More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HY04AAS1_0699 on replicon NC_011126
Organism: Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011126  HY04AAS1_0699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  100 
 
 
633 aa  1275    Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  31.42 
 
 
592 aa  277  5e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.34 
 
 
883 aa  270  8e-71  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.77 
 
 
584 aa  264  4e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  29.73 
 
 
601 aa  263  6.999999999999999e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  29.86 
 
 
590 aa  262  2e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  29.74 
 
 
590 aa  261  2e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.51 
 
 
596 aa  258  2e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  29.03 
 
 
584 aa  258  3e-67  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.96 
 
 
572 aa  257  5e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.84 
 
 
581 aa  257  5e-67  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.01 
 
 
786 aa  256  6e-67  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.6 
 
 
590 aa  254  3e-66  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.27 
 
 
766 aa  254  3e-66  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  28.52 
 
 
582 aa  253  8.000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.69 
 
 
753 aa  253  1e-65  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.81 
 
 
773 aa  251  2e-65  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.42 
 
 
605 aa  248  2e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  28.37 
 
 
584 aa  244  5e-63  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.24 
 
 
632 aa  242  2e-62  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.4 
 
 
599 aa  240  5e-62  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.04 
 
 
583 aa  240  6.999999999999999e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.73 
 
 
584 aa  239  9e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.86 
 
 
583 aa  238  2e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.49 
 
 
585 aa  236  8e-61  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.49 
 
 
585 aa  235  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.38 
 
 
585 aa  235  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.28 
 
 
585 aa  234  3e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.05 
 
 
584 aa  233  1e-59  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.06 
 
 
580 aa  230  5e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.06 
 
 
590 aa  225  2e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0350  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.35 
 
 
606 aa  224  4.9999999999999996e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0495897  normal  0.0419453 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3571  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.98 
 
 
611 aa  219  2e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3107  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.68 
 
 
610 aa  211  2e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.69 
 
 
598 aa  211  3e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.149487  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2453  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.13 
 
 
633 aa  209  1e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0567  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.35 
 
 
599 aa  209  1e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75252  normal  0.598217 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4854  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.67 
 
 
594 aa  199  2.0000000000000003e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3777  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.67 
 
 
594 aa  199  2.0000000000000003e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0426  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.8 
 
 
616 aa  197  7e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.636145 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.53 
 
 
616 aa  196  1e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.188884 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.04 
 
 
612 aa  191  4e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2881  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.96 
 
 
612 aa  190  8e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.457989  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3536  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25 
 
 
587 aa  189  1e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.220147  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4726  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.22 
 
 
676 aa  189  1e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0452393  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4612  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25 
 
 
610 aa  189  1e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.96 
 
 
612 aa  189  1e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.140333  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1388  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.22 
 
 
806 aa  186  2.0000000000000003e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.844108  normal  0.953027 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2966  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.52 
 
 
613 aa  184  3e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1842  EAL domain protein  27.57 
 
 
590 aa  184  4.0000000000000006e-45  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.449408  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1154  hypothetical protein  25.78 
 
 
603 aa  184  5.0000000000000004e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2991  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.83 
 
 
615 aa  184  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2357  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.83 
 
 
613 aa  182  1e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2971  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.83 
 
 
613 aa  182  1e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.900441  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2129  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.66 
 
 
627 aa  179  1e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.590205 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.61 
 
 
797 aa  176  1.9999999999999998e-42  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  37.8 
 
 
306 aa  173  1e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  37.97 
 
 
379 aa  172  2e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  37.97 
 
 
357 aa  172  2e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0613  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.82 
 
 
1036 aa  170  7e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147117  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2103  cyclic-di-GMP regulatory protein  37.24 
 
 
409 aa  161  3e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  38.36 
 
 
734 aa  156  9e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.84548  normal  0.140102 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1510  diguanylate phosphodiesterase  34.38 
 
 
475 aa  154  4e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1073  diguanylate phosphodiesterase  32.65 
 
 
367 aa  152  2e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0220  hypothetical protein  34.87 
 
 
360 aa  152  3e-35  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0706  diguanylate phosphodiesterase  34.84 
 
 
356 aa  152  3e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.578959  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0220  hypothetical protein  34.87 
 
 
362 aa  150  5e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1514  diguanylate phosphodiesterase  32.3 
 
 
437 aa  148  4.0000000000000006e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000323461  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1754  diguanylate phosphodiesterase  32.64 
 
 
431 aa  137  5e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2042  diguanylate phosphodiesterase  35.87 
 
 
352 aa  135  1.9999999999999998e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281797  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0776  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.43 
 
 
864 aa  134  3.9999999999999996e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1120  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.42 
 
 
637 aa  134  5e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0635  diguanylate phosphodiesterase  31.82 
 
 
340 aa  134  5e-30  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2479  diguanylate phosphodiesterase  23.65 
 
 
416 aa  133  9e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3083  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.71 
 
 
1076 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2318  diguanylate phosphodiesterase  31 
 
 
371 aa  133  1.0000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.440144  normal  0.199138 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0467  EAL domain protein  31.38 
 
 
351 aa  132  2.0000000000000002e-29  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0116221  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4836  putative diguanylate phosphodiesterase  34.19 
 
 
254 aa  132  2.0000000000000002e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.252765  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0236  EAL domain protein  34.86 
 
 
260 aa  131  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3442  diguanylate phosphodiesterase  33.33 
 
 
254 aa  130  1.0000000000000001e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0058  diguanylate phosphodiesterase  36.63 
 
 
357 aa  129  2.0000000000000002e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1560  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36 
 
 
800 aa  128  2.0000000000000002e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0426061  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1584  diguanylate phosphodiesterase  34.67 
 
 
263 aa  127  6e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0237519  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0024  diguanylate phosphodiesterase  33.77 
 
 
246 aa  126  1e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.481277  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0026  diguanylate phosphodiesterase  33.77 
 
 
246 aa  126  1e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0171  EAL  33.49 
 
 
260 aa  126  1e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0264  diguanylate phosphodiesterase  32.73 
 
 
259 aa  125  2e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.317431 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3230  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.02 
 
 
594 aa  125  2e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.74861  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2369  diguanylate cyclase  32 
 
 
353 aa  126  2e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.34805  normal  0.423605 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0424  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.36 
 
 
441 aa  125  3e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.130175  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3825  hypothetical protein  33.48 
 
 
249 aa  124  4e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.186672  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1033  diguanylate phosphodiesterase  33.76 
 
 
413 aa  124  4e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2810  diguanylate phosphodiesterase  34.2 
 
 
257 aa  124  5e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4934  diguanylate phosphodiesterase  32.73 
 
 
256 aa  124  8e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.000539515  normal  0.673945 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3959  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.2 
 
 
855 aa  123  9.999999999999999e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2740  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.76 
 
 
1016 aa  123  9.999999999999999e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0599  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.76 
 
 
313 aa  122  1.9999999999999998e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.464892  normal  0.548622 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0563  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.33 
 
 
846 aa  122  3e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1747  diguanylate phosphodiesterase  33.62 
 
 
291 aa  122  3e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.087315  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1233  diguanylate phosphodiesterase  33.49 
 
 
258 aa  121  4.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.924299 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>