More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ccel_1468 on replicon NC_011898
Organism: Clostridium cellulolyticum H10



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011898  Ccel_1468  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 182 aa  367  1e-101  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0100935  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0552  transcriptional regulator  46.99 
 
 		 183 aa  170  1e-41  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0032692  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1243  transcriptional regulator  42.39 
 
 		 184 aa  161  4.0000000000000004e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0495  transcriptional regulator, XRE family  42.39 
 
 		 184 aa  158  5e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17340  cupin domain-containing protein  42.13 
 
 		 186 aa  157  1e-37  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.224659  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1702  transcriptional regulator, XRE family  43.09 
 
 		 183 aa  155  2e-37  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0316  cupin 2 domain-containing protein  42.93 
 
 		 184 aa  153  1e-36  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1398  XRE family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 184 aa  152  2e-36  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.365461  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0108  transcriptional regulator, XRE family  43.26 
 
 		 186 aa  153  2e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0521  cupin 2 domain-containing protein  42.93 
 
 		 184 aa  152  2.9999999999999998e-36  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2171  transcriptional regulator  40.76 
 
 		 184 aa  148  5e-35  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.809699 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0609  cupin sensor transcriptional regulator  40.76 
 
 		 184 aa  147  8e-35  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.176567  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0154  XRE family transcriptional regulator  40.11 
 
 		 182 aa  144  8.000000000000001e-34  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0587  cupin 2 domain-containing protein  41.3 
 
 		 184 aa  143  1e-33  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0817  transcriptional regulator, XRE family  37.91 
 
 		 184 aa  142  2e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0002  transcriptional regulator, XRE family  39.55 
 
 		 184 aa  142  3e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.138514 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0992  cupin 2 domain-containing protein  39.55 
 
 		 186 aa  141  4e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  0.00214756  normal  0.392819 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2318  transcriptional regulator  38.46 
 
 		 188 aa  142  4e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00466136  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07930  cupin domain-containing protein  30.48 
 
 		 194 aa  95.5  3e-19  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.211936  normal  0.409576 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1709  transcriptional regulator, XRE family  30.11 
 
 		 193 aa  94.7  6e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17550  putative transcriptional regulator with cupin domain  30.85 
 
 		 200 aa  90.1  2e-17  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0466174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  29.19 
 
 		 211 aa  86.3  2e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 187 aa  84.3  7e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1110  Phosphate butyryltransferase  33.13 
 
 		 503 aa  82.4  0.000000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 187 aa  81.6  0.000000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3151  Cupin 2 conserved barrel domain protein  33.13 
 
 		 503 aa  82  0.000000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0650  XRE family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 187 aa  81.3  0.000000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0437  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 212 aa  81.6  0.000000000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3263  transcriptional regulator, XRE family  28.34 
 
 		 188 aa  79  0.00000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1889  transcriptional regulator, XRE family  29.57 
 
 		 188 aa  78.2  0.00000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2320  transcriptional regulator, XRE family  29.57 
 
 		 188 aa  78.2  0.00000000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0524  XRE family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 187 aa  77.8  0.00000000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000827128  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1819  transcriptional regulator, XRE family  33.98 
 
 		 191 aa  77.4  0.0000000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0201582  normal  0.3413 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 212 aa  77  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2902  Cupin 2 conserved barrel domain protein  29.21 
 
 		 189 aa  77  0.0000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09060  predicted transcriptional regulator  37.5 
 
 		 192 aa  77  0.0000000000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.391815  normal  0.265834 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1539  MerR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 292 aa  75.9  0.0000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0172454  normal  0.655759 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1702  transcriptional regulator, XRE family  31.1 
 
 		 218 aa  75.1  0.0000000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0165  XRE family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 200 aa  73.6  0.000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0661  MerR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 192 aa  72  0.000000000005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0474  XRE family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 192 aa  71.6  0.000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.554508  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  27.75 
 
 		 197 aa  70.5  0.00000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0925  transcriptional regulator, XRE family  33.1 
 
 		 205 aa  69.3  0.00000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1039  MerR family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 192 aa  69.3  0.00000000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7693  transcriptional regulator MerR family  28.99 
 
 		 271 aa  69.3  0.00000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.56372  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3035  XRE family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 208 aa  68.9  0.00000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.348685 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2247  transcriptional regulator, XRE family  28.49 
 
 		 190 aa  68.6  0.00000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1587  helix-turn-helix domain-containing protein  27.17 
 
 		 192 aa  68.6  0.00000000005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.494606  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5912  XRE family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 213 aa  68.2  0.00000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0325  XRE family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 192 aa  68.2  0.00000000007  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3025  XRE family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 281 aa  67  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.925102 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1444  cupin 2 domain-containing protein  36.36 
 
 		 192 aa  67  0.0000000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4678  MerR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 276 aa  67.4  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.825044  normal  0.111013 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2646  XRE family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 182 aa  67.4  0.0000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2819  MerR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 192 aa  66.2  0.0000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.142376 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1985  transcriptional regulator, XRE family  27.93 
 
 		 190 aa  66.6  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.127285  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5954  transcriptional regulator, XRE family  27.93 
 
 		 187 aa  65.1  0.0000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0943  XRE family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 182 aa  65.1  0.0000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 204 aa  65.1  0.0000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3489  XRE family transcriptional regulator  24.73 
 
 		 187 aa  64.7  0.0000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3301  XRE family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 234 aa  65.1  0.0000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2004  MerR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 178 aa  64.7  0.0000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00158357  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5931  transcriptional regulator, XRE family  27.37 
 
 		 190 aa  64.7  0.0000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5244  XRE family transcriptional regulator  25.14 
 
 		 180 aa  64.7  0.0000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.664792  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5615  XRE family transcriptional regulator  25.14 
 
 		 180 aa  64.7  0.0000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.322287  normal  0.0794813 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5268  Cro/CI family transcriptional regulator  25.88 
 
 		 182 aa  64.7  0.0000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5444  XRE family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 180 aa  64.3  0.0000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00345676  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4357  transcriptional regulator, MerR family  29.19 
 
 		 269 aa  64.7  0.0000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00580847 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4613  XRE family transcriptional regulator  25.14 
 
 		 180 aa  64.7  0.0000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.101875  hitchhiker  0.00323798 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3519  transcriptional regulator, XRE family  29.94 
 
 		 210 aa  64.3  0.0000000009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0116433 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0980  XRE family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 181 aa  64.3  0.0000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000294477  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1058  XRE family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 184 aa  63.9  0.000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5320  XRE family transcriptional regulator  25.88 
 
 		 182 aa  63.9  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.8166  normal  0.310919 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0076  XRE family transcriptional regulator  24.29 
 
 		 180 aa  63.9  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196991  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5178  XRE family transcriptional regulator  25.88 
 
 		 199 aa  64.3  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.174471  normal  0.155373 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3867  XRE family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 201 aa  64.3  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2505  XRE family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 220 aa  63.9  0.000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4802  helix-turn-helix domain protein  27.53 
 
 		 233 aa  63.9  0.000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.329061  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4894  XRE family transcriptional regulator  24.16 
 
 		 180 aa  63.9  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0489002 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0970  XRE family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 182 aa  63.9  0.000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0311  cupin 2 domain-containing protein  38.36 
 
 		 189 aa  63.5  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4562  transcriptional regulator, XRE family  29.63 
 
 		 173 aa  63.5  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0202  XRE family transcriptional regulator  25.88 
 
 		 182 aa  63.2  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.614203  hitchhiker  0.00167713 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5748  transcriptional regulator  27.62 
 
 		 219 aa  63.2  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1091  XRE family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 182 aa  63.2  0.000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.158888  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2858  transcriptional regulator, XRE family  26.26 
 
 		 215 aa  63.2  0.000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000622832  normal  0.0374075 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1668  transcriptional regulator, XRE family  33.72 
 
 		 188 aa  62.8  0.000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.580406  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0277  XRE family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 204 aa  62.8  0.000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.128046  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2909  MerR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 292 aa  62.8  0.000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1871  putative HTH-type transcriptional regulator  27.22 
 
 		 215 aa  62.4  0.000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0589891  normal  0.573197 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4528  transcriptional regulator, XRE family  28.4 
 
 		 173 aa  62  0.000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3329  transcriptional regulator  24.68 
 
 		 201 aa  62.4  0.000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.855836  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  26.35 
 
 		 196 aa  62  0.000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1128  XRE family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 182 aa  62.4  0.000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2921  XRE family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 208 aa  62  0.000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.899455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3003  XRE family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 208 aa  62  0.000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252662  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1987  transcriptional regulator, XRE family  25.7 
 
 		 187 aa  62  0.000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.144245  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3100  XRE family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 208 aa  62  0.000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.510523  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1195  XRE family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 182 aa  61.6  0.000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.152731  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1104  cupin 2 domain-containing protein  26.09 
 
 		 182 aa  61.6  0.000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.183758  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>