More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_6268 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_6268  Shikimate kinase  100 
 
 		 170 aa  351  2.9999999999999997e-96  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00441949  normal  0.76442 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1534  Shikimate kinase  43.9 
 
 		 170 aa  140  9e-33  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3659  Shikimate kinase  43.29 
 
 		 169 aa  134  6.0000000000000005e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3226  shikimate kinase  38.71 
 
 		 172 aa  125  3e-28  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  39.86 
 
 		 166 aa  112  2.0000000000000002e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2313  Shikimate kinase  36.36 
 
 		 168 aa  112  2.0000000000000002e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0915782  hitchhiker  0.00353016 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0220  Shikimate kinase  37.58 
 
 		 167 aa  112  3e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000000013813  normal  0.0131612 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0053  shikimate kinase  36.63 
 
 		 172 aa  112  3e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.541651  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1593  shikimate kinase  33.72 
 
 		 186 aa  110  1.0000000000000001e-23  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1819  shikimate kinase  43.24 
 
 		 169 aa  109  2.0000000000000002e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0505  shikimate kinase  38.26 
 
 		 200 aa  107  1e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0532  shikimate kinase  37.58 
 
 		 206 aa  105  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00900  hypothetical protein  40.14 
 
 		 165 aa  105  4e-22  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.554703  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0977  shikimate kinase  37.16 
 
 		 168 aa  102  3e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.937224  normal  0.13223 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1282  shikimate kinase  36.36 
 
 		 178 aa  102  3e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.410778  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2532  shikimate kinase  35.71 
 
 		 173 aa  101  4e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.884272  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1479  shikimate kinase  36.18 
 
 		 193 aa  101  5e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.298287  normal  0.404477 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2817  shikimate kinase  36.18 
 
 		 181 aa  101  6e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.248239  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0528  shikimate kinase  38.73 
 
 		 168 aa  101  6e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.361692  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0535  shikimate kinase  35.57 
 
 		 205 aa  100  1e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.74412  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0294  shikimate kinase  36.24 
 
 		 204 aa  100  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1899  Shikimate kinase  40 
 
 		 184 aa  100  1e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000431404 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1529  shikimate kinase  35.53 
 
 		 180 aa  100  1e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.140024  normal  0.642585 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0441  shikimate kinase  38 
 
 		 176 aa  99.4  2e-20  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.567872  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1609  shikimate kinase  33.74 
 
 		 185 aa  98.6  3e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.451303 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1799  shikimate kinase  34.64 
 
 		 191 aa  98.6  3e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.279615  normal  0.998322 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0253  3-dehydroquinate synthase  34.64 
 
 		 551 aa  98.2  4e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0994  shikimate kinase I  40.56 
 
 		 175 aa  98.2  4e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0963  shikimate kinase I  40.56 
 
 		 175 aa  98.2  4e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1900  shikimate kinase  39.33 
 
 		 216 aa  97.8  6e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.976916  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2565  shikimate kinase  36.49 
 
 		 192 aa  97.8  7e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.412267 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  36 
 
 		 184 aa  97.4  7e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1431  shikimate kinase  33.74 
 
 		 196 aa  97.4  8e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.373345  normal  0.0895571 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2486  Shikimate kinase  36.13 
 
 		 192 aa  97.4  8e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0008  shikimate kinase  35.81 
 
 		 187 aa  97.1  1e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.780526  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  35.81 
 
 		 593 aa  97.1  1e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1840  Shikimate kinase  36.07 
 
 		 188 aa  95.5  3e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0636308  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2661  Shikimate kinase  38.51 
 
 		 170 aa  95.1  4e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000463113 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7573  shikimate kinase  37.84 
 
 		 237 aa  94.7  5e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.456344 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1467  3-dehydroquinate synthase  34.21 
 
 		 552 aa  94.7  5e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1855  shikimate kinase  36.31 
 
 		 181 aa  94.7  6e-19  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2170  shikimate kinase  33.54 
 
 		 201 aa  94.4  6e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  normal  0.0949629 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2258  shikimate kinase  33.73 
 
 		 177 aa  94.4  7e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4053  shikimate kinase  35.81 
 
 		 197 aa  94.4  7e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.477248  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_407  shikimate kinase  38 
 
 		 176 aa  94.4  8e-19  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1132  shikimate kinase  33.54 
 
 		 200 aa  94  8e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220163  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  35.76 
 
 		 170 aa  93.6  1e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0893  shikimate kinase  39.19 
 
 		 165 aa  94  1e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1555  shikimate kinase  37.84 
 
 		 170 aa  93.6  1e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.436884  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1721  Shikimate kinase  37.41 
 
 		 189 aa  93.6  1e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.547803  normal  0.0497898 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2549  Shikimate kinase  36.24 
 
 		 189 aa  92.8  2e-18  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0464  shikimate kinase  38.67 
 
 		 176 aa  92.4  2e-18  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_01791  shikimate kinase  41.53 
 
 		 198 aa  92.8  2e-18  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0539701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01231  shikimate kinase  34.64 
 
 		 197 aa  92.4  2e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.428162 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  35.66 
 
 		 172 aa  92.4  2e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1476  shikimate kinase  41.53 
 
 		 198 aa  92.4  2e-18  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2318  3-dehydroquinate synthase  37.84 
 
 		 615 aa  92.8  2e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0070259 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3740  shikimate kinase  35.37 
 
 		 188 aa  93.2  2e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.695476  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01390  shikimate kinase  37.5 
 
 		 185 aa  93.2  2e-18  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0536542  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2761  shikimate kinase  32.32 
 
 		 179 aa  92.4  2e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4313  shikimate kinase  39.19 
 
 		 170 aa  92  3e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1330  Shikimate kinase  35.1 
 
 		 219 aa  92.4  3e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0593402  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3987  shikimate kinase  39.19 
 
 		 165 aa  92.4  3e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.585593  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1700  Shikimate kinase  35.37 
 
 		 172 aa  92  3e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  34.9 
 
 		 199 aa  92.4  3e-18  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3064  shikimate kinase  36.49 
 
 		 195 aa  92  3e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0215  shikimate kinase  35.48 
 
 		 172 aa  91.7  4e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.365544  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1517  shikimate kinase  36.18 
 
 		 171 aa  92  4e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1589  Shikimate kinase, 3-dehydroquinate synthase  35.95 
 
 		 579 aa  92  4e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025257  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1457  Shikimate kinase  35.88 
 
 		 172 aa  91.7  4e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0153  shikimate kinase  43.48 
 
 		 166 aa  92  4e-18  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0346  shikimate kinase  33.78 
 
 		 191 aa  91.3  5e-18  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02051  shikimate kinase  34.46 
 
 		 192 aa  91.3  5e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1591  Shikimate kinase  33.93 
 
 		 175 aa  91.3  6e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4366  shikimate kinase  39.19 
 
 		 165 aa  90.9  7e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2486  shikimate kinase  31.93 
 
 		 190 aa  91.3  7e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0460027  normal  0.0259491 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0679  shikimate kinase  33.54 
 
 		 203 aa  90.9  7e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.528323 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0038  shikimate kinase  33.33 
 
 		 181 aa  90.9  8e-18  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0553  shikimate kinase  34.67 
 
 		 181 aa  90.5  1e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.387005  normal  0.100064 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0165  Shikimate kinase  34.9 
 
 		 172 aa  90.1  1e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06600  shikimate kinase  36.84 
 
 		 188 aa  90.5  1e-17  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4255  shikimate kinase  39.6 
 
 		 165 aa  90.1  1e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06110  Shikimate kinase  38.36 
 
 		 171 aa  90.1  1e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2029  shikimate kinase  31.76 
 
 		 200 aa  89.7  2e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3977  shikimate kinase  39.6 
 
 		 165 aa  89.7  2e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.537604  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1951  shikimate kinase  31.76 
 
 		 217 aa  89.4  2e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2745  Shikimate kinase  34.9 
 
 		 181 aa  89.4  2e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.11158  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3596  shikimate kinase  33.78 
 
 		 196 aa  89.4  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0024  shikimate kinase I  37.01 
 
 		 173 aa  89.7  2e-17  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0722  shikimate kinase  31.61 
 
 		 198 aa  89.4  2e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0837  shikimate kinase  35.5 
 
 		 190 aa  89.7  2e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.8297  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4137  shikimate kinase  38.51 
 
 		 165 aa  89.4  3e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.151576  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0839  shikimate kinase  34.67 
 
 		 176 aa  89  3e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.657447  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4457  shikimate kinase  38.51 
 
 		 165 aa  89.4  3e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.745283  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3889  shikimate kinase  34.46 
 
 		 196 aa  89  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.090563  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  36 
 
 		 174 aa  89  3e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1923  Shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  35.29 
 
 		 579 aa  89  3e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0886542 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0658  shikimate kinase  37.84 
 
 		 178 aa  89  3e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1641  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  35.29 
 
 		 604 aa  89  3e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3855  shikimate kinase I  35.33 
 
 		 173 aa  88.2  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.0000716125  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>