More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_2880 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



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Plasmid unclonability p-value
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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_2880  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 192 aa  396  1e-109  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.226546 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0839  transcriptional regulator, TetR family  64.21 
 
 		 196 aa  249  2e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2372  transcriptional regulator, TetR family  55.79 
 
 		 193 aa  228  5e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.74201  normal  0.115149 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2297  TetR family transcriptional regulator  61.29 
 
 		 195 aa  218  6e-56  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.299638  hitchhiker  0.00738055 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1689  transcriptional regulator, TetR family  54.5 
 
 		 195 aa  217  7e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2163  TetR family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 201 aa  184  9e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0855716  normal  0.614843 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0527  TetR family transcriptional regulator  47.25 
 
 		 198 aa  176  2e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.18684  normal  0.990571 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0884  transcriptional regulator, TetR family  33.15 
 
 		 193 aa  111  6e-24  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0708225  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6619  TetR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 188 aa  106  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.634361  normal  0.119433 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1133  TetR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 193 aa  106  2e-22  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5714  TetR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 188 aa  106  3e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.297365 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5956  TetR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 188 aa  105  3e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.341434  normal  0.49488 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5772  TetR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 188 aa  105  6e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6137  TetR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 188 aa  105  6e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.8739 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5603  TetR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 188 aa  103  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2113  transcriptional regulator, TetR family  35.37 
 
 		 194 aa  103  2e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.508898 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1777  regulatory protein TetR  35.37 
 
 		 195 aa  103  2e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.731609  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7671  TetR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 188 aa  102  4e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.403599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1344  transcriptional regulator, TetR family  34.97 
 
 		 205 aa  101  5e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.592645 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1938  hypothetical protein  29.1 
 
 		 186 aa  100  2e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6065  TetR family transcriptional regulator  33.53 
 
 		 188 aa  100  2e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.340517  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1734  transcriptional regulator, TetR family  34.76 
 
 		 191 aa  99.4  3e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.390922 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0587  TetR family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 198 aa  99.4  3e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1903  transcriptional regulator, TetR family  32.02 
 
 		 192 aa  98.2  7e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0461172  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1949  hypothetical protein  30.11 
 
 		 186 aa  97.8  9e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2194  TetR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 188 aa  97.1  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.881672  normal  0.895019 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0059  TetR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 186 aa  97.4  1e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0424  TetR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 188 aa  95.9  3e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.652822  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0811  transcriptional regulator, TetR family  35.19 
 
 		 193 aa  95.9  4e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5390  TetR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 189 aa  95.1  5e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3845  TetR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 197 aa  94.7  7e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4127  TetR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 181 aa  92.4  3e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4262  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 196 aa  92  5e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1966  TetR family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 188 aa  91.7  6e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.273818  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2099  transcriptional regulator, TetR family  32.93 
 
 		 216 aa  91.3  9e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6861  TetR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 187 aa  90.5  1e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011721  PCC8801_4458  transcriptional regulator, TetR family  25.93 
 
 		 195 aa  90.1  2e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4909  TetR/AcrR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 201 aa  89  4e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.194586  decreased coverage  0.000378041 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6780  TetR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 196 aa  88.2  7e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.188016 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1980  TetR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 187 aa  88.2  8e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4291  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 189 aa  84.3  8e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0834  transcriptional regulator  29.48 
 
 		 189 aa  84.7  8e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0575081  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4896  TetR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 187 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3267  TetR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 187 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.22208 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6911  TetR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 187 aa  84  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4433  TetR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 187 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0061  TetR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 187 aa  83.2  0.000000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4313  TetR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 600 aa  82.8  0.000000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013167  Cyan8802_4614  transcriptional regulator, TetR family  23.44 
 
 		 191 aa  82.8  0.000000000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4293  TetR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 188 aa  82.4  0.000000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0268101  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3482  TetR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 191 aa  82  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.342598  normal  0.760921 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1790  transcriptional regulator of TetR family protein  24.58 
 
 		 176 aa  81.6  0.000000000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.127999 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4040  TetR family transcriptional regulator  35 
 
 		 191 aa  81.3  0.000000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07011  transcriptional regulator  27.38 
 
 		 189 aa  81.3  0.000000000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4685  transcriptional regulator, TetR family  27.08 
 
 		 189 aa  81.3  0.000000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.26494  hitchhiker  0.000674431 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4188  TetR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 211 aa  79.3  0.00000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4676  transcriptional regulator, TetR family  29.52 
 
 		 190 aa  76.6  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3932  TetR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 179 aa  76.3  0.0000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.324595  normal  0.0870807 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0148  transcriptional regulator  29.32 
 
 		 179 aa  74.3  0.0000000000009  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4967  transcriptional regulator, TetR family  27.22 
 
 		 185 aa  73.9  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.110994  normal  0.179343 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3422  TetR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 187 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4267  transcriptional regulator, TetR family  32.41 
 
 		 189 aa  67  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0681  transcriptional regulator, TetR family  27.81 
 
 		 167 aa  67.4  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0989844  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7851  transcriptional regulator, TetR family  28.98 
 
 		 165 aa  65.1  0.0000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3547  regulatory protein, TetR  24.42 
 
 		 187 aa  64.7  0.0000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.473445  normal  0.21056 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1453  transcriptional regulator, TetR family  27.22 
 
 		 183 aa  60.1  0.00000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4395  transcriptional regulator, TetR family  26.54 
 
 		 196 aa  57.4  0.0000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.724029  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3456  transcriptional regulator, TetR family  29.05 
 
 		 196 aa  55.5  0.0000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.659534  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3062  transcriptional regulator, TetR family  23.04 
 
 		 193 aa  55.1  0.0000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000497782 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2948  transcriptional regulator, TetR family  29.9 
 
 		 193 aa  54.7  0.0000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000720602  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0340  transcriptional regulator, TetR family  37.04 
 
 		 388 aa  54.7  0.0000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4004  TetR family transcriptional regulator  23.93 
 
 		 196 aa  54.3  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.638592  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3038  transcriptional regulator, TetR family  24.35 
 
 		 209 aa  54.3  0.000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.051717 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0268  TetR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 202 aa  53.9  0.000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.329049 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1292  TetR family transcriptional regulator  21.99 
 
 		 193 aa  53.1  0.000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19890  transcriptional regulator  30.68 
 
 		 346 aa  53.1  0.000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.403358  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0319  TetR family transcriptional regulator  25.15 
 
 		 194 aa  53.5  0.000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9334  putative transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 193 aa  53.5  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.913929  normal  0.775461 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2580  TetR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 211 aa  52.8  0.000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.257801 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1157  TetR family transcriptional regulator  21.47 
 
 		 193 aa  52.8  0.000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2392  TetR family transcriptional regulator  22.83 
 
 		 198 aa  52.8  0.000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0101662  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4360  regulatory protein TetR  25.41 
 
 		 200 aa  52.4  0.000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1987  TetR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 210 aa  52.4  0.000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28390  transcriptional regulator  27.11 
 
 		 195 aa  52  0.000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3393  TetR family transcriptional regulator  20.94 
 
 		 193 aa  52  0.000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0160  transcriptional regulator, TetR family  27.04 
 
 		 193 aa  51.6  0.000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1248  TetR family transcriptional regulator  21.99 
 
 		 193 aa  51.2  0.000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4128  TetR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 241 aa  51.2  0.000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.860792 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1326  TetR family transcriptional regulator  21.99 
 
 		 193 aa  51.2  0.000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0115046 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2426  TetR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 205 aa  50.8  0.00001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1603  transcriptional regulator, TetR family  24.57 
 
 		 213 aa  50.8  0.00001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3357  TetR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 211 aa  51.2  0.00001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0594456 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2189  transcriptional regulator, TetR family  25.41 
 
 		 202 aa  50.8  0.00001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3052  TetR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 183 aa  50.4  0.00002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.186092 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5462  TetR family transcriptional regulator  24.29 
 
 		 212 aa  50.1  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3301  transcriptional regulator, TetR family  22.29 
 
 		 193 aa  49.7  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000664283 
 
 
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NC_009953  Sare_1416  TetR family transcriptional regulator  22.63 
 
 		 197 aa  50.1  0.00002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.305494  hitchhiker  0.0000141576 
 
 
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NC_008543  Bcen2424_5400  TetR family transcriptional regulator  24.29 
 
 		 212 aa  50.1  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00236367 
 
 
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NC_011830  Dhaf_1960  transcriptional regulator, TetR family  30.83 
 
 		 199 aa  50.1  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013037  Dfer_2332  transcriptional regulator, TetR family  25.99 
 
 		 193 aa  50.4  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.950158  normal  1 
 
 
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