More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1680 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1680  alpha-ribazole-5'-phosphate phosphatase  100 
 
 		 188 aa  371  1e-102  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.844436 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4039  phosphoglycerate mutase  97.87 
 
 		 188 aa  360  5.0000000000000005e-99  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1279  alpha-ribazole phosphatase  95.19 
 
 		 188 aa  352  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.684394 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1239  alpha-ribazole phosphatase  78.61 
 
 		 189 aa  278  4e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.670412  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1649  phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase  74.05 
 
 		 191 aa  261  4e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.581113  hitchhiker  0.00512316 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3673  phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase  70.43 
 
 		 190 aa  255  2e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0299984  normal  0.0692383 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1716  alpha-ribazole-5'-phosphate phosphatase, putative  68.28 
 
 		 190 aa  248  4e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.507425  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1758  phosphoglycerate mutase  69.73 
 
 		 190 aa  239  2e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0909512  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4110  hypothetical protein  69.66 
 
 		 194 aa  234  4e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47660  hypothetical protein  68.54 
 
 		 194 aa  231  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0822377  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33040  alpha-ribazole-5-phosphate phosphatase protein  69.14 
 
 		 189 aa  219  9.999999999999999e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.011687  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1928  phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase  43.41 
 
 		 201 aa  162  3e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0314739  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0269  phosphoglycerate mutase  48.15 
 
 		 207 aa  161  6e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1453  Phosphoglycerate mutase  50.56 
 
 		 190 aa  160  1e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0695577  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1121  alpha-ribazole-5`-phosphate phosphatase CobC, putative  46.77 
 
 		 198 aa  152  2e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.568184  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1855  phosphoglycerate mutase  40.86 
 
 		 209 aa  145  4.0000000000000006e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.54332  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0703  Fis family transcriptional regulator  46.11 
 
 		 217 aa  144  8.000000000000001e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.123579  normal  0.22759 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01925  alpha-ribazole-5''''-phosphate phosphatase  43.86 
 
 		 196 aa  141  4e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.920687  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2817  phosphoglycerate mutase  44.38 
 
 		 206 aa  139  1.9999999999999998e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00859935  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2250  Phosphoglycerate mutase  41.57 
 
 		 195 aa  129  2.0000000000000002e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.408643 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4087  phosphoglycerate mutase  41.4 
 
 		 215 aa  127  8.000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3383  phosphoglycerate mutase  44.1 
 
 		 204 aa  126  2.0000000000000002e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1249  alpha-ribazole-5`-phosphate phosphatase CobC, putative  37.29 
 
 		 207 aa  125  4.0000000000000003e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.29402  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0711  phosphoglycerate mutase  43.83 
 
 		 203 aa  124  9e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0639  Phosphoglycerate mutase  39.15 
 
 		 193 aa  122  3e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2159  hypothetical protein  38.07 
 
 		 213 aa  120  9e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3737  phosphoglycerate mutase  35.64 
 
 		 228 aa  116  1.9999999999999998e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.791963 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0464  alpha-ribazole-5`-phosphate phosphatase CobC, putative  36.46 
 
 		 197 aa  108  3e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0996  Phosphoglycerate mutase  37.63 
 
 		 239 aa  107  8.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3367  phosphoglycerate mutase  37.11 
 
 		 239 aa  106  2e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1008  phosphoglycerate mutase  36.87 
 
 		 243 aa  103  2e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0974  phosphoglycerate mutase  36.87 
 
 		 243 aa  103  2e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0873  phosphoglycerate mutase  38.12 
 
 		 247 aa  100  2e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1136  phosphoglycerate mutase  33.15 
 
 		 235 aa  98.2  6e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2964  phosphoglycerate mutase  35.2 
 
 		 241 aa  96.7  2e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2711  alpha-ribazole-5`-phosphate phosphatase CobC, putative  37.16 
 
 		 202 aa  93.6  2e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.319958  normal  0.544372 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0469  phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase  34.21 
 
 		 201 aa  93.2  2e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1696  Phosphoglycerate mutase  36.26 
 
 		 201 aa  92.4  3e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3281  phosphoglycerate mutase  32.63 
 
 		 240 aa  92  5e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2034  phosphatase PhoE  28.11 
 
 		 203 aa  91.7  6e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3275  phosphatase PhoE  28.11 
 
 		 203 aa  91.7  6e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_597  phosphoglycerate mutase family  31.94 
 
 		 200 aa  91.7  6e-18  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00000681703  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1975  Phosphoglycerate mutase  30.48 
 
 		 207 aa  91.3  7e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00690294  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0462  Phosphoglycerate mutase  35.8 
 
 		 192 aa  90.9  9e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000310239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1908  phosphoglycerate mutase  29.89 
 
 		 208 aa  90.5  1e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.393562  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1894  phosphatase PhoE  28.65 
 
 		 203 aa  90.9  1e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00837019  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0659  alpha-ribazole-5-phosphate phosphatase, putative  31.94 
 
 		 200 aa  89.7  2e-17  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0693  alpha-ribazole-5-phosphate phosphatase, putative  31.94 
 
 		 200 aa  89.7  2e-17  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02129  hypothetical protein  33.33 
 
 		 204 aa  89  4e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0839  phosphoglycerate mutase  33.16 
 
 		 240 aa  88.6  5e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1859  phosphatase PhoE  27.17 
 
 		 203 aa  87.8  8e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.324195  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2741  phosphoglycerate mutase/fructose-2,6-bisphosphatase  36.36 
 
 		 213 aa  87  1e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.195547  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2145  phosphatase PhoE  27.72 
 
 		 203 aa  87.4  1e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1897  phosphatase PhoE  27.17 
 
 		 203 aa  86.7  2e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3183  phosphoglycerate mutase  33.51 
 
 		 240 aa  86.3  2e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0759  alpha-ribazole-5'-phosphate phosphatase, putative  36.31 
 
 		 208 aa  87  2e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5889  bifunctional RNase H/acid phosphatase  34.39 
 
 		 427 aa  85.5  4e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.733472 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2273  Phosphoglycerate mutase  31.18 
 
 		 208 aa  84.7  6e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00607  predicted alpha-ribazole-5'-P phosphatase  32.2 
 
 		 203 aa  84.3  9e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000725652  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0727  alpha-ribazole phosphatase  32.2 
 
 		 203 aa  84.3  9e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000487704  normal  0.192993 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00596  hypothetical protein  32.2 
 
 		 203 aa  84.3  9e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000603804  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2113  phosphatase PhoE  27.53 
 
 		 203 aa  83.6  0.000000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0276195  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3088  alpha-ribazole phosphatase  31.43 
 
 		 213 aa  83.2  0.000000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000263977  hitchhiker  0.00177034 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3134  putative Alpha-ribazole phosphatase (anaerobic pathway of cobalamin biosynthesis, cobC)  36.81 
 
 		 197 aa  83.2  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.552809  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2076  phosphatase PhoE  26.97 
 
 		 205 aa  83.2  0.000000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0658  alpha-ribazole phosphatase  32.2 
 
 		 203 aa  82.8  0.000000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000037528  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2988  alpha-ribazole phosphatase  32.2 
 
 		 203 aa  82  0.000000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000161375  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1031  alpha-ribazole-5'-phosphate phosphatase, putative  31.84 
 
 		 249 aa  82  0.000000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1849  phosphatase PhoE  26.97 
 
 		 203 aa  82  0.000000000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0664  alpha-ribazole phosphatase  31.64 
 
 		 203 aa  81.6  0.000000000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000732678  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0690  alpha-ribazole phosphatase  31.64 
 
 		 203 aa  81.6  0.000000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000194009  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0420  phosphoglycerate mutase  35.2 
 
 		 224 aa  81.3  0.000000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.104537 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0902  phosphoglycerate mutase  31.41 
 
 		 411 aa  81.3  0.000000000000007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0126145  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4141  phosphoglycerate mutase  34.92 
 
 		 196 aa  81.3  0.000000000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.287698 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3007  alpha-ribazole phosphatase  31.64 
 
 		 203 aa  80.9  0.000000000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000150204  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0078  phosphoglycerate mutase family protein  25.56 
 
 		 207 aa  80.5  0.00000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.570626  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0100  phosphoglycerate mutase family protein  25.56 
 
 		 207 aa  80.5  0.00000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.124325  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0628  phosphoglycerate mutase  30.57 
 
 		 200 aa  80.5  0.00000000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000021297  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3007  phosphoglycerate mutase family protein, putative  31.75 
 
 		 217 aa  80.1  0.00000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3895  alpha-ribazole phosphatase  31.72 
 
 		 198 aa  80.1  0.00000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0234787 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0998  Phosphoglycerate mutase  26.4 
 
 		 201 aa  79.7  0.00000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003690  alpha-ribazole-5'-phosphate phosphatase  33.33 
 
 		 204 aa  80.1  0.00000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0100  phosphoglycerate mutase  30.43 
 
 		 191 aa  80.1  0.00000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4185  phosphoglycerate mutase  31.91 
 
 		 200 aa  80.1  0.00000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3811  alpha-ribazole phosphatase  31.72 
 
 		 198 aa  79.7  0.00000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1553  Phosphoglycerate mutase  35.05 
 
 		 200 aa  79  0.00000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.233017  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3812  phosphoglycerate mutase  34.64 
 
 		 224 aa  79  0.00000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.234713 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4654  Phosphoglycerate mutase  31.9 
 
 		 212 aa  78.6  0.00000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000940837 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2647  Phosphoglycerate mutase  31.48 
 
 		 212 aa  77.8  0.00000000000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.372085 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0771  Phosphoglycerate mutase  34.62 
 
 		 222 aa  77.8  0.00000000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0621  phosphoglycerate mutase family protein  34.62 
 
 		 222 aa  77.8  0.00000000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3955  phosphoglycerate mutase  34.39 
 
 		 240 aa  77.8  0.0000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0124021 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1007  Phosphoglycerate mutase  27.07 
 
 		 204 aa  77.4  0.0000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.628079 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2044  phosphatase PhoE  27.34 
 
 		 160 aa  77.4  0.0000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0479  phosphoglycerate mutase  34.08 
 
 		 229 aa  76.3  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.364165  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0327  phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase  33.88 
 
 		 189 aa  76.6  0.0000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1673  Phosphoglycerate mutase  34.76 
 
 		 378 aa  76.6  0.0000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00482153  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1900  phosphoglycerate mutase  26.67 
 
 		 188 aa  76.3  0.0000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0686  alpha-ribazole phosphatase  31.07 
 
 		 213 aa  75.9  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000115234  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3375  Phosphoglycerate mutase  30.48 
 
 		 213 aa  76.3  0.0000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.10408 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>