More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0610 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0610  pullulanase, type I  100 
 
 
1888 aa  3900  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0609  alpha amylase, catalytic domain protein  64.26 
 
 
551 aa  644  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2542  pullulanase  39.7 
 
 
852 aa  600  1e-170  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.814075  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2463  pullulanase  39.82 
 
 
850 aa  603  1e-170  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.116162  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2728  pullulanase  39.7 
 
 
852 aa  600  1e-170  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00354349  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2786  pullulanase, type I  39.82 
 
 
848 aa  601  1e-170  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0751626  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2498  pullulanase  39.47 
 
 
852 aa  598  1e-169  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00309415  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2761  pullulanase, putative  40.16 
 
 
848 aa  598  1e-169  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00586404  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2416  pullulanase, type I  39.62 
 
 
856 aa  599  1e-169  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00697767  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2737  putative pullulanase  39.59 
 
 
852 aa  597  1e-169  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.31165e-23 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2552  putative pullulanase  40 
 
 
852 aa  594  1e-168  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000407246  decreased coverage  7.06623e-11 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2741  putative pullulanase  39.25 
 
 
852 aa  590  1e-167  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0379063  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0057  pullulanase, type I  37.91 
 
 
928 aa  571  1e-161  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2304  pullulanase, type I  35.65 
 
 
1043 aa  537  1e-151  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1087  pullulanase family protein  32.46 
 
 
2638 aa  506  1e-141  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4452  pullulanase  40.58 
 
 
713 aa  486  1e-135  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4434  pullulanase  40.49 
 
 
713 aa  485  1e-135  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4597  pullulanase  40.74 
 
 
713 aa  486  1e-135  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4953  pullulanase  40.74 
 
 
713 aa  486  1e-135  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4844  pullulanase, putative  40.71 
 
 
713 aa  484  1e-135  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4819  putative pullulanase  40.18 
 
 
713 aa  483  1e-134  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4837  putative pullulanase  40.86 
 
 
713 aa  483  1e-134  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.837132  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3365  pullulanase, type I  40.95 
 
 
712 aa  481  1e-134  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4814  putative pullulanase  41.19 
 
 
713 aa  481  1e-134  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0422  putative pullulanase  40.98 
 
 
713 aa  481  1e-134  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4533  pullulanase, type I  40.43 
 
 
713 aa  476  1e-132  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1522  pullulanase precursor  40.77 
 
 
655 aa  473  1e-131  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0360874  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1803  pullulanase, type I  40.18 
 
 
655 aa  473  1e-131  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.248563  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0421  pullulanase, type I  41.49 
 
 
601 aa  464  1e-129  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2331  pullulanase, type I  38.24 
 
 
647 aa  460  1e-127  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0978  pullulanase, type I  36.42 
 
 
843 aa  454  1e-125  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.912818  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0959  pullulanase, type I  36.45 
 
 
843 aa  449  1e-124  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.557051  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0681  pullulanase, type I  38.76 
 
 
718 aa  444  1e-123  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19550  pullulanase, type I  34.34 
 
 
874 aa  430  1e-118  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0061  pullulanase, type I  32.47 
 
 
899 aa  428  1e-118  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0852  pullulanase, putative  41.61 
 
 
766 aa  428  1e-118  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.865256  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1926  Alpha-amylase  38.38 
 
 
688 aa  430  1e-118  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0459  pullulanase, type I  33.18 
 
 
842 aa  420  1e-115  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.712908  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1927  alpha amylase catalytic region  38.7 
 
 
914 aa  414  1e-114  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13880  pullulanase, type I  39.44 
 
 
640 aa  416  1e-114  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0609  pullulanase, type I  38.32 
 
 
1136 aa  416  1e-114  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0177218  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1427  pullulanase, type I  33.73 
 
 
841 aa  413  1e-113  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.671793  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_06910  glycosidase  44.19 
 
 
470 aa  395  1e-108  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0553945  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1298  pullulanase, type I  36.94 
 
 
669 aa  395  1e-108  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1839  putative pullulanase  31.25 
 
 
1064 aa  377  1e-102  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1558  pullulanase precursor  31.55 
 
 
1064 aa  371  1e-101  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.430377  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0448  pullulanase, type I  35.61 
 
 
825 aa  372  1e-101  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1130  alpha amylase catalytic region  40.65 
 
 
566 aa  348  7e-94  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0872  pullulanase, type I  36.8 
 
 
640 aa  346  2e-93  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3337  Glycosidase-like protein  36.72 
 
 
679 aa  318  5e-85  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.543706  normal  0.14646 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2001  Alpha-amylase  37.77 
 
 
589 aa  308  5e-82  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.357099  normal  0.053891 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05290  glycosidase  41.31 
 
 
479 aa  305  4e-81  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4685  alpha amylase catalytic region  37.04 
 
 
738 aa  298  7e-79  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4065  Alpha-amylase  38.41 
 
 
596 aa  295  5e-78  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.540437  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1413  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  29.05 
 
 
1117 aa  294  1e-77  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.960844 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2478  alpha amylase catalytic region  38.7 
 
 
612 aa  294  1e-77  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0194919  normal  0.119382 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0985  alpha amylase domain-containing protein  38.53 
 
 
605 aa  293  3e-77  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0694969  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2329  Alpha-1,6-glucosidases, pullulanase-type  28.12 
 
 
991 aa  278  5e-73  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0783894  normal  0.0180008 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_39745  predicted protein  30.94 
 
 
1062 aa  277  1e-72  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2712  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  29.78 
 
 
2156 aa  277  1e-72  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.971607  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2859  Alpha-amylase  34.45 
 
 
661 aa  276  4e-72  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2488  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  28.61 
 
 
1176 aa  269  4e-70  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.331345 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0560  putative pullulanase precursor  28.9 
 
 
1432 aa  267  2e-69  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.594398  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5195  Alpha-amylase  34.78 
 
 
707 aa  264  1e-68  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3338  Type II secretory pathway pullulanase PulA and related glycosidase-like protein  27.68 
 
 
1942 aa  263  2e-68  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0998506 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1247  alpha amylase catalytic region  33.91 
 
 
494 aa  263  3e-68  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.350307  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3767  alpha-1,6-glucosidases, pullulanase-type  30.53 
 
 
1025 aa  262  4e-68  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0096  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  28.87 
 
 
891 aa  261  1e-67  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.380747  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2896  Alpha-amylase  31.51 
 
 
722 aa  260  2e-67  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.578872 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0868  pullulanase, extracellular  29.63 
 
 
776 aa  258  1e-66  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4292  Alpha-amylase A precursor (1,4-alpha-D-glucan glucanohydrolase)  32.94 
 
 
528 aa  257  2e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1216  pullulanase, putative  27.04 
 
 
1252 aa  257  2e-66  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0305928  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0930  alpha amylase catalytic region  37 
 
 
614 aa  251  7e-65  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0349089 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3061  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  32.27 
 
 
946 aa  249  5e-64  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.57883  normal  0.116697 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2686  alpha amylase, catalytic region  29.75 
 
 
722 aa  246  3e-63  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.288393 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1170  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  30.03 
 
 
1855 aa  245  5e-63  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4105  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  28.57 
 
 
1035 aa  245  5e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3074  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  29.59 
 
 
1440 aa  245  7e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  1.01349e-09 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1316  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  29.59 
 
 
1440 aa  244  8e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0748066 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01882  putative pullulanase  31.08 
 
 
1472 aa  243  2e-62  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2938  ATPase  34.75 
 
 
563 aa  242  6e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1694  putative pullulanase  28.43 
 
 
1429 aa  240  1e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0287  alpha-1,6-glucosidases, pullulanase-type  32.05 
 
 
1441 aa  240  2e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1941  alpha-1,6-glucosidases, pullulanase-type  31.73 
 
 
1450 aa  239  4e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001089  putative pullulanase precursor  29 
 
 
1329 aa  233  2e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3513  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  28.77 
 
 
1331 aa  232  6e-59  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0648874  normal  0.682211 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0996  alpha amylase family protein  29.98 
 
 
998 aa  224  1e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.621113  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_06650  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  27.47 
 
 
1248 aa  224  1e-56  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04828  pullulanase  29.82 
 
 
1328 aa  223  2e-56  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2521  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  26.56 
 
 
1975 aa  224  2e-56  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0747  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  28.67 
 
 
1891 aa  221  9e-56  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28060  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  30.46 
 
 
2068 aa  214  2e-53  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.329007  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5150  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  37.03 
 
 
1124 aa  205  5e-51  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.910447  normal  0.74946 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3828  glycoside hydrolase family 13 protein  27.63 
 
 
817 aa  193  2e-47  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.535052 
 
 
-
 
NC_002620  TC0312  glycosyl hydrolase family protein  23.81 
 
 
666 aa  177  1e-42  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.0426975  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0101  alpha-amylase family protein  27.63 
 
 
714 aa  176  3e-42  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2273  pullulanase  33.8 
 
 
717 aa  174  1e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0086  isoamylase  24.46 
 
 
694 aa  165  7e-39  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0815  glycogen debranching protein GlgX  27.24 
 
 
721 aa  165  7e-39  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000104975 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0822  glycogen debranching enzyme GlgX  24.9 
 
 
706 aa  164  1e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>