More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_5956 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008392  Bamb_5956  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 188 aa  387  1e-107  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.341434  normal  0.49488 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5714  TetR family transcriptional regulator  98.94 
 
 		 188 aa  382  1e-105  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.297365 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7671  TetR family transcriptional regulator  92.55 
 
 		 188 aa  362  1e-99  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.403599  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6619  TetR family transcriptional regulator  92.02 
 
 		 188 aa  358  2e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.634361  normal  0.119433 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5772  TetR family transcriptional regulator  91.49 
 
 		 188 aa  357  5e-98  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6137  TetR family transcriptional regulator  91.49 
 
 		 188 aa  357  5e-98  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.8739 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6065  TetR family transcriptional regulator  90.43 
 
 		 188 aa  338  2.9999999999999998e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.340517  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5603  TetR family transcriptional regulator  78.92 
 
 		 188 aa  311  3.9999999999999997e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2194  TetR family transcriptional regulator  78.92 
 
 		 188 aa  295  3e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.881672  normal  0.895019 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4293  TetR family transcriptional regulator  48.88 
 
 		 188 aa  179  2e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0268101  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4188  TetR family transcriptional regulator  50.56 
 
 		 211 aa  176  1e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4909  TetR/AcrR family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 201 aa  168  5e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.194586  decreased coverage  0.000378041 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4291  TetR family transcriptional regulator  47.28 
 
 		 189 aa  160  1e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0884  transcriptional regulator, TetR family  37.43 
 
 		 193 aa  119  1.9999999999999998e-26  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0708225  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1133  TetR family transcriptional regulator  37.43 
 
 		 193 aa  118  4.9999999999999996e-26  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2372  transcriptional regulator, TetR family  34.48 
 
 		 193 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.74201  normal  0.115149 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0061  TetR family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 187 aa  113  2.0000000000000002e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0839  transcriptional regulator, TetR family  32.57 
 
 		 196 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1344  transcriptional regulator, TetR family  36.75 
 
 		 205 aa  108  5e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.592645 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1903  transcriptional regulator, TetR family  35.84 
 
 		 192 aa  106  2e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0461172  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0811  transcriptional regulator, TetR family  35.93 
 
 		 193 aa  105  3e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2880  TetR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 192 aa  105  3e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.226546 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1790  transcriptional regulator of TetR family protein  31.61 
 
 		 176 aa  105  4e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.127999 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1949  hypothetical protein  33.7 
 
 		 186 aa  102  3e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1938  hypothetical protein  32.4 
 
 		 186 aa  101  6e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1734  transcriptional regulator, TetR family  34.52 
 
 		 191 aa  100  1e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.390922 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0148  transcriptional regulator  36.14 
 
 		 179 aa  100  1e-20  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2113  transcriptional regulator, TetR family  35.09 
 
 		 194 aa  100  1e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.508898 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3932  TetR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 179 aa  99.8  2e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.324595  normal  0.0870807 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1777  regulatory protein TetR  35.29 
 
 		 195 aa  100  2e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.731609  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2297  TetR family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 195 aa  99.8  2e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.299638  hitchhiker  0.00738055 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07011  transcriptional regulator  32.75 
 
 		 189 aa  99.4  3e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4313  TetR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 600 aa  99.4  3e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0527  TetR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 198 aa  99  4e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.18684  normal  0.990571 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4127  TetR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 181 aa  98.6  4e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1689  transcriptional regulator, TetR family  33.14 
 
 		 195 aa  99  4e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1980  TetR family transcriptional regulator  35 
 
 		 187 aa  98.2  7e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6780  TetR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 196 aa  95.9  3e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.188016 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4676  transcriptional regulator, TetR family  32.02 
 
 		 190 aa  95.9  3e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2163  TetR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 201 aa  95.1  5e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0855716  normal  0.614843 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1966  TetR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 188 aa  93.2  2e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.273818  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3845  TetR family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 197 aa  92.8  3e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4967  transcriptional regulator, TetR family  32.32 
 
 		 185 aa  92.4  3e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.110994  normal  0.179343 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4040  TetR family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 191 aa  89.7  2e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3482  TetR family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 191 aa  90.1  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.342598  normal  0.760921 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4262  transcriptional regulator, TetR family  31.48 
 
 		 196 aa  89  3e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2099  transcriptional regulator, TetR family  32.34 
 
 		 216 aa  89.4  3e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0834  transcriptional regulator  32.76 
 
 		 189 aa  89.4  3e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0575081  normal  1 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6861  TetR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 187 aa  88.2  6e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3547  regulatory protein, TetR  31.52 
 
 		 187 aa  87.4  1e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.473445  normal  0.21056 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4896  TetR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 187 aa  85.9  3e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3267  TetR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 187 aa  85.9  3e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.22208 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6911  TetR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 187 aa  85.9  3e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0681  transcriptional regulator, TetR family  36.2 
 
 		 167 aa  83.2  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0989844  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5390  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 189 aa  82.4  0.000000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0587  TetR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 198 aa  81.3  0.000000000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3456  transcriptional regulator, TetR family  32.77 
 
 		 196 aa  80.5  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.659534  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0059  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 186 aa  80.5  0.00000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4433  TetR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 187 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7851  transcriptional regulator, TetR family  35.34 
 
 		 165 aa  79.7  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4267  transcriptional regulator, TetR family  30.49 
 
 		 189 aa  77.4  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0424  TetR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 188 aa  77  0.0000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.652822  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3721  transcriptional regulator, TetR family  29.78 
 
 		 196 aa  74.7  0.0000000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0437946 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4685  transcriptional regulator, TetR family  24.26 
 
 		 189 aa  72  0.000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.26494  hitchhiker  0.000674431 
 
 
-
 
NC_011721  PCC8801_4458  transcriptional regulator, TetR family  25.85 
 
 		 195 aa  70.9  0.000000000009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3422  TetR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 187 aa  68.2  0.00000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013167  Cyan8802_4614  transcriptional regulator, TetR family  26.06 
 
 		 191 aa  67  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4360  regulatory protein TetR  27.81 
 
 		 200 aa  67  0.0000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2355  TetR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 201 aa  58.2  0.00000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.552854 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2606  transcriptional regulator, TetR family  27.67 
 
 		 209 aa  57.8  0.00000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.417971  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1534  transcriptional regulator, TetR family  26.92 
 
 		 199 aa  55.8  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.239413  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3088  transcriptional regulator of TetR family protein  25.27 
 
 		 198 aa  56.2  0.0000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.119848 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1797  TetR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 199 aa  56.2  0.0000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0497705  normal  0.0268872 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2203  TetR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 206 aa  55.8  0.0000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0627793  hitchhiker  0.000036044 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2558  TetR family transcriptional regulator  24.56 
 
 		 190 aa  55.5  0.0000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1906  TetR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 199 aa  55.1  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1547  TetR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 199 aa  55.1  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.58457  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1607  TetR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 199 aa  55.1  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1689  transcriptional regulator, TetR family  26.44 
 
 		 199 aa  54.7  0.0000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.403978 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4395  transcriptional regulator, TetR family  28.49 
 
 		 196 aa  54.7  0.0000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.724029  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2332  transcriptional regulator, TetR family  27.43 
 
 		 193 aa  54.3  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.950158  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3052  TetR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 183 aa  53.9  0.000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.186092 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0251  TetR family transcriptional regulator  25.15 
 
 		 212 aa  53.9  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.714148  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4302  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 192 aa  54.3  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.985761  normal  0.0925574 
 
 
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NC_011901  Tgr7_2644  putative transcriptional regulator, TetR family  25.15 
 
 		 205 aa  53.9  0.000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16270  transcriptional regulator  40.35 
 
 		 287 aa  53.5  0.000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1270  TetR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 208 aa  53.5  0.000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0484434 
 
 
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NC_007969  Pcryo_1014  TetR family transcriptional regulator  23.2 
 
 		 212 aa  53.9  0.000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008146  Mmcs_4918  TetR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 208 aa  53.1  0.000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.141388  n/a   
 
 
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NC_009077  Mjls_5300  TetR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 208 aa  53.1  0.000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.104655  normal  1 
 
 
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NC_011149  SeAg_B1737  transcriptional regulator, TetR family  26.37 
 
 		 199 aa  53.5  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.151738  n/a   
 
 
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NC_008705  Mkms_5007  TetR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 208 aa  53.1  0.000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.324898  normal  1 
 
 
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NC_009524  PsycPRwf_1467  TetR family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 192 aa  52.8  0.000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.861342  normal  0.113855 
 
 
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NC_010678  Rpic_4611  transcriptional regulator, TetR family  29.32 
 
 		 371 aa  52  0.000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_012857  Rpic12D_3535  transcriptional regulator, TetR family  29.32 
 
 		 191 aa  52  0.000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010816  BLD_1933  AcrR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 243 aa  52  0.000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.189914  n/a   
 
 
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NC_010468  EcolC_1980  TetR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 199 aa  51.6  0.000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00264568  hitchhiker  0.00106159 
 
 
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NC_009800  EcHS_A1726  TetR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 199 aa  51.6  0.000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.716564  n/a   
 
 
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NC_010658  SbBS512_E1841  transcriptional regulator, TetR family  25.68 
 
 		 199 aa  51.6  0.000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.170954  n/a   
 
 
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NC_008578  Acel_0481  TetR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 211 aa  52  0.000006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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