More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphamn1_0960 on replicon NC_010831
Organism: Chlorobium phaeobacteroides BS1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010831  Cphamn1_0960  shikimate kinase  100 
 
 		 199 aa  405  1.0000000000000001e-112  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1516  shikimate kinase  75.94 
 
 		 197 aa  298  4e-80  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.681098 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0946  shikimate kinase  66.33 
 
 		 199 aa  259  2e-68  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.133424  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0837  shikimate kinase  64.52 
 
 		 190 aa  247  9e-65  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.8297  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1406  shikimate kinase  65.38 
 
 		 202 aa  239  1e-62  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.812389  normal  0.370393 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1220  shikimate kinase  65.56 
 
 		 190 aa  237  8e-62  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.455019  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1763  shikimate kinase  60.85 
 
 		 264 aa  234  5.0000000000000005e-61  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2486  Shikimate kinase  42.16 
 
 		 192 aa  138  3.9999999999999997e-32  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1591  Shikimate kinase  40.46 
 
 		 175 aa  120  9.999999999999999e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  40.7 
 
 		 166 aa  117  9.999999999999999e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2258  shikimate kinase  36.32 
 
 		 177 aa  113  2.0000000000000002e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4020  shikimate kinase  35.56 
 
 		 181 aa  111  7.000000000000001e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.263055  normal  0.623088 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  34.46 
 
 		 173 aa  110  1.0000000000000001e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2922  shikimate kinase  35.88 
 
 		 165 aa  110  1.0000000000000001e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0658  shikimate kinase  34.25 
 
 		 178 aa  107  1e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0165  Shikimate kinase  37.72 
 
 		 172 aa  107  2e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  36.57 
 
 		 174 aa  105  3e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4089  shikimate kinase  33.53 
 
 		 165 aa  105  5e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4313  shikimate kinase  34.71 
 
 		 170 aa  103  1e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3977  shikimate kinase  34.12 
 
 		 165 aa  103  1e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.537604  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  34.86 
 
 		 593 aa  104  1e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4366  shikimate kinase  34.12 
 
 		 165 aa  103  1e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3130  shikimate kinase  38.71 
 
 		 192 aa  103  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4255  shikimate kinase  34.12 
 
 		 165 aa  103  2e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1819  shikimate kinase  34.09 
 
 		 169 aa  103  2e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1529  shikimate kinase  34.71 
 
 		 180 aa  103  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.140024  normal  0.642585 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3987  shikimate kinase  33.53 
 
 		 165 aa  102  3e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.585593  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0893  shikimate kinase  34.12 
 
 		 165 aa  102  3e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3534  Shikimate kinase  35.29 
 
 		 207 aa  102  5e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4137  shikimate kinase  34.12 
 
 		 165 aa  101  7e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.151576  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0989  shikimate kinase  35.58 
 
 		 189 aa  101  7e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.764928  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4457  shikimate kinase  34.12 
 
 		 165 aa  101  7e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.745283  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  38.86 
 
 		 190 aa  101  8e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  35.43 
 
 		 190 aa  101  9e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0977  shikimate kinase  35.47 
 
 		 168 aa  101  9e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.937224  normal  0.13223 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1479  shikimate kinase  34.71 
 
 		 193 aa  100  1e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.298287  normal  0.404477 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0722  shikimate kinase  35.39 
 
 		 198 aa  100  1e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0553  shikimate kinase  33.15 
 
 		 181 aa  99.8  2e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.387005  normal  0.100064 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2817  shikimate kinase  34.71 
 
 		 181 aa  100  2e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.248239  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2661  Shikimate kinase  33.53 
 
 		 170 aa  100  2e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000463113 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1555  shikimate kinase  34.83 
 
 		 170 aa  99.8  2e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.436884  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1517  shikimate kinase  31.43 
 
 		 171 aa  99.8  2e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1855  shikimate kinase  33.51 
 
 		 181 aa  99.4  3e-20  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45250  shikimate kinase  38.01 
 
 		 172 aa  99.8  3e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0613  shikimate kinase  36.31 
 
 		 180 aa  99.4  3e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0038  shikimate kinase  31.75 
 
 		 181 aa  99.4  3e-20  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0441  shikimate kinase  35 
 
 		 176 aa  99  5e-20  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.567872  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5776  shikimate kinase  35.03 
 
 		 172 aa  98.6  5e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0528  shikimate kinase  35.67 
 
 		 168 aa  98.6  5e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.361692  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66610  shikimate kinase  36.16 
 
 		 172 aa  98.6  5e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1700  Shikimate kinase  36.13 
 
 		 172 aa  98.2  7e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  35.93 
 
 		 184 aa  98.2  7e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2745  Shikimate kinase  34.83 
 
 		 181 aa  98.2  8e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.11158  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0198  Shikimate kinase  36.47 
 
 		 162 aa  97.4  1e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2313  Shikimate kinase  35.8 
 
 		 168 aa  97.1  1e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0915782  hitchhiker  0.00353016 
 
 
-
 
NC_002936  DET0464  shikimate kinase  35.56 
 
 		 176 aa  96.7  2e-19  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1593  shikimate kinase  36.54 
 
 		 186 aa  96.7  2e-19  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2745  shikimate kinase  34.34 
 
 		 173 aa  96.7  2e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.164945  normal  0.272805 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1467  3-dehydroquinate synthase  35.63 
 
 		 552 aa  96.7  2e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0781  shikimate kinase  32.6 
 
 		 170 aa  97.1  2e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.275347  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3267  shikimate kinase  33.14 
 
 		 229 aa  96.7  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0253  3-dehydroquinate synthase  36.61 
 
 		 551 aa  96.7  2e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01201  shikimate kinase  34.5 
 
 		 185 aa  96.3  3e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1330  Shikimate kinase  34.27 
 
 		 219 aa  95.5  4e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0593402  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5127  shikimate kinase  37.97 
 
 		 172 aa  95.1  5e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0408  shikimate kinase  36.26 
 
 		 172 aa  95.5  5e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1799  shikimate kinase  36.36 
 
 		 191 aa  95.1  5e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.279615  normal  0.998322 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2026  shikimate kinase  36 
 
 		 175 aa  95.1  6e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0209  Shikimate kinase  35.88 
 
 		 162 aa  95.1  6e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1900  shikimate kinase  35.36 
 
 		 216 aa  95.1  6e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.976916  n/a   
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_10503  predicted protein  39.1 
 
 		 170 aa  95.1  6e-19  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3659  Shikimate kinase  39.61 
 
 		 169 aa  95.1  6e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_407  shikimate kinase  31.67 
 
 		 176 aa  94.7  7e-19  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4347  shikimate kinase  33.13 
 
 		 156 aa  94.7  7e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1804  Shikimate kinase  34.91 
 
 		 172 aa  94  1e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0266  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  36.26 
 
 		 539 aa  94  1e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1020  shikimate kinase  33.55 
 
 		 177 aa  93.6  2e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0410  shikimate kinase  38.61 
 
 		 172 aa  93.2  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0407495  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1942  Shikimate kinase  37.34 
 
 		 167 aa  93.2  2e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.195968  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00510  shikimate kinase I  33.92 
 
 		 171 aa  93.6  2e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000702686  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2761  shikimate kinase  33.9 
 
 		 179 aa  93.2  2e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0547  shikimate kinase  36.36 
 
 		 163 aa  93.2  2e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4117  shikimate kinase  34.24 
 
 		 182 aa  93.2  2e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.944295  hitchhiker  0.000000685723 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2970  shikimate kinase  32.76 
 
 		 190 aa  92.8  3e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5079  shikimate kinase  37.34 
 
 		 172 aa  92.4  4e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0215  shikimate kinase  32.96 
 
 		 172 aa  92.4  4e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.365544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  34.19 
 
 		 195 aa  92.4  4e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  32.16 
 
 		 170 aa  92.4  4e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4952  shikimate kinase  37.34 
 
 		 172 aa  92.4  4e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3598  shikimate kinase  31.98 
 
 		 183 aa  92  5e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000887516  hitchhiker  0.0000000252706 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1633  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  35.06 
 
 		 594 aa  91.7  6e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.364457  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0894  shikimate kinase  35.53 
 
 		 190 aa  91.7  6e-18  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00120765  hitchhiker  0.000836884 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  34.16 
 
 		 179 aa  91.7  7e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0387  shikimate kinase  39.07 
 
 		 163 aa  91.3  8e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.458969  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6641  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  30.11 
 
 		 342 aa  91.3  8e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.451308  normal  0.130059 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3226  shikimate kinase  34.57 
 
 		 172 aa  91.3  8e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0746  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  33.33 
 
 		 306 aa  91.3  9e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.248494  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0963  shikimate kinase I  34.29 
 
 		 175 aa  90.5  1e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1091  shikimate kinase  38.51 
 
 		 172 aa  90.5  1e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.393566  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0111  shikimate kinase  33.92 
 
 		 185 aa  90.9  1e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>