More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_5030 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010676  Bphyt_5030  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 189 aa  383  1e-106  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.938239  normal  0.565327 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5130  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  69.78 
 
 		 188 aa  258  3e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.87177  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6405  XRE family transcriptional regulator  50.83 
 
 		 189 aa  198  3.9999999999999996e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146143  normal  0.496408 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2103  XRE family transcriptional regulator  50.85 
 
 		 191 aa  192  3e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2039  transcriptional regulator, XRE family  53.59 
 
 		 187 aa  189  2e-47  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.558818 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4478  transcriptional regulator  44.75 
 
 		 188 aa  157  8e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0503  transcriptional regulator, XRE family  46.59 
 
 		 194 aa  156  2e-37  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0483553 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0115  transcriptional regulatory protein  46.81 
 
 		 194 aa  150  8.999999999999999e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4522  transcriptional regulator, XRE family  45.36 
 
 		 188 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0681879  normal  0.0291061 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1428  DNA-binding protein  41.44 
 
 		 192 aa  144  8.000000000000001e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4257  transcriptional regulator, XRE family  43.96 
 
 		 189 aa  142  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.166003  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3174  DNA-binding protein  41.44 
 
 		 195 aa  138  4.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.9176  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1881  DNA-binding protein  41.44 
 
 		 195 aa  138  6e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2019  DNA-binding protein  41.44 
 
 		 195 aa  138  6e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.649802  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0895  DNA-binding protein  41.44 
 
 		 195 aa  138  6e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.955987  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3191  DNA-binding protein  41.44 
 
 		 195 aa  138  6e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.479355  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3471  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 197 aa  137  1e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2728  DNA-binding protein  40.78 
 
 		 195 aa  135  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3137  DNA-binding protein  40.88 
 
 		 195 aa  135  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0099  transcriptional regulator, XRE family  40.54 
 
 		 194 aa  134  7.000000000000001e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.798061 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40150  putative transcriptional regulator  40.56 
 
 		 183 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4180  XRE family transcriptional regulator  41.62 
 
 		 199 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2210  transcriptional regulator, XRE family  42.7 
 
 		 195 aa  132  1.9999999999999998e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.949814  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0127  transcriptional regulator, XRE family  41.99 
 
 		 193 aa  132  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.116873  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3403  putative transcriptional regulator  41.99 
 
 		 183 aa  132  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1025  XRE family transcriptional regulator  39.56 
 
 		 219 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.976587  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1655  helix-turn-helix domain protein  43.02 
 
 		 194 aa  128  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000652652  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1029  XRE family transcriptional regulator  39.56 
 
 		 219 aa  128  6e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.289543  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5472  putative transcriptional regulator, XRE family  43.43 
 
 		 198 aa  126  2.0000000000000002e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0377247 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2158  XRE family transcriptional regulator  39.23 
 
 		 224 aa  124  6e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00315318  normal  0.41098 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2085  XRE family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 207 aa  124  7e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.323846  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4259  XRE family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 206 aa  122  3e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.655976  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1033  transcriptional regulator, XRE family  38.59 
 
 		 195 aa  121  5e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1123  XRE family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 221 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0106313  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0668  XRE family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 206 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1147  XRE family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 206 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3132  putative transcription regulator protein  38.25 
 
 		 209 aa  117  7.999999999999999e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.25062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4768  XRE family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 193 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.2486  normal  0.289686 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3563  transcriptional regulator, XRE family  37.23 
 
 		 189 aa  116  9.999999999999999e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3726  transcriptional regulator, XRE family  37.89 
 
 		 195 aa  116  1.9999999999999998e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5267  transcriptional regulator, XRE family  36.84 
 
 		 190 aa  107  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.782951 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1354  XRE family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 190 aa  106  3e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0758784  decreased coverage  0.00460659 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1454  XRE family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 189 aa  105  6e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.513852  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1088  transcriptional regulator  35.75 
 
 		 183 aa  95.9  3e-19  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0981  DNA-binding protein  35.2 
 
 		 183 aa  94.7  7e-19  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5929  XRE family transcriptional regulator  39.87 
 
 		 202 aa  88.6  5e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.828276  normal  0.0967353 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5143  putative transcriptional regulator, XRE family  32.96 
 
 		 192 aa  82.8  0.000000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0117731  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1265  XRE family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 203 aa  82.4  0.000000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.509144  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3551  transcriptional regulator, XRE family  34.44 
 
 		 196 aa  78.2  0.00000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS04780  putative transcription regulator protein  34.21 
 
 		 205 aa  72.4  0.000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05657  putative DNA-binding transcriptional regulatory transcription regulator protein  34.21 
 
 		 205 aa  72.4  0.000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4806  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.15 
 
 		 203 aa  72  0.000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.852816 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1982  XRE family transcriptional regulator  43.66 
 
 		 175 aa  69.3  0.00000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.623481  normal  0.364753 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4931  transcriptional regulator, XRE family  29.89 
 
 		 187 aa  68.9  0.00000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0328  transcriptional regulator, XRE family  28.11 
 
 		 191 aa  68.2  0.00000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000353964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0327  XRE family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 191 aa  68.2  0.00000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000523898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0321  XRE family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 191 aa  68.2  0.00000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000250107  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0323  XRE family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 191 aa  67.8  0.00000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000737434  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1338  XRE family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 198 aa  66.6  0.0000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1642  XRE family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 186 aa  66.6  0.0000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.065261  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3529  XRE family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 200 aa  65.9  0.0000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.295271 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2770  XRE family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 192 aa  65.9  0.0000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.169539 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1139  transcriptional regulator  30.25 
 
 		 232 aa  65.5  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.483755  normal  0.0958639 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5265  XRE family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 219 aa  65.5  0.0000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.223709 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4986  XRE family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 219 aa  65.5  0.0000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4897  XRE family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 219 aa  65.5  0.0000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4589  transcriptional regulator, XRE family  28.81 
 
 		 188 aa  65.1  0.0000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0319  XRE family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 191 aa  65.1  0.0000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000379854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2294  XRE family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 211 aa  64.7  0.0000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.328361 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0641  XRE family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 211 aa  64.7  0.0000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4268  transcriptional regulator, XRE family  30.17 
 
 		 188 aa  64.3  0.000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2231  XRE family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 187 aa  64.3  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000245077 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0424  XRE family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 188 aa  64.3  0.000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0956  DNA-binding protein  39.24 
 
 		 92 aa  63.2  0.000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00187553  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0944  DNA-binding protein transcriptional regulator  39.47 
 
 		 149 aa  63.5  0.000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000485883  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6009  XRE family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 219 aa  63.2  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.285081  hitchhiker  0.00726065 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2505  XRE family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 220 aa  63.2  0.000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0324  XRE family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 191 aa  63.2  0.000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000421536  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2075  helix-turn-helix domain protein  28.18 
 
 		 196 aa  63.5  0.000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.241547  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1022  DNA-binding protein  39.74 
 
 		 149 aa  62.8  0.000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000116919  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2614  transcriptional regulator  27.93 
 
 		 248 aa  62.8  0.000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.325655  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4365  XRE family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 197 aa  62.8  0.000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000321232  normal  0.264561 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3700  XRE family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 191 aa  62.8  0.000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000696836  normal  0.275941 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1103  hypothetical protein  39.24 
 
 		 149 aa  62.4  0.000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.23911e-56 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2004  MerR family transcriptional regulator  25.15 
 
 		 178 aa  62.4  0.000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00158357  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2581  DNA-binding protein  29.7 
 
 		 209 aa  61.6  0.000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.449808  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0945  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 149 aa  61.2  0.000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000414379  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1295  XRE family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 222 aa  61.2  0.000000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.419553 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2272  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  28.66 
 
 		 201 aa  61.2  0.000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.306888  normal  0.104106 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1789  transcriptional regulator, Cro/CI family  28.57 
 
 		 200 aa  60.5  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.225 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1063  hypothetical protein  38.46 
 
 		 149 aa  60.8  0.00000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0001043  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3308  transcriptional regulator  29.78 
 
 		 187 aa  60.8  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.38656  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1787  Cro/CI family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 200 aa  61.2  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0263563  normal  0.220225 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1668  Cro/CI family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 200 aa  60.5  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.118403 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1064  transciptional regulator  24.69 
 
 		 195 aa  60.8  0.00000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1849  Cro/CI family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 200 aa  60.5  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.646761  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0274  transcriptional regulator, XRE family  29.41 
 
 		 205 aa  60.1  0.00000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.64998  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1719  XRE family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 178 aa  60.1  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.499876  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1783  XRE family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 178 aa  60.1  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1556  transcriptional regulator, XRE family  42.42 
 
 		 178 aa  60.1  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>