More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_1239 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_1239  alpha-ribazole phosphatase  100 
 
 
189 aa  369  1e-101  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.670412  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1279  alpha-ribazole phosphatase  80.75 
 
 
188 aa  289  2e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.684394 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1680  alpha-ribazole-5'-phosphate phosphatase  78.61 
 
 
188 aa  278  4e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.844436 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4039  phosphoglycerate mutase  78.61 
 
 
188 aa  277  7e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1649  phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase  70.43 
 
 
191 aa  255  2e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.581113  hitchhiker  0.00512316 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1716  alpha-ribazole-5'-phosphate phosphatase, putative  67.74 
 
 
190 aa  249  2e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.507425  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3673  phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase  66.67 
 
 
190 aa  248  4e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0299984  normal  0.0692383 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4110  hypothetical protein  69.83 
 
 
194 aa  244  6e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47660  hypothetical protein  69.27 
 
 
194 aa  242  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0822377  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1758  phosphoglycerate mutase  64.52 
 
 
190 aa  227  9e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0909512  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33040  alpha-ribazole-5-phosphate phosphatase protein  66.67 
 
 
189 aa  218  3.9999999999999997e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.011687  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0269  phosphoglycerate mutase  48.77 
 
 
207 aa  167  8e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1928  phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase  39.04 
 
 
201 aa  155  4e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0314739  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1121  alpha-ribazole-5`-phosphate phosphatase CobC, putative  46.63 
 
 
198 aa  154  5.0000000000000005e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.568184  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1453  Phosphoglycerate mutase  48.66 
 
 
190 aa  149  3e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0695577  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2817  phosphoglycerate mutase  42.78 
 
 
206 aa  143  1e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00859935  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0703  Fis family transcriptional regulator  42.25 
 
 
217 aa  139  1.9999999999999998e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.123579  normal  0.22759 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0639  Phosphoglycerate mutase  41.08 
 
 
193 aa  135  3.0000000000000003e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1855  phosphoglycerate mutase  38.98 
 
 
209 aa  134  6.0000000000000005e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.54332  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01925  alpha-ribazole-5''''-phosphate phosphatase  41.86 
 
 
196 aa  133  1.9999999999999998e-30  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.920687  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2250  Phosphoglycerate mutase  39.78 
 
 
195 aa  132  3.9999999999999996e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.408643 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1249  alpha-ribazole-5`-phosphate phosphatase CobC, putative  36.41 
 
 
207 aa  131  6.999999999999999e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.29402  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3383  phosphoglycerate mutase  44.72 
 
 
204 aa  130  1.0000000000000001e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0711  phosphoglycerate mutase  41.88 
 
 
203 aa  124  6e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2159  hypothetical protein  35.52 
 
 
213 aa  123  2e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4087  phosphoglycerate mutase  40.13 
 
 
215 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3737  phosphoglycerate mutase  34.43 
 
 
228 aa  111  8.000000000000001e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.791963 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0464  alpha-ribazole-5`-phosphate phosphatase CobC, putative  37.16 
 
 
197 aa  109  2.0000000000000002e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1136  phosphoglycerate mutase  32.97 
 
 
235 aa  102  2e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1696  Phosphoglycerate mutase  36.61 
 
 
201 aa  101  6e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3367  phosphoglycerate mutase  33.85 
 
 
239 aa  101  7e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0996  Phosphoglycerate mutase  33.85 
 
 
239 aa  100  1e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2711  alpha-ribazole-5`-phosphate phosphatase CobC, putative  37.93 
 
 
202 aa  99  4e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.319958  normal  0.544372 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1908  phosphoglycerate mutase  31.67 
 
 
208 aa  97.8  9e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.393562  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0974  phosphoglycerate mutase  32.83 
 
 
243 aa  97.4  1e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0873  phosphoglycerate mutase  32.11 
 
 
247 aa  97.4  1e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0469  phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase  35.64 
 
 
201 aa  96.7  2e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3281  phosphoglycerate mutase  31.19 
 
 
240 aa  95.5  4e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1008  phosphoglycerate mutase  32.65 
 
 
243 aa  95.5  4e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2964  phosphoglycerate mutase  31.05 
 
 
241 aa  95.5  5e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4185  phosphoglycerate mutase  35.14 
 
 
200 aa  92.4  4e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1031  alpha-ribazole-5'-phosphate phosphatase, putative  30.84 
 
 
249 aa  92.4  4e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3088  alpha-ribazole phosphatase  31.87 
 
 
213 aa  91.3  7e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000263977  hitchhiker  0.00177034 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_597  phosphoglycerate mutase family  32.81 
 
 
200 aa  91.3  8e-18  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00000681703  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2741  phosphoglycerate mutase/fructose-2,6-bisphosphatase  35.68 
 
 
213 aa  88.2  7e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.195547  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3895  alpha-ribazole phosphatase  32.07 
 
 
198 aa  88.2  7e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0234787 
 
 
-
 
NC_002936  DET0659  alpha-ribazole-5-phosphate phosphatase, putative  32.29 
 
 
200 aa  87.8  8e-17  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0693  alpha-ribazole-5-phosphate phosphatase, putative  32.29 
 
 
200 aa  87.8  8e-17  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3811  alpha-ribazole phosphatase  32.61 
 
 
198 aa  87.8  8e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3134  putative Alpha-ribazole phosphatase (anaerobic pathway of cobalamin biosynthesis, cobC)  37.43 
 
 
197 aa  86.7  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.552809  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0628  phosphoglycerate mutase  30.73 
 
 
200 aa  86.7  2e-16  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000021297  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0839  phosphoglycerate mutase  30.73 
 
 
240 aa  86.7  2e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0902  phosphoglycerate mutase  32.61 
 
 
411 aa  87  2e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0126145  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2892  bifunctional RNase H/acid phosphatase  38.25 
 
 
356 aa  86.3  3e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.816574  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4654  Phosphoglycerate mutase  30.69 
 
 
212 aa  85.5  4e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000940837 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3375  Phosphoglycerate mutase  33.51 
 
 
213 aa  85.5  4e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.10408 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0771  Phosphoglycerate mutase  37.7 
 
 
222 aa  85.1  5e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0621  phosphoglycerate mutase family protein  37.7 
 
 
222 aa  85.1  5e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0420  phosphoglycerate mutase  34.07 
 
 
224 aa  85.1  6e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.104537 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00607  predicted alpha-ribazole-5'-P phosphatase  31.35 
 
 
203 aa  84.7  7e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000725652  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0727  alpha-ribazole phosphatase  31.35 
 
 
203 aa  84.7  7e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000487704  normal  0.192993 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00596  hypothetical protein  31.35 
 
 
203 aa  84.7  7e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000603804  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3812  phosphoglycerate mutase  33.68 
 
 
224 aa  84.3  9e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.234713 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0759  alpha-ribazole-5'-phosphate phosphatase, putative  36.02 
 
 
208 aa  84.3  0.000000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5889  bifunctional RNase H/acid phosphatase  32.97 
 
 
427 aa  83.6  0.000000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.733472 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3007  phosphoglycerate mutase family protein, putative  33.87 
 
 
217 aa  83.2  0.000000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0374  Phosphoglycerate mutase  31.89 
 
 
226 aa  83.2  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3955  phosphoglycerate mutase  34.59 
 
 
240 aa  83.2  0.000000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0124021 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0389  Phosphoglycerate mutase  31.89 
 
 
226 aa  83.6  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0252032  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0658  alpha-ribazole phosphatase  31.35 
 
 
203 aa  83.2  0.000000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000037528  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3183  phosphoglycerate mutase  30.73 
 
 
240 aa  83.2  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1538  Phosphoglycerate mutase  33.33 
 
 
213 aa  83.2  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3618  bifunctional RNase H/acid phosphatase  37.16 
 
 
369 aa  83.2  0.000000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.324125  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0479  phosphoglycerate mutase  35 
 
 
229 aa  82.8  0.000000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.364165  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2815  phosphoglycerate mutase  33.15 
 
 
202 aa  82.8  0.000000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1067  phosphoglycerate mutase  34.07 
 
 
202 aa  82.4  0.000000000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000059372  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0998  Phosphoglycerate mutase  28.25 
 
 
201 aa  82  0.000000000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0690  alpha-ribazole phosphatase  30.81 
 
 
203 aa  82  0.000000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000194009  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0664  alpha-ribazole phosphatase  30.81 
 
 
203 aa  82  0.000000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000732678  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2988  alpha-ribazole phosphatase  31.35 
 
 
203 aa  81.3  0.000000000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000161375  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2989  Phosphoglycerate mutase  31.09 
 
 
217 aa  81.3  0.000000000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  2.30555e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3460  Phosphoglycerate mutase  40.51 
 
 
363 aa  81.6  0.000000000000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003690  alpha-ribazole-5'-phosphate phosphatase  28.12 
 
 
204 aa  81.3  0.000000000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1975  Phosphoglycerate mutase  31.05 
 
 
207 aa  80.9  0.000000000000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00690294  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0327  phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase  37.64 
 
 
189 aa  80.9  0.00000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02129  hypothetical protein  33.13 
 
 
204 aa  80.5  0.00000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2647  Phosphoglycerate mutase  31.48 
 
 
212 aa  80.9  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.372085 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2311  phosphoglycerate mutase  35.48 
 
 
440 aa  80.1  0.00000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.3615 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2789  Phosphoglycerate mutase  32.5 
 
 
212 aa  80.5  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3312  Phosphoglycerate mutase  32.5 
 
 
212 aa  80.5  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.176703  normal  0.738547 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2015  phosphoglycerate mutase  31.44 
 
 
401 aa  80.1  0.00000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.128037  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0462  Phosphoglycerate mutase  32.81 
 
 
192 aa  80.1  0.00000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000310239  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5074  bifunctional RNase H/acid phosphatase  37.67 
 
 
378 aa  80.1  0.00000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0171562  normal  0.0167384 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3007  alpha-ribazole phosphatase  30.81 
 
 
203 aa  80.5  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000150204  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1953  bifunctional RNase H/acid phosphatase  34.41 
 
 
382 aa  79.3  0.00000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3334  Phosphoglycerate mutase  34.97 
 
 
366 aa  79.3  0.00000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0185699  normal  0.415559 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1007  Phosphoglycerate mutase  27.66 
 
 
204 aa  78.6  0.00000000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.628079 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1438  bifunctional RNase H/acid phosphatase  39.04 
 
 
378 aa  78.2  0.00000000000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.246631  normal  0.0428381 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2177  phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase  28.57 
 
 
212 aa  78.2  0.00000000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3084  alpha-ribazole phosphatase  31.02 
 
 
200 aa  78.2  0.00000000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.237454  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>