257 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mbar_A0834 on replicon NC_007355
Organism: Methanosarcina barkeri str. Fusaro



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Alignment on homolog gene
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Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007355  Mbar_A0834  transcriptional regulator  100 
 
 		 189 aa  386  1e-107  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0575081  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2372  transcriptional regulator, TetR family  32.52 
 
 		 193 aa  104  6e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.74201  normal  0.115149 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0527  TetR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 198 aa  101  6e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.18684  normal  0.990571 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2163  TetR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 201 aa  99.4  3e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0855716  normal  0.614843 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4967  transcriptional regulator, TetR family  32.95 
 
 		 185 aa  98.2  7e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.110994  normal  0.179343 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1133  TetR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 193 aa  95.1  6e-19  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0884  transcriptional regulator, TetR family  30.3 
 
 		 193 aa  95.1  6e-19  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0708225  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5772  TetR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 188 aa  92.8  2e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6137  TetR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 188 aa  92.8  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.8739 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2099  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 216 aa  92.4  4e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6619  TetR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 188 aa  92  5e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.634361  normal  0.119433 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5956  TetR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 188 aa  89.4  3e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.341434  normal  0.49488 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7671  TetR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 188 aa  87.8  8e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.403599  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5714  TetR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 188 aa  87.8  9e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.297365 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4685  transcriptional regulator, TetR family  30.18 
 
 		 189 aa  87  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.26494  hitchhiker  0.000674431 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5603  TetR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 188 aa  85.1  6e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2880  TetR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 192 aa  84.7  8e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.226546 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6065  TetR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 188 aa  84  0.000000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.340517  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1938  hypothetical protein  28.89 
 
 		 186 aa  83.6  0.000000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1903  transcriptional regulator, TetR family  30.81 
 
 		 192 aa  83.6  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0461172  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1949  hypothetical protein  28.89 
 
 		 186 aa  82  0.000000000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1689  transcriptional regulator, TetR family  28.73 
 
 		 195 aa  81.3  0.000000000000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07011  transcriptional regulator  29.59 
 
 		 189 aa  80.9  0.00000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0811  transcriptional regulator, TetR family  26.78 
 
 		 193 aa  80.5  0.00000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2194  TetR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 188 aa  80.5  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.881672  normal  0.895019 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4313  TetR family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 600 aa  80.1  0.00000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5390  TetR family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 189 aa  79.3  0.00000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2297  TetR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 195 aa  79.3  0.00000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.299638  hitchhiker  0.00738055 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1734  transcriptional regulator, TetR family  29.76 
 
 		 191 aa  79  0.00000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.390922 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0839  transcriptional regulator, TetR family  29.45 
 
 		 196 aa  78.2  0.00000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1344  transcriptional regulator, TetR family  25.27 
 
 		 205 aa  75.9  0.0000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.592645 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6861  TetR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 187 aa  75.5  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1966  TetR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 188 aa  75.1  0.0000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.273818  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1980  TetR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 187 aa  74.7  0.0000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0587  TetR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 198 aa  74.3  0.0000000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1777  regulatory protein TetR  26.54 
 
 		 195 aa  73.9  0.000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.731609  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0061  TetR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 187 aa  73.9  0.000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2113  transcriptional regulator, TetR family  26.54 
 
 		 194 aa  73.9  0.000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.508898 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7851  transcriptional regulator, TetR family  28.14 
 
 		 165 aa  73.2  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4040  TetR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 191 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3482  TetR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 191 aa  71.6  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.342598  normal  0.760921 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4896  TetR family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 187 aa  71.2  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3267  TetR family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 187 aa  71.2  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.22208 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6911  TetR family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 187 aa  71.6  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3456  transcriptional regulator, TetR family  25.71 
 
 		 196 aa  70.9  0.00000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.659534  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6780  TetR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 196 aa  68.2  0.00000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.188016 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4433  TetR family transcriptional regulator  24.43 
 
 		 187 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3547  regulatory protein, TetR  24.86 
 
 		 187 aa  66.6  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.473445  normal  0.21056 
 
 
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NC_010338  Caul_3932  TetR family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 179 aa  67  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.324595  normal  0.0870807 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0424  TetR family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 188 aa  67  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.652822  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4262  transcriptional regulator, TetR family  25.15 
 
 		 196 aa  65.9  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3845  TetR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 197 aa  65.5  0.0000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4909  TetR/AcrR family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 201 aa  64.3  0.0000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.194586  decreased coverage  0.000378041 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0059  TetR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 186 aa  63.9  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0148  transcriptional regulator  28.24 
 
 		 179 aa  63.9  0.000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4267  transcriptional regulator, TetR family  26.38 
 
 		 189 aa  59.7  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4188  TetR family transcriptional regulator  23.75 
 
 		 211 aa  59.7  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4293  TetR family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 188 aa  59.3  0.00000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0268101  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4127  TetR family transcriptional regulator  25.2 
 
 		 181 aa  59.3  0.00000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2392  TetR family transcriptional regulator  21.35 
 
 		 198 aa  59.3  0.00000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0101662  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0681  transcriptional regulator, TetR family  26.62 
 
 		 167 aa  57.8  0.00000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0989844  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0300  transcriptional regulator, TetR family  32.14 
 
 		 184 aa  57  0.0000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000186865  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4676  transcriptional regulator, TetR family  21.21 
 
 		 190 aa  56.6  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3422  TetR family transcriptional regulator  24.43 
 
 		 187 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4291  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 189 aa  55.5  0.0000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2488  TetR family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 201 aa  53.9  0.000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0524247 
 
 
-
 
NC_011721  PCC8801_4458  transcriptional regulator, TetR family  23.88 
 
 		 195 aa  54.3  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1014  TetR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 212 aa  53.9  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02185  transcriptional regulator  21.11 
 
 		 196 aa  53.1  0.000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.69519  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1909  transcriptional regulator, TetR family  26.04 
 
 		 197 aa  53.5  0.000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26580  transcriptional regulator, TetR family  33.77 
 
 		 205 aa  52.8  0.000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0994293 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1790  transcriptional regulator of TetR family protein  23.26 
 
 		 176 aa  52  0.000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.127999 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0817  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 332 aa  51.2  0.000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4589  TetR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 198 aa  51.2  0.000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.447268  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2933  regulatory protein, TetR  20.86 
 
 		 193 aa  50.1  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.316351  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3689  TetR family transcriptional regulator  24.44 
 
 		 213 aa  50.1  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0318  TetR family transcriptional regulator  25.74 
 
 		 198 aa  50.1  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.701446 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4588  transcriptional regulator, TetR family  28.09 
 
 		 206 aa  50.1  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.112472 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4584  TetR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 198 aa  50.1  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.307577 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2580  TetR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 211 aa  48.9  0.00004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.257801 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2174  transcriptional regulator, TetR family  30.26 
 
 		 206 aa  49.3  0.00004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1534  transcriptional regulator, TetR family  22.04 
 
 		 199 aa  48.5  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.239413  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1737  transcriptional regulator, TetR family  22.04 
 
 		 199 aa  48.5  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.151738  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1906  TetR family transcriptional regulator  22.04 
 
 		 199 aa  48.1  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0962  TetR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 200 aa  48.1  0.00007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1607  TetR family transcriptional regulator  22.04 
 
 		 199 aa  48.1  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011080  SNSL254_A1547  TetR family transcriptional regulator  22.04 
 
 		 199 aa  48.1  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.58457  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0907  transcriptional regulator, TetR family  25.61 
 
 		 202 aa  48.1  0.00008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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CP001637  EcDH1_1991  transcriptional regulator, TetR family  21.95 
 
 		 199 aa  47.4  0.0001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000115862  n/a   
 
 
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NC_010338  Caul_0646  TetR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 213 aa  47.4  0.0001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.545029 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2816  hypothetical protein  36.23 
 
 		 222 aa  47.8  0.0001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0366008  n/a   
 
 
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NC_013510  Tcur_3111  transcriptional regulator, TetR family  26.35 
 
 		 203 aa  47.4  0.0001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.268901  n/a   
 
 
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NC_009784  VIBHAR_05195  transcriptional regulator  23.4 
 
 		 195 aa  47.8  0.0001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_009800  EcHS_A1726  TetR family transcriptional regulator  21.95 
 
 		 199 aa  47.4  0.0001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.716564  n/a   
 
 
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NC_010468  EcolC_1980  TetR family transcriptional regulator  21.95 
 
 		 199 aa  47.4  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00264568  hitchhiker  0.00106159 
 
 
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NC_010483  TRQ2_0103  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 190 aa  47.4  0.0001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011353  ECH74115_2361  transcriptional regulator, TetR family  20.97 
 
 		 199 aa  47.4  0.0001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000141293  normal  1 
 
 
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NC_010658  SbBS512_E1841  transcriptional regulator, TetR family  21.95 
 
 		 199 aa  47.4  0.0001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.170954  n/a   
 
 
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NC_007333  Tfu_2346  hypothetical protein  24.54 
 
 		 217 aa  46.6  0.0002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009338  Mflv_3637  TetR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 228 aa  46.6  0.0002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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