  8.999999999999999e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.727557  normal  0.457538 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0127  putative lipoprotein  25.18 
 
 		 1302 aa  262  3e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0534605  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3603  hypothetical protein  26.78 
 
 		 1175 aa  257  9e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.269333  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6679  type VI secretion protein IcmF  25.2 
 
 		 1302 aa  255  3e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.79071  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3846  type VI secretion protein IcmF  24.65 
 
 		 1218 aa  249  2e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0318709  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42900  hypothetical protein  26.23 
 
 		 1175 aa  247  9.999999999999999e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.376126 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2453  ImcF domain-containing protein  24.7 
 
 		 1176 aa  241  5e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.322795  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2352  type VI secretion protein IcmF  24.58 
 
 		 1181 aa  241  8e-62  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00250  SciS protein  26.51 
 
 		 1152 aa  239  3e-61  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3048  type VI secretion protein IcmF  25.75 
 
 		 1204 aa  237  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05857  hypothetical protein  22.65 
 
 		 1129 aa  234  1e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000435  IcmF-related protein  22.48 
 
 		 1130 aa  231  6e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.127342  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6041  IcmF family protein  23.58 
 
 		 1164 aa  231  7e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.693404  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6108  type VI secretion protein IcmF  24.08 
 
 		 1348 aa  228  5.0000000000000005e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.916616 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2464  type VI secretion protein IcmF  24.24 
 
 		 1207 aa  227  8e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0934  type VI secretion protein IcmF  23.71 
 
 		 1329 aa  226  2e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04696  ImcF-related family  23.23 
 
 		 1230 aa  226  2e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.00810675  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3035  ImcF-related  24.56 
 
 		 1157 aa  224  8e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.393455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3485  ImcF domain-containing protein  24.63 
 
 		 1365 aa  224  9e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.547503 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1673  type VI secretion protein IcmF  23.52 
 
 		 1268 aa  223  9.999999999999999e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0143992 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2881  type VI secretion protein IcmF  24.96 
 
 		 1148 aa  221  6e-56  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0619949 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2085  putative membrane protein, SciS/IcmF-like  24.55 
 
 		 1365 aa  219  2.9999999999999998e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.842355 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2188  hypothetical protein  22.22 
 
 		 1270 aa  209  2e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0992  hypothetical protein  24.58 
 
 		 1369 aa  202  3e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.894672  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2811  hypothetical protein  21.55 
 
 		 1195 aa  199  3e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3182  type VI secretion protein IcmF  24.88 
 
 		 1317 aa  196  3e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0388038 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3922  type VI secretion protein IcmF  23.9 
 
 		 1366 aa  193  2e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.298439  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4923  type VI secretion protein IcmF  21.52 
 
 		 1288 aa  189  2e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.163369 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1823  hypothetical protein  24.18 
 
 		 1332 aa  186  2.0000000000000003e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2088  ImcF domain-containing protein  25.78 
 
 		 1175 aa  185  3e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2954  ImcF-like family protein  21.75 
 
 		 1301 aa  178  5e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.858657  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0323  type VI secretion protein IcmF  23.28 
 
 		 1289 aa  175  3.9999999999999995e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0318  type VI secretion protein IcmF  23.57 
 
 		 1289 aa  174  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.277614 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0311  type VI secretion protein IcmF  23.23 
 
 		 1289 aa  174  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00685526 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0306  SciS protein  23.23 
 
 		 1289 aa  172  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.422511 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1373  hypothetical protein  22.09 
 
 		 1275 aa  169  2.9999999999999998e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1485  type VI secretion protein IcmF  22.09 
 
 		 1275 aa  169  2.9999999999999998e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1885  ImcF-like family protein  23.62 
 
 		 1164 aa  159  3e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0217268  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0524  hypothetical protein  22.16 
 
 		 973 aa  157  1e-36  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0327  ImcF/SciS family protein  24.35 
 
 		 1358 aa  156  2e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0500  hypothetical protein  21.82 
 
 		 973 aa  155  4e-36  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1689  SciS protein  24.25 
 
 		 1358 aa  155  5e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.79205  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3487  hypothetical protein  29.46 
 
 		 1173 aa  144  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.883094  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3090  OmpA domain-containing protein  26.64 
 
 		 831 aa  141  7e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2633  OmpA/MotB domain-containing protein  26.64 
 
 		 831 aa  141  7e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1937  type VI secretion protein IcmF  21.73 
 
 		 1150 aa  140  1e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.502152  normal  0.887242 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2262  ImcF-related  27.14 
 
 		 1335 aa  137  9.999999999999999e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.295752  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2260  OmpA/MotB  25.95 
 
 		 830 aa  136  1.9999999999999998e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2775  OmpA/MotB domain-containing protein  27.31 
 
 		 831 aa  137  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.414663  normal  0.366632 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2499  OmpA/MotB domain-containing protein  26.73 
 
 		 831 aa  135  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.306062  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4962  hypothetical protein  27.29 
 
 		 1310 aa  133  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3421  hypothetical protein  23.15 
 
 		 1164 aa  132  6e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3550  type VI secretion protein IcmF  22.6 
 
 		 1164 aa  129  2.0000000000000002e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.267985  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3131  ImcF domain-containing protein  25.28 
 
 		 1173 aa  128  7e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  unclonable  0.00864499  normal  0.238793 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>