More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4105 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013457  VEA_001089  putative pullulanase precursor  48.99 
 
 
1329 aa  982    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0996  alpha amylase family protein  42.13 
 
 
998 aa  761    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.621113  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1694  putative pullulanase  39.05 
 
 
1429 aa  731    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0096  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  42.95 
 
 
891 aa  672    Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.380747  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3338  Type II secretory pathway pullulanase PulA and related glycosidase-like protein  43.55 
 
 
1942 aa  740    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0998506 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1316  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  43.06 
 
 
1440 aa  817    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0748066 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2273  pullulanase  49.79 
 
 
717 aa  686    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4105  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  100 
 
 
1035 aa  2107    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0560  putative pullulanase precursor  41.2 
 
 
1432 aa  771    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.594398  normal 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_39745  predicted protein  39.21 
 
 
1062 aa  653    Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0747  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  43.14 
 
 
1891 aa  662    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2329  Alpha-1,6-glucosidases, pullulanase-type  40.9 
 
 
991 aa  717    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0783894  normal  0.0180008 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2488  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  44.62 
 
 
1176 aa  731    Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.331345 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5150  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  46.52 
 
 
1124 aa  791    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.910447  normal  0.74946 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1941  alpha-1,6-glucosidases, pullulanase-type  40.19 
 
 
1450 aa  745    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01882  putative pullulanase  41.66 
 
 
1472 aa  764    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3074  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  43.06 
 
 
1440 aa  817    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000101349 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3767  alpha-1,6-glucosidases, pullulanase-type  44.53 
 
 
1025 aa  709    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1413  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  45.74 
 
 
1117 aa  865    Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.960844 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0287  alpha-1,6-glucosidases, pullulanase-type  42.83 
 
 
1441 aa  786    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3061  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  42.42 
 
 
946 aa  660    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.57883  normal  0.116697 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04828  pullulanase  49.86 
 
 
1328 aa  998    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2521  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  42.32 
 
 
1975 aa  632  1e-179  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3513  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  40.39 
 
 
1331 aa  616  1e-175  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0648874  normal  0.682211 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_06650  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  41.15 
 
 
1248 aa  607  9.999999999999999e-173  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28060  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  41.27 
 
 
2068 aa  605  1.0000000000000001e-171  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.329007  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1170  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  39.64 
 
 
1855 aa  595  1e-168  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2712  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  38.65 
 
 
2156 aa  582  1e-164  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.971607  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19550  pullulanase, type I  28.72 
 
 
874 aa  315  3.9999999999999997e-84  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2786  pullulanase, type I  26.53 
 
 
848 aa  297  6e-79  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0751626  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2542  pullulanase  25.87 
 
 
852 aa  294  6e-78  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.814075  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2728  pullulanase  25.87 
 
 
852 aa  294  6e-78  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00354349  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2463  pullulanase  26.09 
 
 
850 aa  293  2e-77  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.116162  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2498  pullulanase  26.21 
 
 
852 aa  291  3e-77  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00309415  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2737  putative pullulanase  26.13 
 
 
852 aa  290  1e-76  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.31165e-23 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0609  pullulanase, type I  30 
 
 
1136 aa  287  5.999999999999999e-76  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0177218  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0959  pullulanase, type I  27.32 
 
 
843 aa  285  3.0000000000000004e-75  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.557051  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1522  pullulanase precursor  29.49 
 
 
655 aa  284  5.000000000000001e-75  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0360874  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2304  pullulanase, type I  29.13 
 
 
1043 aa  282  2e-74  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1803  pullulanase, type I  28.99 
 
 
655 aa  282  2e-74  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.248563  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0978  pullulanase, type I  26.66 
 
 
843 aa  278  5e-73  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.912818  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2416  pullulanase, type I  26.41 
 
 
856 aa  277  6e-73  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00697767  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13880  pullulanase, type I  28.79 
 
 
640 aa  277  9e-73  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2552  putative pullulanase  27.34 
 
 
852 aa  275  2.0000000000000002e-72  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000407246  decreased coverage  0.0000000000706623 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2741  putative pullulanase  27.24 
 
 
852 aa  271  5e-71  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0379063  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2761  pullulanase, putative  25.74 
 
 
848 aa  270  1e-70  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00586404  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0459  pullulanase, type I  24.72 
 
 
842 aa  268  5e-70  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.712908  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2331  pullulanase, type I  28.69 
 
 
647 aa  265  3e-69  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1087  pullulanase family protein  27.04 
 
 
2638 aa  261  4e-68  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0061  pullulanase, type I  25.8 
 
 
899 aa  248  4e-64  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0610  pullulanase, type I  28.57 
 
 
1888 aa  244  6e-63  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0681  pullulanase, type I  30.08 
 
 
718 aa  239  2e-61  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0448  pullulanase, type I  27.6 
 
 
825 aa  235  4.0000000000000004e-60  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4837  putative pullulanase  26.96 
 
 
713 aa  234  6e-60  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.837132  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0421  pullulanase, type I  29.15 
 
 
601 aa  234  7.000000000000001e-60  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4844  pullulanase, putative  27.09 
 
 
713 aa  234  8.000000000000001e-60  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4597  pullulanase  27.04 
 
 
713 aa  231  7e-59  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4953  pullulanase  27.04 
 
 
713 aa  231  7e-59  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4434  pullulanase  27.04 
 
 
713 aa  230  1e-58  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4819  putative pullulanase  26.91 
 
 
713 aa  227  7e-58  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0057  pullulanase, type I  26.49 
 
 
928 aa  227  9e-58  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4452  pullulanase  26.91 
 
 
713 aa  227  1e-57  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1427  pullulanase, type I  25 
 
 
841 aa  227  1e-57  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.671793  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4533  pullulanase, type I  26.98 
 
 
713 aa  226  1e-57  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0422  putative pullulanase  27.67 
 
 
713 aa  226  2e-57  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1298  pullulanase, type I  29.88 
 
 
669 aa  225  3e-57  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4814  putative pullulanase  27.27 
 
 
713 aa  224  4.9999999999999996e-57  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1839  putative pullulanase  26.71 
 
 
1064 aa  223  1.9999999999999999e-56  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1558  pullulanase precursor  26.7 
 
 
1064 aa  222  3e-56  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.430377  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3365  pullulanase, type I  26.37 
 
 
712 aa  216  9.999999999999999e-55  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0872  pullulanase, type I  25.63 
 
 
640 aa  203  9.999999999999999e-51  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0852  pullulanase, putative  27.14 
 
 
766 aa  201  3.9999999999999996e-50  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.865256  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0868  pullulanase, extracellular  25.64 
 
 
776 aa  176  1.9999999999999998e-42  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1216  pullulanase, putative  27.4 
 
 
1252 aa  166  2.0000000000000002e-39  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0305928  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2363  glycogen debranching enzyme GlgX  27.46 
 
 
701 aa  116  2.0000000000000002e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0149674 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6067  glycogen debranching enzyme GlgX  27.88 
 
 
701 aa  115  5e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0573704  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1106  glycogen debranching enzyme GlgX  27.24 
 
 
711 aa  109  3e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.546818  normal  0.380802 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1885  glycogen debranching enzyme GlgX  25.08 
 
 
727 aa  108  6e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1514  putative bifunctional 4-alpha-glucanotransferase/glycogen debranching enzyme  25.3 
 
 
1464 aa  108  7e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.117562  normal  0.556808 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0805  glycogen debranching enzyme GlgX  25.74 
 
 
693 aa  107  1e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2576  glycogen debranching enzyme GlgX  23.64 
 
 
710 aa  106  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.677524  normal  0.165671 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0419  glycogen debranching enzyme GlgX  24.54 
 
 
696 aa  106  2e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0681  glycogen debranching enzyme GlgX  25 
 
 
700 aa  105  4e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1695  pullulanase-like glycosidase  33.46 
 
 
846 aa  105  5e-21  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.195322  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2094  alpha amylase domain-containing protein  23.82 
 
 
701 aa  105  6e-21  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.159475  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3439  glycogen debranching enzyme GlgX  26.01 
 
 
708 aa  103  1e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000156565 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1782  glycogen debranching enzyme GlgX  26.65 
 
 
688 aa  103  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1249  glycogen debranching enzyme GlgX  25.21 
 
 
735 aa  103  2e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0822  glycogen debranching enzyme GlgX  24 
 
 
706 aa  103  2e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5164  glycogen debranching enzyme GlgX  24.5 
 
 
1537 aa  102  3e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0685376 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2700  glycogen debranching enzyme GlgX  24.63 
 
 
845 aa  102  4e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2449  putative glycosyl hydrolase  25.75 
 
 
688 aa  101  6e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3315  glycogen debranching enzyme GlgX  24.81 
 
 
711 aa  100  2e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1982  glycogen debranching enzyme GlgX  25.77 
 
 
721 aa  100  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0850587  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_05691  putative isoamylase  23.41 
 
 
704 aa  99.8  3e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1401  glycogen debranching protein GlgX  23.87 
 
 
701 aa  99  4e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1112  glycogen debranching enzyme GlgX  25.75 
 
 
688 aa  98.6  5e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.758297  normal  0.439261 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1462  glycogen debranching enzyme GlgX  24.48 
 
 
679 aa  99  5e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1350  glycogen debranching protein GlgX  25.61 
 
 
776 aa  98.6  6e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0988  glycogen operon protein  23.26 
 
 
716 aa  98.6  6e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.25479 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>