More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ccel_0372 on replicon NC_011898
Organism: Clostridium cellulolyticum H10



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011898  Ccel_0372  shikimate kinase  100 
 
 		 167 aa  338  1e-92  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0374428  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2255  shikimate kinase  56.79 
 
 		 166 aa  187  5e-47  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1256  shikimate kinase  53.46 
 
 		 166 aa  184  3e-46  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1850  shikimate kinase  56.05 
 
 		 174 aa  182  2.0000000000000003e-45  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.620898 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3880  shikimate kinase  51.22 
 
 		 170 aa  172  1.9999999999999998e-42  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2437  shikimate kinase  46.3 
 
 		 169 aa  157  7e-38  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00281475  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0731  shikimate kinase  44.85 
 
 		 170 aa  152  2e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000355155  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2014  shikimate kinase  44.94 
 
 		 169 aa  151  4e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3097  shikimate kinase  50.35 
 
 		 177 aa  145  3e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12700  shikimate kinase  48.63 
 
 		 179 aa  141  3e-33  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.947256  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0096  Shikimate kinase  41.72 
 
 		 171 aa  141  4e-33  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.650156  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1018  shikimate kinase  41.21 
 
 		 170 aa  139  9.999999999999999e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1230  shikimate kinase  42.24 
 
 		 171 aa  137  7e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0517  Shikimate kinase  37.65 
 
 		 173 aa  129  1.0000000000000001e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0103494  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3183  shikimate kinase  41.61 
 
 		 169 aa  125  2.0000000000000002e-28  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.020728  hitchhiker  0.00306949 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2609  shikimate kinase  38.04 
 
 		 182 aa  124  5e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0706478  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2426  shikimate kinase  41.77 
 
 		 167 aa  122  2e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00106596  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0200  shikimate kinase  43.15 
 
 		 174 aa  120  9.999999999999999e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.495734  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1973  shikimate kinase  38.27 
 
 		 192 aa  119  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0334894  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0183  shikimate kinase  41.45 
 
 		 201 aa  117  6e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000422214 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0912  shikimate kinase  38.26 
 
 		 173 aa  115  3e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0683  shikimate kinase  37.27 
 
 		 196 aa  111  4.0000000000000004e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.47245  normal  0.517024 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0723  shikimate kinase  36.62 
 
 		 180 aa  107  8.000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0827  shikimate kinase  43.06 
 
 		 173 aa  102  3e-21  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  34.73 
 
 		 170 aa  102  4e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0971  shikimate kinase  37.14 
 
 		 185 aa  101  4e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.488424 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  32.93 
 
 		 183 aa  95.9  2e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1563  shikimate 5-dehydrogenase  31.25 
 
 		 462 aa  95.9  2e-19  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2368  Shikimate kinase  33.94 
 
 		 165 aa  95.9  3e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0733676  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  34.38 
 
 		 166 aa  94  9e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1529  shikimate kinase  29.52 
 
 		 180 aa  90.9  8e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.140024  normal  0.642585 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2168  shikimate kinase  32.54 
 
 		 186 aa  90.5  9e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.157663  normal  0.699838 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3108  shikimate kinase  31.87 
 
 		 184 aa  90.1  1e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0973333 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2922  shikimate kinase  32.53 
 
 		 165 aa  89.4  2e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1878  shikimate kinase  30.77 
 
 		 186 aa  89  3e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.190429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3757  shikimate kinase  33.54 
 
 		 220 aa  88.6  4e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.28547 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1381  Shikimate kinase  33.33 
 
 		 188 aa  88.2  4e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66610  shikimate kinase  32.94 
 
 		 172 aa  87.8  7e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4137  shikimate kinase  30.72 
 
 		 165 aa  87.4  9e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.151576  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4457  shikimate kinase  30.72 
 
 		 165 aa  87.4  9e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.745283  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2394  shikimate kinase  33.13 
 
 		 235 aa  87  9e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0537211  normal  0.130016 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2353  shikimate kinase  33.13 
 
 		 235 aa  87  9e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2400  shikimate kinase  33.13 
 
 		 235 aa  87  9e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0971022 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12559  shikimate kinase  33.95 
 
 		 176 aa  86.7  1e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000121488  normal  0.108726 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5776  shikimate kinase  32.94 
 
 		 172 aa  86.7  1e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  38.26 
 
 		 184 aa  86.7  1e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1002  shikimate kinase  33.78 
 
 		 183 aa  87  1e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0859  shikimate kinase II  31.17 
 
 		 174 aa  85.9  2e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.386804 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1479  shikimate kinase  29.52 
 
 		 193 aa  86.3  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.298287  normal  0.404477 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2817  shikimate kinase  29.52 
 
 		 181 aa  86.3  2e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.248239  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6534  Shikimate kinase  32.5 
 
 		 167 aa  86.7  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0818749  normal  0.0132303 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1220  shikimate kinase  31.98 
 
 		 190 aa  85.9  2e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.455019  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5079  shikimate kinase  32.94 
 
 		 172 aa  85.9  3e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4952  shikimate kinase  32.94 
 
 		 172 aa  85.9  3e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1609  shikimate kinase  31.82 
 
 		 185 aa  85.1  4e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.451303 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1113  shikimate kinase  35.85 
 
 		 163 aa  85.1  4e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0015491  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0678  shikimate kinase  28.74 
 
 		 182 aa  85.1  4e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.211914 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2209  shikimate kinase  34.72 
 
 		 165 aa  84.7  5e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.218962  normal  0.751084 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0786  shikimate kinase  30.3 
 
 		 174 aa  84.7  5e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45250  shikimate kinase  31.18 
 
 		 172 aa  84.7  5e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15450  shikimate kinase  35.22 
 
 		 180 aa  84.3  6e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.801598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  32.74 
 
 		 172 aa  84.3  6e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1517  shikimate kinase  32.5 
 
 		 171 aa  84.3  6e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0408  shikimate kinase  31.76 
 
 		 172 aa  84.3  7e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1091  shikimate kinase  32.52 
 
 		 172 aa  84.3  7e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.393566  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5127  shikimate kinase  31.76 
 
 		 172 aa  84  8e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2646  shikimate kinase  32.93 
 
 		 220 aa  84  8e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.323516  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1700  shikimate kinase  34.39 
 
 		 187 aa  84  9e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.173109  normal  0.18068 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4089  shikimate kinase  29.52 
 
 		 165 aa  84  9e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3113  shikimate kinase II  26.83 
 
 		 173 aa  83.6  0.000000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.907983  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0013  shikimate kinase  30.06 
 
 		 175 aa  84  0.000000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.668155  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  31.95 
 
 		 174 aa  83.2  0.000000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0410  shikimate kinase  31.18 
 
 		 172 aa  83.2  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0407495  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  31.93 
 
 		 173 aa  82.8  0.000000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2925  shikimate kinase  31.85 
 
 		 179 aa  83.2  0.000000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3534  Shikimate kinase  34.18 
 
 		 207 aa  82.4  0.000000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3267  shikimate kinase  32.3 
 
 		 229 aa  82.8  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0311  shikimate kinase  32.5 
 
 		 184 aa  83.2  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2273  shikimate kinase  32.34 
 
 		 199 aa  82.8  0.000000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.151657  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1308  shikimate kinase  34.81 
 
 		 172 aa  82.8  0.000000000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0211808 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3152  Shikimate kinase  31.76 
 
 		 192 aa  82  0.000000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3130  shikimate kinase  30.63 
 
 		 192 aa  82  0.000000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3489  shikimate kinase  31.25 
 
 		 184 aa  82.4  0.000000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2952  Shikimate kinase  33.96 
 
 		 171 aa  82  0.000000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000140842  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1754  Shikimate kinase  30.99 
 
 		 184 aa  82.4  0.000000000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  30.91 
 
 		 195 aa  81.6  0.000000000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0611  shikimate kinase  29.81 
 
 		 180 aa  82  0.000000000000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.78726  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0392  shikimate kinase  31.25 
 
 		 184 aa  81.3  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4366  shikimate kinase  28.92 
 
 		 165 aa  81.6  0.000000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2970  shikimate kinase  30.63 
 
 		 190 aa  80.9  0.000000000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3282  shikimate kinase II  30.38 
 
 		 174 aa  80.9  0.000000000000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.970543  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3143  shikimate kinase II  30.38 
 
 		 174 aa  80.9  0.000000000000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.770724  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3598  shikimate kinase  30 
 
 		 183 aa  80.9  0.000000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000887516  hitchhiker  0.0000000252706 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3401  shikimate kinase  33.77 
 
 		 182 aa  80.9  0.000000000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3014  Shikimate kinase  33.33 
 
 		 203 aa  80.5  0.000000000000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0650528 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  29.09 
 
 		 174 aa  80.5  0.000000000000009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3142  3-dehydroquinate synthase  32.69 
 
 		 519 aa  80.5  0.000000000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.953836  hitchhiker  0.00997966 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3793  shikimate kinase I  32.74 
 
 		 173 aa  80.5  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.013782  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1030  shikimate 5-dehydrogenase  30.13 
 
 		 454 aa  80.1  0.00000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3684  shikimate kinase I  32.74 
 
 		 173 aa  80.5  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000504262  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>