More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_1165 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007951  Bxe_A1254  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  76.01 
 
 
564 aa  853  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000724921  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0559  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  84.44 
 
 
530 aa  866  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1288  lytic transglycosylase, catalytic  95.18 
 
 
525 aa  986  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  unclonable  4.51956e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1603  putative exported transglycosylase protein  84.82 
 
 
552 aa  869  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4430  lytic transglycosylase like protein  96.55 
 
 
524 aa  973  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  4.08016e-08  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1165  lytic transglycosylase, catalytic  100 
 
 
529 aa  1082  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  3.46061e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2870  Lytic transglycosylase catalytic  77.11 
 
 
564 aa  850  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  2.69929e-06  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0871  lytic transglycosylase catalytic  76.37 
 
 
561 aa  844  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.000448288  normal  0.420997 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1177  lytic transglycosylase catalytic  99.24 
 
 
529 aa  1075  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  unclonable  1.11267e-09  normal  0.0154135 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1259  lytic transglycosylase catalytic  94.98 
 
 
525 aa  985  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  3.73485e-09  normal  0.0984249 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2787  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  84.24 
 
 
531 aa  864  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  4.42386e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2032  lytic transglycosylase catalytic  93.52 
 
 
528 aa  949  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  2.77955e-09  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0766  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  84.44 
 
 
530 aa  866  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1499  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  84.63 
 
 
530 aa  868  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.261564  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0807  lytic transglycosylase, catalytic  94.98 
 
 
525 aa  982  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  4.88034e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1469  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  84.63 
 
 
530 aa  868  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.554784  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1276  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  84.44 
 
 
530 aa  866  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.633105  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0592  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  84.44 
 
 
553 aa  867  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2186  peptidoglycan-binding LysM:lytic transglycosylase, catalytic:MLTD_N  55.88 
 
 
557 aa  594  1e-168  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1730  MLTD_N domain protein  62.34 
 
 
516 aa  588  1e-167  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0587435  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2038  MLTD_N domain protein  63.1 
 
 
516 aa  590  1e-167  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.464579  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2205  lytic transglycosylase, catalytic  60 
 
 
570 aa  574  1e-162  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.803173  normal  0.257061 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1516  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase-like lipoprotein  63.07 
 
 
451 aa  550  1e-155  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.892802  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2530  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  52.7 
 
 
547 aa  483  1e-135  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.171076  normal  0.494902 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1973  lytic transglycosylase catalytic  55.94 
 
 
578 aa  480  1e-134  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.203467 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4898  lytic transglycosylase catalytic  53.03 
 
 
511 aa  478  1e-133  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1677  lytic transglycosylase, catalytic  56.47 
 
 
524 aa  469  1e-131  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.728963 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2337  Lytic transglycosylase catalytic  54.89 
 
 
538 aa  466  1e-130  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.627607  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1742  lytic transglycosylase, catalytic  49.1 
 
 
504 aa  460  1e-128  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.785643  normal  0.0879149 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1976  Lytic transglycosylase catalytic  49.3 
 
 
504 aa  461  1e-128  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2650  lytic transglycosylase, catalytic  55.86 
 
 
514 aa  458  1e-128  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.012845 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0590  lytic transglycosylase, catalytic  56.54 
 
 
515 aa  455  1e-127  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.76249 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2278  lytic transglycosylase, catalytic  54.73 
 
 
467 aa  456  1e-127  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1461  lytic transglycosylase, catalytic  55.22 
 
 
509 aa  451  1e-125  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0063107  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1021  lytic transglycosylase, catalytic  49.63 
 
 
477 aa  404  1e-111  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.847474  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1320  peptidoglycan-binding LysM:lytic transglycosylase, catalytic  53.96 
 
 
512 aa  369  1e-101  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  3.67153e-05  normal  0.0421613 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1482  lytic transglycosylase, catalytic  46.47 
 
 
518 aa  367  1e-100  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00124104  normal  0.157348 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2292  Lytic transglycosylase catalytic  48.94 
 
 
458 aa  334  2e-90  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.376038  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2024  low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase  41.32 
 
 
543 aa  309  7e-83  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  4.44434e-09  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1666  peptidoglycan-binding protein LysM  42.45 
 
 
501 aa  302  8e-81  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3715  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  40.7 
 
 
530 aa  290  7e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.284464  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1760  peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N  40.05 
 
 
534 aa  286  4e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.721447 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3484  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  39.9 
 
 
515 aa  285  1e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0499239  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1701  lytic transglycosylase catalytic  34.98 
 
 
548 aa  285  2e-75  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  7.79386e-05  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41090  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  40.05 
 
 
534 aa  284  3e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4145  lytic murein transglycosylase D  40.38 
 
 
476 aa  281  1e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.895478  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1720  MltD domain-containing protein  40.38 
 
 
476 aa  280  4e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.131331  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0953  lytic transglycosylase, catalytic  39.86 
 
 
556 aa  280  5e-74  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1829  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  36.03 
 
 
532 aa  280  6e-74  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2063  lytic transglycosylase, catalytic  38.97 
 
 
498 aa  280  6e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.829079  normal  0.0945255 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3470  MltD domain-containing protein  39.52 
 
 
473 aa  279  7e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.898295  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3717  MltD domain-containing protein  39.95 
 
 
476 aa  279  1e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2183  lytic transglycosylase, catalytic  38.64 
 
 
492 aa  278  2e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.96919  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01980  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  37.74 
 
 
554 aa  274  3e-72  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.531039  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1995  lytic transglycosylase, catalytic  37.3 
 
 
539 aa  271  1e-71  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0964783  normal  0.42715 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1537  lytic transglycosylase, catalytic  35.29 
 
 
580 aa  271  2e-71  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.324928  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1998  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  34.26 
 
 
552 aa  263  7e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29630  Peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N domain protein  37.77 
 
 
446 aa  261  2e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0925428  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1112  lytic transglycosylase, catalytic  46.15 
 
 
1021 aa  259  1e-67  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0269179  normal  0.029477 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1273  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  46.15 
 
 
1001 aa  259  1e-67  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  4.30428e-05  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0498  Lytic transglycosylase catalytic  34.47 
 
 
527 aa  255  2e-66  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.112584  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1945  lytic transglycosylase  37.62 
 
 
445 aa  246  7e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.106918  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2115  lytic transglycosylase, catalytic  35.84 
 
 
511 aa  244  2e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  1.01549e-06  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1988  lytic transglycosylase, catalytic  33.63 
 
 
519 aa  244  3e-63  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.010206  hitchhiker  0.00147511 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1894  lytic transglycosylase, catalytic  33.19 
 
 
553 aa  243  7e-63  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0630277  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2564  Slt family transglycosylase  36.19 
 
 
515 aa  242  1e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2010  MltD domain-containing protein  36.05 
 
 
515 aa  242  1e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  7.5439e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2370  MltD domain-containing protein  35.97 
 
 
515 aa  242  1e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  1.91622e-07  normal  0.0274164 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2058  MltD domain-containing protein  36.05 
 
 
515 aa  242  2e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  2.80518e-05  decreased coverage  0.000141788 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1995  MltD domain-containing protein  33.83 
 
 
519 aa  242  2e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0597997  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2162  MltD domain-containing protein  36.41 
 
 
515 aa  241  2e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  1.5187e-05  normal  0.0463947 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1775  MltD domain-containing protein  36.61 
 
 
514 aa  241  2e-62  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  1.57284e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2328  MLTD_N domain protein  35.8 
 
 
515 aa  241  2e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000191267  hitchhiker  0.00043621 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2239  MltD domain-containing protein  36.66 
 
 
515 aa  241  3e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  2.90674e-05  normal  0.325041 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1571  Lytic transglycosylase catalytic  34.58 
 
 
539 aa  240  4e-62  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.55441  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03214  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  32.9 
 
 
528 aa  240  5e-62  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0215  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  34.5 
 
 
452 aa  239  1e-61  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00533886  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0207  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  34.5 
 
 
452 aa  239  1e-61  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00204  predicted membrane-bound lytic murein transglycosylase D  34.5 
 
 
452 aa  239  1e-61  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.133928  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0216  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  34.5 
 
 
452 aa  239  1e-61  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.806422  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002769  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  32.18 
 
 
527 aa  239  1e-61  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0709625  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2028  membrane-bound lytic murein transglycosylase, putative  41.74 
 
 
562 aa  239  1e-61  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00209  hypothetical protein  34.5 
 
 
452 aa  239  1e-61  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.133083  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3454  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  34.5 
 
 
452 aa  239  1e-61  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1988  lytic transglycosylase, catalytic  32.55 
 
 
474 aa  238  2e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.49985  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0499  lytic transglycosylase, catalytic  31.58 
 
 
524 aa  237  5e-61  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0979868 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1583  lytic transglycosylase, catalytic  44.31 
 
 
1079 aa  236  1e-60  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000168341  normal  0.0166212 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2402  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  33.04 
 
 
517 aa  236  1e-60  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0223  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  35.94 
 
 
406 aa  234  2e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1051  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  34.54 
 
 
459 aa  235  2e-60  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.550893  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1105  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  34.54 
 
 
472 aa  234  2e-60  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0225  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  35.94 
 
 
406 aa  234  2e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.459174  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2407  lytic transglycosylase catalytic  35.66 
 
 
519 aa  233  7e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  2.06679e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0908  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  33.82 
 
 
475 aa  233  7e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2022  lytic transglycosylase, catalytic  32.8 
 
 
518 aa  232  1e-59  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  2.99101e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1857  lytic transglycosylase, catalytic  31.97 
 
 
485 aa  232  1e-59  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1767  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  31.1 
 
 
499 aa  231  3e-59  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.247006  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0304  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  34.06 
 
 
455 aa  230  6e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2686  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  34.15 
 
 
395 aa  229  7e-59  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.83719  normal  0.0402839 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3139  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  33.98 
 
 
457 aa  229  7e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.336186  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>