More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_0270 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_04062  type I site-specific restriction-modification system, R (restriction) subunit  64.14 
 
 		 796 aa  1065    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0270  DEAD/DEAH box helicase  100 
 
 		 790 aa  1625    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.113163  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3028  hypothetical protein  43.51 
 
 		 796 aa  647    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.194288  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2499  DEAD/DEAH box helicase-like  42.79 
 
 		 793 aa  640    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0539678  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0785  EcoEI R domain-containing protein  65.91 
 
 		 791 aa  1078    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.519017  normal  0.352411 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20230  EcoEI R domain protein  43.91 
 
 		 770 aa  634  1e-180  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.601124  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6047  type I restriction-modification system subunit R  42.57 
 
 		 788 aa  627  1e-178  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.494965  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0352  EcoEI R domain-containing protein  43.46 
 
 		 791 aa  628  1e-178  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1255  DEAD/DEAH box helicase  41.32 
 
 		 811 aa  612  9.999999999999999e-175  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.171092  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4740  type I restriction-modification system, R subunit  41.72 
 
 		 787 aa  607  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00141278 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3273  hypothetical protein  41.26 
 
 		 776 aa  606  9.999999999999999e-173  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.246841 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4614  EcoEI R domain-containing protein  41.93 
 
 		 790 aa  607  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000837819 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1416  EcoEI R domain protein  43.14 
 
 		 800 aa  603  1.0000000000000001e-171  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2867  EcoEI R domain-containing protein  41.43 
 
 		 821 aa  600  1e-170  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1134  EcoEI R domain-containing protein  43.13 
 
 		 780 aa  600  1e-170  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.122502  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3086  Type I site-specific deoxyribonuclease  41.95 
 
 		 813 aa  597  1e-169  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.461628  normal  0.442211 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1234  type III restriction enzyme, res subunit  41.18 
 
 		 829 aa  597  1e-169  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0503  EcoEI R domain-containing protein  41.45 
 
 		 824 aa  594  1e-168  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000156579  normal  0.0688429 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1976  EcoEI R domain-containing protein  41.23 
 
 		 825 aa  594  1e-168  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.411939  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5861  type III restriction enzyme domain protein  41.6 
 
 		 810 aa  593  1e-168  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02070  type I restriction enzyme EcoAI R protein  41.56 
 
 		 793 aa  587  1e-166  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4882  type I restriction enzyme EcoEI R protein  41.44 
 
 		 809 aa  583  1.0000000000000001e-165  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1475  type I restriction-modification system, R subunit  41.04 
 
 		 761 aa  578  1.0000000000000001e-163  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3225  EcoEI R domain-containing protein  41.05 
 
 		 815 aa  575  1.0000000000000001e-162  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.376811  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3535  hypothetical protein  41.05 
 
 		 815 aa  574  1.0000000000000001e-162  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.115476  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1895  EcoEI R domain-containing protein  41.57 
 
 		 780 aa  575  1.0000000000000001e-162  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0749811  hitchhiker  0.00699891 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1283  EcoEI R domain-containing protein  40.86 
 
 		 765 aa  571  1e-161  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2618  EcoEI R domain-containing protein  40.36 
 
 		 817 aa  566  1e-160  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0707543 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1193  EcoEI R domain protein  39.81 
 
 		 827 aa  559  1e-158  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.325861  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0832  EcoEI R domain protein  40.85 
 
 		 784 aa  556  1e-157  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.916446  normal  0.633032 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0683  type I restriction-modification system, R subunit  40.85 
 
 		 784 aa  556  1e-157  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1309  EcoEI R domain-containing protein  40.33 
 
 		 824 aa  554  1e-156  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0824  EcoEI R domain-containing protein  39.33 
 
 		 783 aa  535  1e-150  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4457  EcoEI R domain protein  40.05 
 
 		 771 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2990  EcoEI R domain protein  36.31 
 
 		 875 aa  488  1e-136  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1575  type I restriction-modification system, R subunit  38.07 
 
 		 760 aa  482  1e-134  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1537  type III restriction protein res subunit  39.03 
 
 		 776 aa  481  1e-134  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0731  type III restriction enzyme, res subunit  36.18 
 
 		 899 aa  482  1e-134  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0226  type III restriction protein res subunit  37.82 
 
 		 760 aa  476  1e-133  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3568  type III restriction protein res subunit  37.89 
 
 		 802 aa  469  1.0000000000000001e-131  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.427174  n/a   
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5278  type III restriction protein res subunit  36.31 
 
 		 899 aa  471  1.0000000000000001e-131  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0344  type I restriction-modification system, R subunit  36.35 
 
 		 770 aa  466  9.999999999999999e-131  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.00000108762  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0616  Type I site-specific deoxyribonuclease  37.95 
 
 		 783 aa  464  1e-129  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2656  EcoEI R domain protein  37.49 
 
 		 811 aa  453  1.0000000000000001e-126  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1018  type III restriction enzyme, res subunit  35.8 
 
 		 769 aa  449  1.0000000000000001e-124  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0810  DEAD/DEAH box helicase-like  35.32 
 
 		 797 aa  442  9.999999999999999e-123  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.135985  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1637  Type I site-specific deoxyribonuclease  36.61 
 
 		 804 aa  432  1e-119  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.000133951  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0150  type III restriction enzyme, res subunit  33.86 
 
 		 860 aa  421  1e-116  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2892  type III restriction protein res subunit  42.68 
 
 		 583 aa  410  1e-113  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1258  type III restriction protein res subunit  33.6 
 
 		 787 aa  317  6e-85  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.377183  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2088  EcoEI R domain protein  32.49 
 
 		 546 aa  259  2e-67  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000340083 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1171  type III restriction enzyme, res subunit  29.12 
 
 		 912 aa  178  3e-43  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.145829  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0725  type III restriction protein res subunit  30.46 
 
 		 1005 aa  169  2e-40  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.147192 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0388  type III restriction protein res subunit  29.36 
 
 		 907 aa  159  2e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000267171 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0803  type III restriction enzyme, res subunit  29.78 
 
 		 1137 aa  157  1e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.874877  normal  0.710753 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3202  type III restriction protein res subunit  28.84 
 
 		 1133 aa  152  2e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3537  type III restriction enzyme, res subunit  29.15 
 
 		 1130 aa  152  2e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.244688  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2422  type III restriction enzyme, res subunit  29.68 
 
 		 1119 aa  152  2e-35  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.567699  normal  0.274661 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0160  type III restriction enzyme, res subunit  28.72 
 
 		 1137 aa  152  3e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0444998  normal  0.740458 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04216  endonuclease R  28.62 
 
 		 1170 aa  150  7e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0516  type I restriction-modification system R subunit (endonuclease)  29.98 
 
 		 1115 aa  149  2.0000000000000003e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1993  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  26.37 
 
 		 1082 aa  149  3e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.000937848  normal  0.215415 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1094  type III restriction enzyme, res subunit  28.2 
 
 		 945 aa  148  5e-34  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.5514  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1670  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  29.05 
 
 		 1169 aa  146  2e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.225795  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4932  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  28.17 
 
 		 1169 aa  145  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0902  Type I site-specific restriction-modification system, R (restriction) subunit related helicase  28.18 
 
 		 1113 aa  145  4e-33  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.164801  hitchhiker  0.00000563993 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0197  type III restriction protein res subunit  29.32 
 
 		 1125 aa  142  1.9999999999999998e-32  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000621753 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1025  type III restriction enzyme, res subunit  27.33 
 
 		 753 aa  142  1.9999999999999998e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1062  type III restriction enzyme, res subunit  28.42 
 
 		 1138 aa  142  3e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1238  hypothetical protein  28.6 
 
 		 1131 aa  142  3e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3601  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  27.86 
 
 		 1137 aa  141  3.9999999999999997e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1456  type III restriction protein res subunit  28.72 
 
 		 932 aa  140  7.999999999999999e-32  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1098  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  27.11 
 
 		 1124 aa  140  7.999999999999999e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2026  type III restriction enzyme, res subunit  27.43 
 
 		 1138 aa  140  7.999999999999999e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000476841 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3651  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  27.3 
 
 		 1126 aa  139  2e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.408969 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3004  type III restriction protein res subunit  28.62 
 
 		 1129 aa  138  4e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.385036  normal  0.0400425 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1432  type III restriction protein, res subunit  27.56 
 
 		 1108 aa  138  4e-31  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1128  type III restriction enzyme, res subunit  28.57 
 
 		 932 aa  138  4e-31  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0840  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  27.65 
 
 		 1068 aa  137  9e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.473643  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03609  Type I site-specific restriction-modification system, R (restriction) subunit and related helicase  29.05 
 
 		 1141 aa  136  9.999999999999999e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4243  type III restriction protein res subunit  27.06 
 
 		 933 aa  136  1.9999999999999998e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3175  type III restriction protein res subunit  27.59 
 
 		 1115 aa  135  3e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1672  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  26.7 
 
 		 1080 aa  134  5e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4190  type III restriction protein res subunit  28.79 
 
 		 1233 aa  133  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1523  DEAD/DEAH box helicase-like  26.76 
 
 		 936 aa  132  2.0000000000000002e-29  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0843  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  27.95 
 
 		 1068 aa  132  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.76009e-28 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2724  type III restriction protein res subunit  27.4 
 
 		 936 aa  131  4.0000000000000003e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1034  type III restriction protein res subunit  28.6 
 
 		 1126 aa  130  9.000000000000001e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0485696  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2877  type III restriction protein res subunit  27.93 
 
 		 1137 aa  127  1e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4808  type III restriction enzyme, res subunit  28.11 
 
 		 1137 aa  126  2e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.564367  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4712  type III restriction enzyme, res subunit  26.68 
 
 		 1137 aa  125  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0129  type III restriction protein res subunit  26.26 
 
 		 846 aa  124  9.999999999999999e-27  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.042937  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02066  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  25.81 
 
 		 1157 aa  123  9.999999999999999e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3671  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  29.95 
 
 		 1174 aa  120  7.999999999999999e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0896  type III restriction enzyme, res subunit  26.06 
 
 		 845 aa  119  1.9999999999999998e-25  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2747  type I restriction-modification system, R subunit  25.23 
 
 		 934 aa  115  2.0000000000000002e-24  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.504328  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4267  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  27.26 
 
 		 1188 aa  116  2.0000000000000002e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0087  type III restriction enzyme, res subunit  24.11 
 
 		 925 aa  115  3e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.517588  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2096  type III restriction protein res subunit  30.38 
 
 		 889 aa  114  5e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1406  type III restriction protein res subunit  27.55 
 
 		 848 aa  114  7.000000000000001e-24  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>