More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_4307 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_4307  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  100 
 
 
635 aa  1306    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.056389 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5460  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  51.86 
 
 
650 aa  671    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.665291  normal  0.225769 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2207  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  48.53 
 
 
653 aa  587  1e-166  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000576072 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3671  Sigma 54 interacting domain protein  47.27 
 
 
657 aa  582  1.0000000000000001e-165  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0268  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.81 
 
 
651 aa  558  1e-157  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5458  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.16 
 
 
582 aa  488  1e-136  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.336827 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0115  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  64.04 
 
 
481 aa  426  1e-118  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1347  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  60.13 
 
 
1082 aa  401  9.999999999999999e-111  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1348  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  60.13 
 
 
461 aa  391  1e-107  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4327  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  46.73 
 
 
875 aa  378  1e-103  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.184763 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4853  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  57.64 
 
 
457 aa  377  1e-103  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.231814  hitchhiker  0.00735887 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1739  Sigma 54 interacting domain protein  57.05 
 
 
479 aa  370  1e-101  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5444  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  57.56 
 
 
515 aa  363  5.0000000000000005e-99  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0097  Fis family transcriptional regulator  47.53 
 
 
699 aa  363  7.0000000000000005e-99  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0903  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  58.31 
 
 
693 aa  358  9.999999999999999e-98  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.10284 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4365  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  56.25 
 
 
471 aa  357  5e-97  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.231326 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2507  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  51.86 
 
 
488 aa  354  2.9999999999999997e-96  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.182398 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4854  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  54.43 
 
 
541 aa  353  7e-96  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.246176  normal  0.0147757 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1742  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  52.87 
 
 
346 aa  352  2e-95  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.167315  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2085  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  54.85 
 
 
457 aa  351  3e-95  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4737  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  56.07 
 
 
515 aa  347  4e-94  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0920124  hitchhiker  0.000878873 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0058  Fis family transcriptional regulator  51.2 
 
 
699 aa  345  1e-93  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0067  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  51.95 
 
 
699 aa  343  4e-93  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0072  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  38.25 
 
 
694 aa  342  2e-92  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1020  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family protein  51.91 
 
 
516 aa  338  1.9999999999999998e-91  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2109  Fis family transcriptional regulator  47.06 
 
 
473 aa  338  2.9999999999999997e-91  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2869  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  51.08 
 
 
648 aa  337  2.9999999999999997e-91  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.990966 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2223  NifA subfamily transcriptional regulator  50 
 
 
556 aa  337  3.9999999999999995e-91  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0251727  hitchhiker  0.000170906 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1411  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  50.92 
 
 
664 aa  337  3.9999999999999995e-91  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1282  putative GAF sensor protein  42.12 
 
 
509 aa  337  5.999999999999999e-91  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_2000  Fis family transcriptional regulator  52.04 
 
 
700 aa  336  9e-91  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.255571  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2163  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  50.79 
 
 
575 aa  334  3e-90  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1178  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  42.38 
 
 
670 aa  333  4e-90  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02345  hypothetical protein  44.04 
 
 
670 aa  333  4e-90  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2773  formate hydrogenlyase transcriptional activator  44.28 
 
 
670 aa  333  4e-90  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.309926  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02383  DNA-binding transcriptional activator, formate sensing  44.04 
 
 
668 aa  333  5e-90  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2625  formate hydrogenlyase transcriptional activator  44.04 
 
 
648 aa  333  6e-90  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1431  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  51.12 
 
 
806 aa  333  7.000000000000001e-90  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.333003  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2638  hydrogenase-4 transcriptional regulator  42.48 
 
 
670 aa  332  1e-89  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3713  formate hydrogenlyase transcriptional activator  43.78 
 
 
670 aa  332  2e-89  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.574322  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3064  formate hydrogenlyase transcriptional activator  52.5 
 
 
692 aa  331  2e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0761446 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3983  formate hydrogenlyase transcriptional activator  52.37 
 
 
692 aa  331  2e-89  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.933844  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3169  formate hydrogenlyase transcriptional activator  52.5 
 
 
687 aa  332  2e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.781229 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1185  NifA subfamily transcriptional regulator  43.8 
 
 
670 aa  331  3e-89  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.132433 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2981  formate hydrogenlyase transcriptional activator  52.5 
 
 
692 aa  331  3e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3048  formate hydrogenlyase transcriptional activator  52.5 
 
 
687 aa  331  3e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00396389 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2522  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  47.17 
 
 
509 aa  330  4e-89  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3012  formate hydrogenlyase transcriptional activator  52.5 
 
 
692 aa  330  4e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0157191 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3019  formate hydrogenlyase transcriptional activator  52.37 
 
 
692 aa  330  4e-89  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02581  DNA-binding transcriptional activator  52.37 
 
 
692 aa  330  5.0000000000000004e-89  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0958  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  52.37 
 
 
692 aa  330  5.0000000000000004e-89  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02546  hypothetical protein  52.37 
 
 
692 aa  330  5.0000000000000004e-89  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2856  formate hydrogenlyase transcriptional activator  52.37 
 
 
692 aa  330  5.0000000000000004e-89  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.573281 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0981  NifA subfamily transcriptional regulator  52.37 
 
 
692 aa  330  5.0000000000000004e-89  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.427916 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2868  formate hydrogenlyase transcriptional activator  52.37 
 
 
692 aa  330  5.0000000000000004e-89  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3204  NifA subfamily transcriptional regulator  50.62 
 
 
690 aa  328  1.0000000000000001e-88  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0398  Fis family transcriptional regulator  52.44 
 
 
687 aa  327  3e-88  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2440  NifA subfamily transcriptional regulator  52.88 
 
 
688 aa  327  4.0000000000000003e-88  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1092  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  53.69 
 
 
647 aa  326  8.000000000000001e-88  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2313  Fis family transcriptional regulator  47.9 
 
 
510 aa  326  8.000000000000001e-88  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2671  NifA subfamily transcriptional regulator  53.4 
 
 
726 aa  326  1e-87  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1266  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  49.4 
 
 
724 aa  326  1e-87  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2667  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  49.85 
 
 
551 aa  324  3e-87  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3727  Fis family transcriptional regulator  50.32 
 
 
342 aa  324  3e-87  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1951  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  49.54 
 
 
470 aa  323  5e-87  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.516267  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2724  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  49.24 
 
 
723 aa  323  7e-87  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00255153  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0887  Fis family transcriptional regulator  49.68 
 
 
488 aa  323  7e-87  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1061  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50.64 
 
 
602 aa  323  8e-87  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3135  Fis family transcriptional regulator  49.68 
 
 
488 aa  322  9.000000000000001e-87  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3227  Fis family transcriptional regulator  49.68 
 
 
488 aa  322  9.000000000000001e-87  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.539563  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1441  putative phytochrome sensor protein  43.22 
 
 
514 aa  321  3e-86  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0582  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  51.72 
 
 
517 aa  320  6e-86  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1464  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.92 
 
 
1139 aa  320  7e-86  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046229 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0972  Fis family transcriptional regulator  50.16 
 
 
488 aa  319  7.999999999999999e-86  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.699188  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2056  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  49.09 
 
 
473 aa  319  1e-85  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.732718  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1971  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  49.09 
 
 
473 aa  319  1e-85  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0887215  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1908  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  49.09 
 
 
473 aa  318  2e-85  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1027  Fis family transcriptional regulator  50.16 
 
 
486 aa  317  4e-85  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0958  Fis family transcriptional regulator  50.16 
 
 
486 aa  317  4e-85  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3332  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  50.16 
 
 
486 aa  317  5e-85  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1060  Fis family transcriptional regulator  50.16 
 
 
486 aa  317  6e-85  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3660  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  49.35 
 
 
488 aa  314  2.9999999999999996e-84  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.69 
 
 
515 aa  313  3.9999999999999997e-84  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3359  NifA subfamily transcriptional regulator  49.1 
 
 
674 aa  314  3.9999999999999997e-84  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0346  formate hydrogenlyase transcriptional activator, putative  44.94 
 
 
518 aa  313  4.999999999999999e-84  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.501163 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2253  Fis family transcriptional regulator  46.45 
 
 
648 aa  311  2e-83  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.358713  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3906  transcriptional regulator, Fis family protein  45.13 
 
 
480 aa  311  2e-83  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3199  Fis family transcriptional regulator  50 
 
 
520 aa  311  2.9999999999999997e-83  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2053  Fis family transcriptional regulator  47.58 
 
 
664 aa  310  5.9999999999999995e-83  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2337  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.63 
 
 
521 aa  310  6.999999999999999e-83  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2456  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  49.84 
 
 
525 aa  309  1.0000000000000001e-82  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0352047  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1401  NifA subfamily transcriptional regulator  49.84 
 
 
562 aa  309  1.0000000000000001e-82  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2402  transcriptional regulator, Fis family  47.72 
 
 
641 aa  309  1.0000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2552  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  49.84 
 
 
525 aa  309  1.0000000000000001e-82  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1563  Fis family transcriptional regulator  48.29 
 
 
348 aa  309  1.0000000000000001e-82  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.290119  normal  0.356277 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3993  Fis family transcriptional regulator  49.2 
 
 
486 aa  309  1.0000000000000001e-82  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000527576  normal  0.307332 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1785  NifA subfamily transcriptional regulator  50.96 
 
 
507 aa  308  2.0000000000000002e-82  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3750  Fis family transcriptional regulator  48.08 
 
 
379 aa  308  2.0000000000000002e-82  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.634996  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2429  NifA subfamily transcriptional regulator  47.94 
 
 
522 aa  308  2.0000000000000002e-82  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0629809 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2893  transcriptional regulator, Fis family  46.57 
 
 
630 aa  308  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.359739 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>