More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acry_1531 on replicon NC_009484
Organism: Acidiphilium cryptum JF-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009484  Acry_1531  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  100 
 
 
371 aa  736    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0350  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  60 
 
 
385 aa  419  1e-116  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.306111  normal  0.0744523 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4562  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  55.35 
 
 
388 aa  389  1e-107  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3480  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.38 
 
 
404 aa  387  1e-106  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0046  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.14 
 
 
387 aa  371  1e-101  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00905403  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3620  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.87 
 
 
377 aa  369  1e-101  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.459688 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0266  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  54.76 
 
 
395 aa  365  1e-100  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0449  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  55.32 
 
 
390 aa  367  1e-100  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.408478 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2019  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  55.35 
 
 
377 aa  357  9.999999999999999e-98  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00489333 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0809  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  51.28 
 
 
392 aa  350  2e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.486671 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0094  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  46.93 
 
 
389 aa  348  1e-94  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0581  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  53.49 
 
 
375 aa  347  2e-94  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.680439  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0144  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  46.13 
 
 
381 aa  344  2e-93  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.131428  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0628  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  51.57 
 
 
387 aa  343  2.9999999999999997e-93  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3149  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  53.19 
 
 
392 aa  343  2.9999999999999997e-93  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.53519 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0077  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50.65 
 
 
388 aa  343  2.9999999999999997e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0144823 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2996  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50.39 
 
 
381 aa  341  1e-92  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.343819 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0676  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  51.02 
 
 
389 aa  339  5e-92  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3068  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50 
 
 
389 aa  338  8e-92  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.76584  normal  0.634993 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3697  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  48.21 
 
 
411 aa  335  5e-91  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.891893  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0048  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  51.6 
 
 
380 aa  334  2e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1601  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50.91 
 
 
387 aa  333  3e-90  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0549352 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2789  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  51.33 
 
 
380 aa  332  7.000000000000001e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.345284  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1128  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  51.06 
 
 
380 aa  328  6e-89  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0474  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  49.48 
 
 
404 aa  328  1.0000000000000001e-88  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.987794  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0078  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50 
 
 
397 aa  327  3e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.191051  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1031  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  47.77 
 
 
395 aa  325  6e-88  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0972  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  47.77 
 
 
395 aa  325  6e-88  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1471  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  47.83 
 
 
378 aa  325  8.000000000000001e-88  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1915  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50 
 
 
388 aa  325  9e-88  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.121037 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1271  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  47.06 
 
 
392 aa  324  1e-87  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0061  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  49.74 
 
 
397 aa  324  2e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.03403 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0389  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  49.1 
 
 
395 aa  324  2e-87  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.45697  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1633  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  49.61 
 
 
403 aa  323  4e-87  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.73321  normal  0.191724 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2126  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  46.3 
 
 
376 aa  322  5e-87  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.521922  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1350  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  48.04 
 
 
395 aa  322  8e-87  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.80626  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0061  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  47.96 
 
 
426 aa  321  9.999999999999999e-87  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.250429  normal  0.531249 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7333  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  47.15 
 
 
384 aa  321  9.999999999999999e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2093  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50.14 
 
 
363 aa  321  1.9999999999999998e-86  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.872712  normal  0.304299 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1021  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.37 
 
 
388 aa  320  1.9999999999999998e-86  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000463021 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1266  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.83 
 
 
380 aa  319  3.9999999999999996e-86  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1868  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  47.99 
 
 
375 aa  318  7.999999999999999e-86  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1338  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  46.51 
 
 
390 aa  317  1e-85  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2443  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.55 
 
 
377 aa  317  3e-85  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.461656  normal  0.0916444 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1852  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  46.24 
 
 
378 aa  316  4e-85  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.751172  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0012  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  49.73 
 
 
379 aa  315  8e-85  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0788  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.13 
 
 
398 aa  314  9.999999999999999e-85  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.770498  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2246  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  47.31 
 
 
383 aa  313  1.9999999999999998e-84  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2842  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  49.47 
 
 
382 aa  312  4.999999999999999e-84  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1291  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.47 
 
 
378 aa  311  9e-84  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2375  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.82 
 
 
377 aa  311  1e-83  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1869  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.9 
 
 
375 aa  311  1e-83  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2554  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.16 
 
 
376 aa  310  2e-83  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3336  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  49.87 
 
 
383 aa  310  2.9999999999999997e-83  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0627884 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3162  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.4 
 
 
375 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000827739  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0354  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  47.75 
 
 
388 aa  309  4e-83  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2976  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.67 
 
 
375 aa  307  2.0000000000000002e-82  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0234315  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2192  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.02 
 
 
376 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01145  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  46.79 
 
 
376 aa  306  3e-82  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0346694  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1169  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.13 
 
 
375 aa  306  4.0000000000000004e-82  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0085644  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0578  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.59 
 
 
377 aa  305  8.000000000000001e-82  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2607  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.94 
 
 
382 aa  303  4.0000000000000003e-81  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1553  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.99 
 
 
377 aa  301  1e-80  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3501  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.16 
 
 
375 aa  300  3e-80  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0557  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  46.48 
 
 
386 aa  300  3e-80  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1150  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  46.92 
 
 
376 aa  299  5e-80  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0081  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.68 
 
 
377 aa  299  6e-80  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1255  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.59 
 
 
375 aa  298  1e-79  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4235  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  51.82 
 
 
396 aa  298  1e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00395056 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1862  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.55 
 
 
376 aa  298  1e-79  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000241136 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1278  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  46.09 
 
 
375 aa  298  1e-79  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.645839 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1765  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.82 
 
 
377 aa  298  1e-79  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.803337  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4745  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50.26 
 
 
410 aa  296  3e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.745533  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03183  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.82 
 
 
378 aa  296  3e-79  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1372  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.59 
 
 
375 aa  296  3e-79  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3141  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.59 
 
 
375 aa  296  3e-79  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1390  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.34 
 
 
386 aa  294  1e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0781  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.81 
 
 
374 aa  294  1e-78  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.946099  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0676  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.81 
 
 
374 aa  295  1e-78  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.438306  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2471  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.29 
 
 
384 aa  293  2e-78  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2843  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.73 
 
 
375 aa  293  3e-78  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02363  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.73 
 
 
375 aa  293  4e-78  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1198  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.73 
 
 
375 aa  293  4e-78  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02325  hypothetical protein  41.73 
 
 
375 aa  293  4e-78  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2618  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.73 
 
 
375 aa  293  4e-78  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0095  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.2 
 
 
377 aa  293  4e-78  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1205  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.73 
 
 
375 aa  293  4e-78  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.270871  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2602  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.73 
 
 
375 aa  293  4e-78  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2751  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.73 
 
 
375 aa  293  4e-78  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2418  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.32 
 
 
376 aa  292  6e-78  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.508006  decreased coverage  0.00000131595 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1912  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.93 
 
 
381 aa  292  8e-78  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000271061 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2121  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.93 
 
 
381 aa  292  8e-78  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000264012 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1857  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.93 
 
 
381 aa  291  9e-78  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000183592 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002797  N-succinyl-L,L-diaminopimelate desuccinylase  43.35 
 
 
378 aa  291  9e-78  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1647  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.73 
 
 
382 aa  291  1e-77  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.841755 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2188  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.78 
 
 
376 aa  290  2e-77  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0116098 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1080  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.08 
 
 
375 aa  291  2e-77  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3693  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.73 
 
 
375 aa  291  2e-77  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2967  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.92 
 
 
375 aa  290  3e-77  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.546622 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4217  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.76 
 
 
383 aa  290  3e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>