More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0828 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_0828  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 225 aa  442  1e-123  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5710  TetR family transcriptional regulator  88.02 
 
 		 222 aa  337  9.999999999999999e-92  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.572132  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5693  transcriptional regulator, TetR family  44.62 
 
 		 211 aa  131  9e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0563608  normal  0.866587 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4543  putative transcriptional regulator, TetR family  41.58 
 
 		 205 aa  125  4.0000000000000003e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0569885  normal  0.220748 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5549  TetR family transcriptional regulator  38.5 
 
 		 215 aa  124  1e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5168  TetR family transcriptional regulator  38.5 
 
 		 215 aa  124  1e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5257  TetR family transcriptional regulator  38.5 
 
 		 215 aa  124  1e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1955  transcriptional regulator, TetR family  42.71 
 
 		 202 aa  122  6e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.22623  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2209  TetR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 205 aa  117  1.9999999999999998e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.539658  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2925  transcriptional regulator, TetR family  39.78 
 
 		 198 aa  116  3e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0858  regulatory protein TetR  37.69 
 
 		 201 aa  110  1.0000000000000001e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.00117784  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1811  TetR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 209 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10078  transcriptional regulator  36.59 
 
 		 201 aa  110  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.105796 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3376  TetR family transcriptional regulator  41.71 
 
 		 197 aa  106  3e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.423093  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10440  transcriptional regulator  34.85 
 
 		 211 aa  104  1e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0189255  normal  0.0235057 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2327  transcriptional regulator, TetR family  37.99 
 
 		 192 aa  96.3  3e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.215572  normal  0.48242 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0781  transcriptional regulator, TetR family  33.15 
 
 		 197 aa  95.9  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1287  regulatory protein, TetR  31.16 
 
 		 234 aa  94  2e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35210  TetR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 196 aa  93.2  3e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.831854 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2970  putative transcriptional regulator  35 
 
 		 196 aa  92.4  5e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0889426  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3694  TetR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 201 aa  92  7e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.735281  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3742  transcriptional regulator, TetR family  46.56 
 
 		 192 aa  91.3  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2692  TetR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 195 aa  90.9  1e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.728372  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5717  transcriptional regulator, TetR family  33.51 
 
 		 197 aa  90.9  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.985195 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0425  transcriptional regulator, TetR family  32 
 
 		 195 aa  90.5  2e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.752712  normal  0.122961 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4359  regulatory protein, TetR  37.43 
 
 		 196 aa  89  5e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00193568  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1736  transcriptional regulator TetR family  32.98 
 
 		 197 aa  88.6  7e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3520  TetR family transcriptional regulator  33 
 
 		 198 aa  88.6  7e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.140443 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2482  transcriptional regulator, TetR family  32.46 
 
 		 196 aa  85.5  6e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3960  TetR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 201 aa  85.5  7e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.110455  normal  0.471806 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4165  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 198 aa  84.3  0.000000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.774051  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2845  TetR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 197 aa  82.8  0.000000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.735257  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2788  transcriptional regulator, TetR family  32.98 
 
 		 201 aa  82.8  0.000000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2508  TetR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 195 aa  82  0.000000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0332011  normal  0.924216 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0972  transcriptional regulator, TetR family  36.52 
 
 		 194 aa  81.3  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0921311  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0235  transcriptional regulator, TetR family  29.41 
 
 		 199 aa  81.3  0.00000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0309861  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3783  TetR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 197 aa  80.9  0.00000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.539516 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1866  TetR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 201 aa  80.5  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.115406 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1778  transcriptional regulator, TetR family  35.86 
 
 		 211 aa  79.7  0.00000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.261512  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4654  transcriptional regulator, TetR family  31.38 
 
 		 199 aa  79  0.00000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.416931  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6079  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 206 aa  76.6  0.0000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.615867 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2693  regulatory protein TetR  35.98 
 
 		 192 aa  73.6  0.000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0770653  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3578  TetR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 198 aa  69.7  0.00000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00935563  normal  0.0256006 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3152  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  36.84 
 
 		 215 aa  66.2  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00415  DNA-binding transcriptional repressor  36.84 
 
 		 215 aa  66.2  0.0000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3146  transcriptional regulator, TetR family  36.84 
 
 		 215 aa  66.2  0.0000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0376592  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0554  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  36.84 
 
 		 215 aa  66.2  0.0000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.627816  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0507  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  36.84 
 
 		 215 aa  66.2  0.0000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.480121  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0396  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  36.84 
 
 		 215 aa  66.2  0.0000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0540  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  36.84 
 
 		 215 aa  66.2  0.0000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0498  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  36.84 
 
 		 215 aa  66.2  0.0000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00420  hypothetical protein  36.84 
 
 		 215 aa  66.2  0.0000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1086  transcriptional regulator, TetR family  31.82 
 
 		 239 aa  65.9  0.0000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.566372  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1012  transcriptional regulator, TetR family  32.74 
 
 		 212 aa  64.3  0.000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.156612  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2778  TetR family transcriptional regulator  24.14 
 
 		 205 aa  64.3  0.000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1594  TetR family transcriptional regulator  42.35 
 
 		 210 aa  63.2  0.000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.000000000148614  unclonable  0.000000209189 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1493  TetR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 200 aa  62.8  0.000000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0580  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  33.96 
 
 		 217 aa  62  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0809226  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0527  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  33.96 
 
 		 217 aa  62  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0521  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  33.96 
 
 		 217 aa  62  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0327711  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0537  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  33.96 
 
 		 217 aa  62  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.355505  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0518  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  33.96 
 
 		 217 aa  62  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.35266  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0824  TetR family transcriptional regulator  41.57 
 
 		 206 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4804  transcriptional regulator, TetR family  30.58 
 
 		 201 aa  60.5  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.120851  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47520  putative transcriptional regulator  25 
 
 		 197 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3046  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  30.97 
 
 		 216 aa  60.1  0.00000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.303422  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0319  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 206 aa  59.7  0.00000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1848  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 210 aa  59.7  0.00000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3240  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  30.09 
 
 		 213 aa  59.7  0.00000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.501766  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1128  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  34.58 
 
 		 227 aa  59.3  0.00000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000181094 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2159  TetR family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 205 aa  58.5  0.00000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8486  putative transcriptional regulator, TetR family  30.05 
 
 		 201 aa  58.5  0.00000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.251281  normal  0.72211 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1260  transcriptional regulator, TetR family  29.87 
 
 		 222 aa  57.8  0.0000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.194739 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1071  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  28.32 
 
 		 213 aa  58.2  0.0000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0117133  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4830  transcriptional regulator, TetR family  44.78 
 
 		 226 aa  57.8  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.456248  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0403  TetR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 204 aa  57.4  0.0000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.101074  normal  0.152412 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3493  TetR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 211 aa  57  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.729173  normal  0.75311 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0944  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  36.56 
 
 		 217 aa  57  0.0000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3397  TetR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 222 aa  57.4  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.15089  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6397  TetR family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 218 aa  56.2  0.0000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.467706 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0931  transcriptional regulator, TetR family  30.23 
 
 		 215 aa  56.2  0.0000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.588864  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2034  TetR family transcriptional regulator  47.69 
 
 		 228 aa  56.2  0.0000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.743283  decreased coverage  0.000716409 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3750  TetR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 230 aa  55.5  0.0000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2888  TetR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 231 aa  55.8  0.0000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.465905  normal  0.0499957 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0693  TetR family transcriptional regulator  44.62 
 
 		 207 aa  55.5  0.0000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000000831417  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5341  TetR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 194 aa  55.5  0.0000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.601109  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1569  putative transcriptional regulator  46.88 
 
 		 212 aa  55.1  0.0000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0043  regulatory protein, TetR  34.29 
 
 		 211 aa  55.1  0.0000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4799  TetR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 195 aa  55.1  0.0000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.914161 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7768  putative transcriptional regulator, TetR family  44.93 
 
 		 194 aa  55.1  0.0000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0502  TetR family transcriptional regulator  39.78 
 
 		 221 aa  55.1  0.0000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18080  TetR family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 212 aa  55.1  0.0000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2881  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  37.63 
 
 		 218 aa  54.7  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.531949 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3604  TetR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 207 aa  54.3  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.461648 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0330  transcriptional regulator, TetR family  38.38 
 
 		 233 aa  54.7  0.000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2067  TetR family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 216 aa  54.3  0.000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3071  TetR family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 210 aa  54.7  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3206  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  37.63 
 
 		 218 aa  54.7  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3066  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  37.63 
 
 		 218 aa  54.7  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.283852  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16730  transcriptional regulator, TetR family  42.86 
 
 		 213 aa  54.3  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>