116 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_0087 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008699  Noca_0087  CdaR family transcriptional regulator  100 
 
 
383 aa  740  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.39788  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0645  transcriptional regulator, CdaR  38.24 
 
 
383 aa  182  8e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.867737 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1423  putative transcriptional regulator, PucR family  35.77 
 
 
374 aa  137  3e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.130403  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3098  transcriptional regulator, CdaR  34.92 
 
 
361 aa  136  5e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.102834  normal  0.987358 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3341  transcriptional regulator, CdaR  31.83 
 
 
442 aa  129  9e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  hitchhiker  0.00355427  normal  0.121682 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1512  transcriptional regulator CdaR  34.66 
 
 
375 aa  129  9e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.428477  normal  0.947433 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3926  putative transcriptional regulator, PucR family  31.01 
 
 
399 aa  114  3e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00603602 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4405  transcriptional regulator, CdaR  35.71 
 
 
402 aa  82.8  1e-14  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5594  PucR family transcriptional regulator  20.05 
 
 
410 aa  80.9  3e-14  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4484  putative transcriptional regulator, PucR family  48.54 
 
 
365 aa  74.3  3e-12  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.402234  normal  0.125133 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1946  putative DNA-binding protein  28.54 
 
 
514 aa  74.3  3e-12  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2290  transcriptional regulator, CdaR  38.53 
 
 
403 aa  74.3  3e-12  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0424892 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3511  putative transcriptional regulator, PucR family  22 
 
 
411 aa  73.9  5e-12  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3379  putative transcriptional regulator, PucR family  20.64 
 
 
412 aa  70.5  4e-11  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.670117  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2125  CdaR family transcriptional regulator  24.38 
 
 
553 aa  63.5  5e-09  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4011  transcriptional regulator  34.26 
 
 
406 aa  63.2  7e-09  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0948  transcriptional regulator, CdaR  34.07 
 
 
436 aa  63.2  7e-09  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.640596  normal  0.171254 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3051  hypothetical protein  29.08 
 
 
740 aa  61.6  2e-08  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3802  putative transcriptional regulator, PucR family  32.41 
 
 
406 aa  60.5  4e-08  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1832  putative purine catabolism transcriptional regulator  37.14 
 
 
410 aa  57.8  3e-07  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00249141  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0865  DNA-binding protein  37.14 
 
 
410 aa  57.8  3e-07  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1119  putative purine catabolism transcriptional regulator  37.14 
 
 
410 aa  57.8  3e-07  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5712  putative transcriptional regulator, PucR family  28.14 
 
 
537 aa  58.2  3e-07  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.857659  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0602  DNA-binding protein  37.14 
 
 
410 aa  57.8  3e-07  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.386136  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1033  putative purine catabolism transcriptional regulator  37.14 
 
 
410 aa  57.8  3e-07  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1640  DNA-binding protein  37.16 
 
 
410 aa  58.2  3e-07  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0331425  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2334  DNA-binding protein  37.14 
 
 
410 aa  57.8  3e-07  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2216  transcriptional regulator, PucR family  23.23 
 
 
542 aa  57  6e-07  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2798  putative DNA-binding protein  40 
 
 
530 aa  56.2  1e-06  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.322592  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2278  putative transcriptional regulator, PucR family  29.53 
 
 
739 aa  54.7  2e-06  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0143  transcriptional regulator, CdaR  31.39 
 
 
388 aa  55.5  2e-06  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2331  transcriptional regulator, CdaR  22.98 
 
 
406 aa  55.1  2e-06  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0076  transcriptional regulator, CdaR  27.95 
 
 
611 aa  54.7  3e-06  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.105438  normal  0.388356 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0589  hypothetical protein  33.33 
 
 
408 aa  54.7  3e-06  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0207  transcriptional regulator  27.5 
 
 
558 aa  54.3  3e-06  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  3.26759e-05  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2432  transcriptional regulator, CdaR  28.57 
 
 
514 aa  54.7  3e-06  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0322686 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1083  putative transcriptional regulator, PucR family  27.68 
 
 
512 aa  54.7  3e-06  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0356  purine catabolism PurC domain-containing protein  31.79 
 
 
533 aa  53.9  4e-06  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.419553 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0761  putative transcriptional regulator, PucR family  39.66 
 
 
400 aa  54.3  4e-06  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1742  transcriptional regulator, CdaR  24.82 
 
 
520 aa  54.3  4e-06  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0764  putative transcriptional regulator, PucR family  35.82 
 
 
311 aa  53.9  5e-06  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.829875  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3547  CdaR family transcriptional regulator  23.77 
 
 
532 aa  53.5  5e-06  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0097  regulator of polyketide synthase expression-like  46.05 
 
 
524 aa  53.5  6e-06  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0778  transcriptional regulator, PucR family  32.61 
 
 
425 aa  53.5  6e-06  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0658648  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2017  CdaR family transcriptional regulator  33.09 
 
 
564 aa  53.1  7e-06  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.294249  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1802  transcriptional regulator, CdaR  23.78 
 
 
364 aa  53.1  9e-06  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  7.01672e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09280  Fis family regulatory protein  45.45 
 
 
411 aa  52.8  1e-05  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.739433  normal  0.888606 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3106  transcriptional regulator, PucR family  37.39 
 
 
618 aa  52.4  1e-05  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.411475  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4276  CdaR family transcriptional regulator  29.87 
 
 
552 aa  52.8  1e-05  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.416478  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1640  putative transcriptional regulator  31.85 
 
 
488 aa  51.6  2e-05  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3443  transcriptional regulator, CdaR  32.14 
 
 
741 aa  52  2e-05  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1318  transcriptional regulator, PucR family  19.87 
 
 
537 aa  52  2e-05  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000441454  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0175  carbohydrate diacid regulator  31.85 
 
 
488 aa  52  2e-05  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0431  putative PucR family transcriptional regulator  45.45 
 
 
514 aa  51.2  3e-05  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.517464  normal  0.914585 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0265  putative carbohydrate diacid regulator  31.85 
 
 
483 aa  51.6  3e-05  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.18471  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2240  transcriptional regulator, PucR family  41.38 
 
 
531 aa  50.8  4e-05  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0227847  normal  0.453495 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0203  carbohydrate diacid regulator  31.85 
 
 
402 aa  50.8  4e-05  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1869  transcriptional regulator, PucR family  48.33 
 
 
236 aa  50.8  4e-05  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0057  putative regulatory protein  39.08 
 
 
535 aa  50.1  6e-05  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0293617  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2528  PucR family transcriptional regulator  27.94 
 
 
405 aa  50.1  6e-05  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0819646  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1869  transcriptional regulator, PucR family  33.58 
 
 
609 aa  50.1  7e-05  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4779  putative DNA-binding protein  33.02 
 
 
510 aa  49.7  8e-05  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.821414 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0637  purine catabolism PurC domain-containing protein  30.53 
 
 
486 aa  49.7  8e-05  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3188  hypothetical protein  27.94 
 
 
389 aa  49.7  9e-05  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.295168  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0536  CdaR family transcriptional regulator  33.99 
 
 
659 aa  49.7  9e-05  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.289228  hitchhiker  0.00416894 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3284  purine catabolism PurC-like protein  28.1 
 
 
502 aa  48.1  0.0002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0796347  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4043  putative transcriptional regulator, PucR family  40.3 
 
 
504 aa  48.9  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0389127  decreased coverage  0.00142198 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2703  transcriptional regulator, CdaR  22.92 
 
 
383 aa  48.1  0.0002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.601624  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3346  purine catabolism PurC domain-containing protein  28.1 
 
 
492 aa  48.1  0.0002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.728632  normal  0.0930873 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2908  transcriptional regulator, CdaR  24.03 
 
 
359 aa  48.5  0.0002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1182  transcriptional regulator, CdaR  26.28 
 
 
555 aa  48.9  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  2.61051e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3963  putative transcriptional regulator, PucR family  36.22 
 
 
429 aa  48.1  0.0003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1388  transcriptional regulator, CdaR  28.77 
 
 
493 aa  47.8  0.0003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1274  putative transcriptional regulator, PucR family  38.06 
 
 
420 aa  48.1  0.0003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3295  purine catabolism PurC domain-containing protein  28.1 
 
 
492 aa  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.159277 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1880  PucR family transcriptional regulator  54.35 
 
 
235 aa  48.1  0.0003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22850  hypothetical protein  45.61 
 
 
495 aa  47.4  0.0004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.450672 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1109  putative transcriptional regulator, PucR family  25.55 
 
 
515 aa  47.4  0.0004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0789  putative transcriptional regulator, PucR family  22.82 
 
 
421 aa  47.8  0.0004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.691092  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1023  putative transcriptional regulator, PucR family  33.33 
 
 
518 aa  47.4  0.0005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0774134  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5328  putative transcriptional regulator, PucR family  31.27 
 
 
479 aa  47.4  0.0005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1111  hypothetical protein  34.93 
 
 
328 aa  46.6  0.0007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2347  transcriptional regulator, CdaR  20.78 
 
 
408 aa  46.6  0.0008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00870953  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5614  putative DNA-binding protein  30.3 
 
 
515 aa  45.8  0.001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.3289 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1641  transcriptional regulator, CdaR  37.68 
 
 
416 aa  45.8  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.357949 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3335  PucR family transcriptional regulator  36.7 
 
 
517 aa  46.2  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5661  CdaR family transcriptional regulator  27.93 
 
 
494 aa  45.8  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.184448  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1382  transcriptional regulator, CdaR  38.24 
 
 
400 aa  46.2  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1642  putative transcriptional regulator, PucR family  31.16 
 
 
393 aa  45.8  0.001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.275459  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5322  putative DNA-binding protein  30.3 
 
 
515 aa  45.8  0.001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.266784 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23280  hypothetical protein  32.32 
 
 
512 aa  45.8  0.001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.122242  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2522  hypothetical protein  28.67 
 
 
616 aa  45.8  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5234  putative DNA-binding protein  30.3 
 
 
515 aa  45.8  0.001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.198671  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13710  sugar diacid utilization regulator  28.97 
 
 
393 aa  45.4  0.002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0349  purine catabolism PurC-like protein  35.16 
 
 
542 aa  44.7  0.003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.98939  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0359  Fis family transcriptional regulator  35.16 
 
 
542 aa  44.7  0.003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.528293 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0338  Fis family transcriptional regulator  35.16 
 
 
542 aa  44.7  0.003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1861  CdaR family transcriptional regulator  25.35 
 
 
361 aa  44.3  0.004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0198483  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1626  transcriptional regulator, CdaR  25.19 
 
 
413 aa  44.3  0.004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1380  CdaR family transcriptional regulator  27.27 
 
 
403 aa  44.3  0.004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  9.02469e-10  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>