240 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_4262 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



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Organism name
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Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_4262  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 196 aa  402  1e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1980  TetR family transcriptional regulator  53.11 
 
 		 187 aa  189  2e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6861  TetR family transcriptional regulator  52.69 
 
 		 187 aa  168  4e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4896  TetR family transcriptional regulator  47.73 
 
 		 187 aa  159  2e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3267  TetR family transcriptional regulator  47.73 
 
 		 187 aa  159  2e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.22208 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6911  TetR family transcriptional regulator  47.73 
 
 		 187 aa  158  4e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4433  TetR family transcriptional regulator  47.16 
 
 		 187 aa  153  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4267  transcriptional regulator, TetR family  42.54 
 
 		 189 aa  148  5e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2099  transcriptional regulator, TetR family  38.8 
 
 		 216 aa  143  1e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3422  TetR family transcriptional regulator  46.59 
 
 		 187 aa  133  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1734  transcriptional regulator, TetR family  41.32 
 
 		 191 aa  126  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.390922 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2113  transcriptional regulator, TetR family  40.85 
 
 		 194 aa  123  2e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.508898 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1777  regulatory protein TetR  40.48 
 
 		 195 aa  123  2e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.731609  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0811  transcriptional regulator, TetR family  38.18 
 
 		 193 aa  120  9e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3845  TetR family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 197 aa  109  3e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0884  transcriptional regulator, TetR family  38.65 
 
 		 193 aa  106  3e-22  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0708225  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1966  TetR family transcriptional regulator  42.68 
 
 		 188 aa  105  5e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.273818  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5603  TetR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 188 aa  103  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4127  TetR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 181 aa  103  2e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1344  transcriptional regulator, TetR family  31.38 
 
 		 205 aa  102  3e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.592645 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1133  TetR family transcriptional regulator  37.42 
 
 		 193 aa  100  1e-20  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0587  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 198 aa  96.3  3e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0839  transcriptional regulator, TetR family  34.15 
 
 		 196 aa  92.8  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4313  TetR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 600 aa  92.8  3e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2372  transcriptional regulator, TetR family  33.91 
 
 		 193 aa  92  5e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.74201  normal  0.115149 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2880  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 192 aa  92  5e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.226546 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07011  transcriptional regulator  28.57 
 
 		 189 aa  91.7  7e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0424  TetR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 188 aa  90.9  1e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.652822  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2194  TetR family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 188 aa  90.1  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.881672  normal  0.895019 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5772  TetR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 188 aa  90.5  2e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6137  TetR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 188 aa  90.5  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.8739 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5956  TetR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 188 aa  89  4e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.341434  normal  0.49488 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6619  TetR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 188 aa  88.2  7e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.634361  normal  0.119433 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5714  TetR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 188 aa  88.2  7e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.297365 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2297  TetR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 195 aa  87.8  8e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.299638  hitchhiker  0.00738055 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7671  TetR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 188 aa  86.7  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.403599  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4967  transcriptional regulator, TetR family  30.18 
 
 		 185 aa  86.7  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.110994  normal  0.179343 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4676  transcriptional regulator, TetR family  32.3 
 
 		 190 aa  85.9  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1689  transcriptional regulator, TetR family  32.53 
 
 		 195 aa  86.3  3e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4293  TetR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 188 aa  85.5  4e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0268101  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5390  TetR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 189 aa  85.5  4e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1938  hypothetical protein  29.89 
 
 		 186 aa  85.5  5e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1949  hypothetical protein  30.64 
 
 		 186 aa  84.7  8e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2163  TetR family transcriptional regulator  33.13 
 
 		 201 aa  84.7  8e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0855716  normal  0.614843 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6065  TetR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 188 aa  82.4  0.000000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.340517  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7851  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 165 aa  82  0.000000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4909  TetR/AcrR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 201 aa  81.3  0.000000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.194586  decreased coverage  0.000378041 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4188  TetR family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 211 aa  79.7  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1790  transcriptional regulator of TetR family protein  30.46 
 
 		 176 aa  80.1  0.00000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.127999 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0527  TetR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 198 aa  79.3  0.00000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.18684  normal  0.990571 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0061  TetR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 187 aa  78.2  0.00000000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0681  transcriptional regulator, TetR family  36.13 
 
 		 167 aa  77.8  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0989844  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0148  transcriptional regulator  31.34 
 
 		 179 aa  75.1  0.0000000000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3932  TetR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 179 aa  75.1  0.0000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.324595  normal  0.0870807 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4291  TetR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 189 aa  73.9  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3547  regulatory protein, TetR  29.73 
 
 		 187 aa  72.4  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.473445  normal  0.21056 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1903  transcriptional regulator, TetR family  27.81 
 
 		 192 aa  70.5  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0461172  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3456  transcriptional regulator, TetR family  29.14 
 
 		 196 aa  68.9  0.00000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.659534  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0059  TetR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 186 aa  67.8  0.00000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6780  TetR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 196 aa  67  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.188016 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0834  transcriptional regulator  25.15 
 
 		 189 aa  65.9  0.0000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0575081  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3409  TetR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 212 aa  65.5  0.0000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3482  TetR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 191 aa  65.1  0.0000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.342598  normal  0.760921 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4040  TetR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 191 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4685  transcriptional regulator, TetR family  24.04 
 
 		 189 aa  62.4  0.000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.26494  hitchhiker  0.000674431 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4743  TetR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 212 aa  62.4  0.000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011721  PCC8801_4458  transcriptional regulator, TetR family  26.88 
 
 		 195 aa  60.5  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013167  Cyan8802_4614  transcriptional regulator, TetR family  26.54 
 
 		 191 aa  60.5  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0300  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 184 aa  59.7  0.00000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000186865  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0251  TetR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 212 aa  59.3  0.00000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.714148  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5288  TetR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 186 aa  59.3  0.00000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0436  TetR/AcrR family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 193 aa  58.2  0.00000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00014648  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1603  transcriptional regulator, TetR family  27.96 
 
 		 213 aa  57.4  0.0000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0809  transcriptional regulator, TetR family  29.57 
 
 		 214 aa  55.8  0.0000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5462  TetR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 212 aa  55.8  0.0000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5400  TetR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 212 aa  55.8  0.0000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00236367 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1156  transcriptional regulator, TetR family  26.26 
 
 		 227 aa  55.5  0.0000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1924  TetR family transcriptional regulator  24.46 
 
 		 189 aa  55.5  0.0000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.147097  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3888  TetR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 193 aa  54.7  0.0000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0944552  normal  0.0941974 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4870  TetR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 186 aa  53.9  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.318456  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3357  TetR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 211 aa  53.1  0.000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0594456 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2645  TetR family transcriptional regulator  24.55 
 
 		 194 aa  52.8  0.000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.154552  normal  0.491764 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1527  TetR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 212 aa  52  0.000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1320  TetR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 199 aa  51.6  0.000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2426  TetR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 205 aa  51.2  0.000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1044  TetR family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 180 aa  50.8  0.00001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0206033 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2754  regulatory protein, TetR  28.97 
 
 		 219 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.396057  normal  0.0231562 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1173  TetR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 189 aa  50.4  0.00002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0111  transcriptional regulator, TetR family  27.14 
 
 		 207 aa  49.3  0.00003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.482364  normal  0.0755622 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0962  TetR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 200 aa  49.7  0.00003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5720  TetR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 291 aa  48.9  0.00005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.649137  normal  0.760569 
 
 
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NC_008146  Mmcs_4691  TetR family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 205 aa  48.9  0.00005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.771858  n/a   
 
 
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NC_009485  BBta_4046  TetR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 212 aa  48.9  0.00005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0961065 
 
 
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NC_008705  Mkms_4777  TetR family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 205 aa  48.9  0.00005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.681727  normal  1 
 
 
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NC_013510  Tcur_3570  transcriptional regulator, TetR family  27.78 
 
 		 175 aa  48.5  0.00006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00083347  n/a   
 
 
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NC_014151  Cfla_0335  transcriptional regulator, TetR family  25.17 
 
 		 197 aa  48.5  0.00006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0635756  normal  0.0355079 
 
 
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NC_014151  Cfla_3481  transcriptional regulator, TetR family  29.11 
 
 		 189 aa  48.5  0.00006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.148181  normal  0.311825 
 
 
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NC_008825  Mpe_A3699  TetR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 204 aa  48.5  0.00006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.158617  normal  0.554277 
 
 
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NC_009077  Mjls_5076  TetR family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 215 aa  48.5  0.00007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.175697 
 
 
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NC_013422  Hneap_1699  transcriptional regulator, TetR family  24.88 
 
 		 205 aa  48.1  0.00008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.502572  n/a   
 
 
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