245 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2568 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2568  Phosphoglycerate mutase  100 
 
 		 183 aa  369  1e-101  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.691388  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0739  phosphoglycerate mutase  55.43 
 
 		 182 aa  185  4e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.691436 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0640  phosphoglycerate mutase  49.72 
 
 		 184 aa  176  1e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0203907 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0677  phosphoglycerate mutase  49.72 
 
 		 203 aa  157  7e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0384229  normal  0.186973 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5687  phosphoglycerate mutase  44.09 
 
 		 200 aa  149  1e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00492509  normal  0.129432 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0927  phosphoglycerate mutase  48.63 
 
 		 194 aa  148  3e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0214676  normal  0.879508 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0656  Phosphoglycerate mutase  48.07 
 
 		 203 aa  145  3e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0161157  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2609  phosphoglycerate mutase  49.14 
 
 		 181 aa  144  8.000000000000001e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0090  phosphoglycerate mutase  32.42 
 
 		 177 aa  105  3e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0100  phosphoglycerate mutase  37.01 
 
 		 191 aa  105  4e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0151  phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase  40.33 
 
 		 185 aa  105  5e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4486  Phosphoglycerate mutase  38.27 
 
 		 174 aa  97.8  8e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0491254 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2395  hypothetical protein  40.35 
 
 		 192 aa  94  1e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0609145 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2783  phosphoglycerate mutase  38.06 
 
 		 195 aa  90.1  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.448968  normal  0.574141 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2661  alpha-ribazole phosphatase  37.79 
 
 		 192 aa  90.1  2e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.321223  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1343  Phosphoglycerate mutase  38.22 
 
 		 202 aa  90.1  2e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.390919  normal  0.275943 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2203  alpha-ribazole phosphatase  37.21 
 
 		 192 aa  87.8  8e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0925085 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1000  alpha-ribazole phosphatase  37.65 
 
 		 196 aa  86.7  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5377  Phosphoglycerate mutase  35.95 
 
 		 177 aa  85.9  3e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0660  phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase  37.65 
 
 		 196 aa  84.7  7e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1028  phosphoglycerate mutase  28.72 
 
 		 183 aa  82.4  0.000000000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3497  putative phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase  34.78 
 
 		 196 aa  82  0.000000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.668358  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2208  alpha-ribazole phosphatase  35.03 
 
 		 196 aa  81.6  0.000000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0271379  normal  0.94187 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1840  phosphoglycerate mutase  40.65 
 
 		 194 aa  81.3  0.000000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0552863  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2451  phosphoglycerate mutase  40.65 
 
 		 194 aa  81.3  0.000000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.20579  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2456  alpha-ribazole phosphatase  40.65 
 
 		 194 aa  80.5  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.788863  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0632  phosphoglycerate mutase  36.42 
 
 		 177 aa  78.6  0.00000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.209628  normal  0.482177 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2499  phosphoglycerate mutase  39.74 
 
 		 194 aa  79  0.00000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.458709  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0690  phosphoglycerate mutase family protein  36.71 
 
 		 199 aa  77.8  0.00000000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2322  phosphoglycerate mutase family protein  36.71 
 
 		 199 aa  77.8  0.00000000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0938513  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2964  phosphoglycerate mutase family protein  36.71 
 
 		 199 aa  77.8  0.00000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1033  alpha-ribazole phosphatase  36.71 
 
 		 199 aa  77.8  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.341718  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1039  alpha-ribazole phosphatase  36.71 
 
 		 199 aa  77.8  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.634348  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1634  alpha-ribazole phosphatase  36.71 
 
 		 199 aa  77.8  0.00000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.135976  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1193  phosphoglycerate mutase family protein  36.71 
 
 		 616 aa  77.4  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.670037  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2658  phosphoglycerate mutase  35.45 
 
 		 216 aa  76.3  0.0000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1411  phosphoglycerate mutase  31.79 
 
 		 197 aa  75.5  0.0000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.722686  normal  0.228639 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3764  Phosphoglycerate mutase  40 
 
 		 196 aa  75.5  0.0000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0521  fructose-2,6-biphosphatase  32.76 
 
 		 183 aa  73.9  0.000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.37319  normal  0.0108392 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0845  phosphoglycerate mutase  25.76 
 
 		 204 aa  73.9  0.000000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.249912 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2367  alpha-ribazole phosphatase  39.1 
 
 		 194 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2301  fructose-2,6-biphosphatase  36.42 
 
 		 199 aa  68.9  0.00000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0839  phosphoglycerate mutase family protein, putative  37.5 
 
 		 196 aa  67.8  0.00000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.543457  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0464  alpha-ribazole-5`-phosphate phosphatase CobC, putative  37.01 
 
 		 197 aa  67.4  0.0000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0843  alpha-ribazole phosphatase  36.77 
 
 		 195 aa  67  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0862  putative alpha-ribazole-5`-phosphate phosphatase CobC  30.52 
 
 		 200 aa  66.6  0.0000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4141  phosphoglycerate mutase  36.84 
 
 		 196 aa  65.5  0.0000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.287698 
 
 
-
 
NC_002950  PG0704  phosphoglycerate mutase family protein  31.37 
 
 		 179 aa  65.1  0.0000000006  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000429574 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1026  Phosphoglycerate mutase  33.33 
 
 		 182 aa  64.7  0.0000000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0659  alpha-ribazole-5-phosphate phosphatase, putative  29.53 
 
 		 200 aa  63.9  0.000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0693  alpha-ribazole-5-phosphate phosphatase, putative  29.53 
 
 		 200 aa  63.9  0.000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1185  Phosphoglycerate mutase  35.29 
 
 		 191 aa  63.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1649  phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase  30.94 
 
 		 191 aa  63.9  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.581113  hitchhiker  0.00512316 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5852  Phosphoglycerate mutase  37.35 
 
 		 197 aa  63.9  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.415555  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5782  phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase  38.31 
 
 		 194 aa  62.8  0.000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.400935 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003690  alpha-ribazole-5'-phosphate phosphatase  31.61 
 
 		 204 aa  60.8  0.000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2026  phosphoglycerate mutase family protein  35.22 
 
 		 177 aa  60.5  0.00000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0128823 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02129  hypothetical protein  29.03 
 
 		 204 aa  60.5  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2159  hypothetical protein  31.37 
 
 		 213 aa  60.1  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_597  phosphoglycerate mutase family  28.87 
 
 		 200 aa  59.7  0.00000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00000681703  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0707  phosphoglycerate mutase  29.7 
 
 		 209 aa  59.7  0.00000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3595  phosphoglycerate mutase  28.78 
 
 		 402 aa  59.3  0.00000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.977614  hitchhiker  0.000137269 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1279  alpha-ribazole phosphatase  31.93 
 
 		 188 aa  58.9  0.00000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.684394 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4039  phosphoglycerate mutase  31.33 
 
 		 188 aa  58.2  0.00000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5329  phosphoglycerate mutase  36.14 
 
 		 197 aa  57.8  0.00000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.13512  normal  0.0708418 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1680  alpha-ribazole-5'-phosphate phosphatase  31.33 
 
 		 188 aa  57.4  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.844436 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1239  alpha-ribazole phosphatase  31.1 
 
 		 189 aa  57.4  0.0000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.670412  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0628  phosphoglycerate mutase  32.32 
 
 		 200 aa  57  0.0000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000021297  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2177  Phosphoglycerate mutase  33.33 
 
 		 203 aa  57  0.0000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.887348 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0488  fructose-2,6-bisphosphatase-like protein  33.33 
 
 		 207 aa  57  0.0000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0759  alpha-ribazole-5'-phosphate phosphatase, putative  31.89 
 
 		 208 aa  56.6  0.0000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1136  phosphoglycerate mutase  28.1 
 
 		 235 aa  55.8  0.0000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4087  phosphoglycerate mutase  25.97 
 
 		 215 aa  56.2  0.0000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1322  Phosphoglycerate mutase  25.31 
 
 		 209 aa  56.2  0.0000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3737  phosphoglycerate mutase  30.38 
 
 		 228 aa  55.5  0.0000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.791963 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1895  phosphoglycerate mutase  36.18 
 
 		 186 aa  55.1  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.292157  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2663  Phosphoglycerate mutase  34.59 
 
 		 233 aa  55.1  0.0000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.610509  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0669  phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase  30.82 
 
 		 212 aa  54.7  0.0000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.299745  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33040  alpha-ribazole-5-phosphate phosphatase protein  34.34 
 
 		 189 aa  54.7  0.0000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.011687  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1758  phosphoglycerate mutase  30.36 
 
 		 190 aa  54.7  0.0000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0909512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0114  Phosphoglycerate mutase  24.84 
 
 		 210 aa  54.7  0.0000008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000110333  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01925  alpha-ribazole-5''''-phosphate phosphatase  34.82 
 
 		 196 aa  53.5  0.000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.920687  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3502  Phosphoglycerate mutase  30.49 
 
 		 200 aa  54.3  0.000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4807  Phosphoglycerate mutase  35.54 
 
 		 198 aa  53.1  0.000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.000268692  normal  0.187033 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0209  phosphoglycerate mutase  34.52 
 
 		 218 aa  53.5  0.000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0433  phosphoglycerate mutase  32.92 
 
 		 226 aa  53.5  0.000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3673  phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase  27.51 
 
 		 190 aa  52.8  0.000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0299984  normal  0.0692383 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0580  Phosphoglycerate mutase  31.25 
 
 		 221 aa  52.8  0.000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1936  phosphoglycerate mutase  34.18 
 
 		 233 aa  52.8  0.000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0170489  normal  0.370052 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2893  phosphoglycerate mutase  37.42 
 
 		 205 aa  52.4  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.209877  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1234  phosphoglycerate mutase  33.13 
 
 		 232 aa  52.8  0.000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.332638 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4718  Phosphoglycerate mutase  36.31 
 
 		 198 aa  52.8  0.000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0008  phosphoglycerate mutase  31.68 
 
 		 241 aa  52.4  0.000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0357979 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4110  hypothetical protein  32.53 
 
 		 194 aa  52  0.000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1121  alpha-ribazole-5`-phosphate phosphatase CobC, putative  37.38 
 
 		 198 aa  52.4  0.000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.568184  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0873  phosphoglycerate mutase  27.81 
 
 		 247 aa  52  0.000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3812  phosphoglycerate mutase  32.74 
 
 		 224 aa  52  0.000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.234713 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0728  phosphoglycerate mutase  31.61 
 
 		 195 aa  51.6  0.000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3680  phosphoglycerate mutase  30.17 
 
 		 186 aa  51.2  0.000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1908  phosphoglycerate mutase  29.56 
 
 		 208 aa  51.2  0.000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.393562  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>