More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_5116 on replicon NC_014211
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011757  Mchl_4386  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.89 
 
 
1376 aa  734  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.282768 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4483  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  55.27 
 
 
1342 aa  694  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.977508  hitchhiker  0.00153179 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4486  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  55.27 
 
 
1342 aa  694  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  6.17327e-14 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf212  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  47.3 
 
 
1197 aa  772  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3687  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  59.02 
 
 
1374 aa  738  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.335052  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0965  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  65.74 
 
 
1187 aa  1564  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4499  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.88 
 
 
1375 aa  734  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0186  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  58.06 
 
 
1174 aa  1366  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.648806 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3652  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.05 
 
 
1368 aa  679  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.220946  hitchhiker  6.67023e-06 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4475  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  55.27 
 
 
1342 aa  693  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0736818  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1041  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  48.19 
 
 
1312 aa  803  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2848  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.21 
 
 
1368 aa  684  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1347  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.75 
 
 
1387 aa  720  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.039354 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0232  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  54.56 
 
 
1259 aa  750  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.200123  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0268  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.38 
 
 
1368 aa  681  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.716165 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0360  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.89 
 
 
1374 aa  718  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.34888 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0319  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.38 
 
 
1368 aa  681  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0158483  normal  0.343898 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4364  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  55.27 
 
 
1342 aa  694  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.4876 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2271  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.32 
 
 
1422 aa  747  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0926  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  59.65 
 
 
1371 aa  740  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0741  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.19 
 
 
1096 aa  1231  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0391  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  52.01 
 
 
1155 aa  944  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1751  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  55.28 
 
 
1103 aa  1213  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0123  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  63.74 
 
 
1177 aa  1071  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00273838  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3868  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.47 
 
 
1376 aa  727  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0444407 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4063  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  55.04 
 
 
1343 aa  705  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.918938  hitchhiker  0.000472151 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0974  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  52.41 
 
 
1070 aa  1128  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.000799261  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0133  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  63.63 
 
 
1177 aa  1072  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  4.46144e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0178  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  44.93 
 
 
1434 aa  791  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1324  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  59.57 
 
 
1379 aa  730  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.347511 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2960  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.03 
 
 
1390 aa  704  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.514981  normal  0.612032 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5453  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  55.27 
 
 
1342 aa  693  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.182219  hitchhiker  0.00256328 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2866  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  55.22 
 
 
1342 aa  683  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.131495  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0490  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  56.38 
 
 
1362 aa  691  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  1.21478e-05 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4560  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  55.27 
 
 
1342 aa  694  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  2.63321e-10 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4396  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  55.27 
 
 
1342 aa  694  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0669661  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4697  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  55.08 
 
 
1343 aa  702  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.117256  hitchhiker  3.43099e-06 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3839  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.89 
 
 
1374 aa  717  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.353736  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4756  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.38 
 
 
1357 aa  690  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4325  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  77.48 
 
 
1143 aa  1845  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.716075  normal  0.0767673 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0268  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.4 
 
 
1378 aa  720  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0702  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  56.2 
 
 
1368 aa  691  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6057  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  81.13 
 
 
1141 aa  1925  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.492439 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0177  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  54.4 
 
 
1343 aa  694  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0862378  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0277  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  55.27 
 
 
1342 aa  696  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.274525  normal  0.0126314 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4324  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  54.76 
 
 
1343 aa  697  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.397573  unclonable  9.17955e-10 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4528  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  55.27 
 
 
1342 aa  693  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00027001  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4220  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  55.27 
 
 
1342 aa  693  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000188468  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00225  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.17 
 
 
1342 aa  691  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1598  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  50.8 
 
 
1245 aa  1164  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0310456  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1862  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.78 
 
 
1377 aa  711  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.310876  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3364  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  51.75 
 
 
1358 aa  735  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.209145 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2729  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  57.42 
 
 
1362 aa  714  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.236319  normal  0.466939 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1782  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  44.58 
 
 
1182 aa  1005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3860  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  55.27 
 
 
1342 aa  690  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00178402  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0244  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  60.09 
 
 
1217 aa  754  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16071  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  54.31 
 
 
1096 aa  1198  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.614693  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0193  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  55.04 
 
 
1322 aa  704  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.146327  hitchhiker  0.0018171 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4435  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  55.27 
 
 
1342 aa  693  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.399722  decreased coverage  2.77463e-06 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0477  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  54.48 
 
 
1263 aa  868  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4038  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  55.27 
 
 
1342 aa  693  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0403787  hitchhiker  0.00374316 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0340  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  55.27 
 
 
1342 aa  690  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0216  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  61.23 
 
 
1183 aa  1419  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.846031  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0794  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.83 
 
 
1360 aa  717  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.235631 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0477  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.38 
 
 
1357 aa  693  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0859  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  67.11 
 
 
1238 aa  1115  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.111826  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0097  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  63.51 
 
 
1177 aa  1068  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4017  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.89 
 
 
1376 aa  734  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.563725 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2810  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  55.27 
 
 
1342 aa  690  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.102382  normal  0.453839 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0328  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.62 
 
 
1375 aa  707  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.853361  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0241  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.55 
 
 
1368 aa  682  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.060417 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0355  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  48.86 
 
 
1187 aa  887  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0510  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.38 
 
 
1370 aa  675  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.301661  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3687  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  62.6 
 
 
1278 aa  1054  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2221  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.84 
 
 
1416 aa  737  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.480629  decreased coverage  0.00212341 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1016  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  54.92 
 
 
1122 aa  1201  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0481  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  55.69 
 
 
1152 aa  998  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4338  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  84.91 
 
 
1160 aa  2023  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1108  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  53.92 
 
 
1279 aa  695  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.10244  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002173  DNA-directed RNA polymerase beta subunit  50.07 
 
 
1342 aa  696  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1138  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  74.46 
 
 
1168 aa  1758  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4016  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  58.51 
 
 
1403 aa  714  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.303023  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0210  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  54.34 
 
 
1342 aa  683  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0404668  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0099  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  63.81 
 
 
1190 aa  1083  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1532  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  61.36 
 
 
1126 aa  1402  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1063  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  74.87 
 
 
1149 aa  1769  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.613328  normal  0.794281 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2072  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  59.31 
 
 
1363 aa  714  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.244154  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0278  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  62.33 
 
 
1227 aa  1433  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00054451  hitchhiker  0.000191986 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2719  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  58.02 
 
 
1176 aa  1347  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0714  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  62.34 
 
 
1178 aa  1454  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0122097  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1170  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  57.39 
 
 
1171 aa  1338  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0809825  unclonable  1.72992e-07 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0580  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  74.12 
 
 
1170 aa  1785  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.0311917 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2949  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  57 
 
 
1148 aa  1035  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29830  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  75.15 
 
 
1170 aa  1797  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.896013 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1192  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  52.55 
 
 
1201 aa  1219  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0821  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  49.14 
 
 
1125 aa  1082  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.264809 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5116  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  100 
 
 
1155 aa  2359  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.303948 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0543  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  84.34 
 
 
1155 aa  2011  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.174564  normal  0.14479 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0753  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  75.35 
 
 
1170 aa  1763  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2667  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  76.71 
 
 
1168 aa  1818  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>