More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2159 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2159  hypothetical protein  100 
 
 		 213 aa  443  1e-123  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4110  hypothetical protein  37.04 
 
 		 194 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47660  hypothetical protein  36.51 
 
 		 194 aa  128  7.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0822377  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3673  phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase  38.67 
 
 		 190 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0299984  normal  0.0692383 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1716  alpha-ribazole-5'-phosphate phosphatase, putative  38.46 
 
 		 190 aa  124  1e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.507425  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4039  phosphoglycerate mutase  37.64 
 
 		 188 aa  124  1e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1239  alpha-ribazole phosphatase  35.52 
 
 		 189 aa  123  2e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.670412  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1649  phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase  37.04 
 
 		 191 aa  122  3e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.581113  hitchhiker  0.00512316 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1279  alpha-ribazole phosphatase  37.02 
 
 		 188 aa  121  6e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.684394 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1680  alpha-ribazole-5'-phosphate phosphatase  38.07 
 
 		 188 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.844436 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0269  phosphoglycerate mutase  34.38 
 
 		 207 aa  120  1.9999999999999998e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3737  phosphoglycerate mutase  33.16 
 
 		 228 aa  118  7e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.791963 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1928  phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase  32.96 
 
 		 201 aa  115  3.9999999999999997e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0314739  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1758  phosphoglycerate mutase  40.52 
 
 		 190 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0909512  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3383  phosphoglycerate mutase  34.21 
 
 		 204 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1249  alpha-ribazole-5`-phosphate phosphatase CobC, putative  33.96 
 
 		 207 aa  111  8.000000000000001e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.29402  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2817  phosphoglycerate mutase  34.62 
 
 		 206 aa  110  1.0000000000000001e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00859935  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4087  phosphoglycerate mutase  30.77 
 
 		 215 aa  109  2.0000000000000002e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33040  alpha-ribazole-5-phosphate phosphatase protein  36.42 
 
 		 189 aa  110  2.0000000000000002e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.011687  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0711  phosphoglycerate mutase  31.55 
 
 		 203 aa  109  3e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1121  alpha-ribazole-5`-phosphate phosphatase CobC, putative  35.03 
 
 		 198 aa  108  5e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.568184  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1855  phosphoglycerate mutase  32.7 
 
 		 209 aa  107  1e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.54332  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1136  phosphoglycerate mutase  31.43 
 
 		 235 aa  105  6e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01925  alpha-ribazole-5''''-phosphate phosphatase  32.77 
 
 		 196 aa  102  5e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.920687  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0703  Fis family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 217 aa  97.4  1e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.123579  normal  0.22759 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0873  phosphoglycerate mutase  29.65 
 
 		 247 aa  93.6  2e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0996  Phosphoglycerate mutase  27.27 
 
 		 239 aa  92  6e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2250  Phosphoglycerate mutase  28.93 
 
 		 195 aa  92  6e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.408643 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1453  Phosphoglycerate mutase  33.12 
 
 		 190 aa  91.7  8e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0695577  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3367  phosphoglycerate mutase  26.84 
 
 		 239 aa  90.5  2e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1008  phosphoglycerate mutase  27.23 
 
 		 243 aa  89  4e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0327  phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase  35.8 
 
 		 189 aa  88.2  9e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0998  Phosphoglycerate mutase  29.31 
 
 		 201 aa  87.4  2e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0974  phosphoglycerate mutase  26.38 
 
 		 243 aa  87  2e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3134  putative Alpha-ribazole phosphatase (anaerobic pathway of cobalamin biosynthesis, cobC)  30.69 
 
 		 197 aa  86.3  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.552809  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2964  phosphoglycerate mutase  27.27 
 
 		 241 aa  86.7  3e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02129  hypothetical protein  32.29 
 
 		 204 aa  85.9  4e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0639  Phosphoglycerate mutase  28.34 
 
 		 193 aa  85.5  6e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1908  phosphoglycerate mutase  28.48 
 
 		 208 aa  85.1  7e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.393562  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1696  Phosphoglycerate mutase  32.26 
 
 		 201 aa  85.1  8e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2711  alpha-ribazole-5`-phosphate phosphatase CobC, putative  34.5 
 
 		 202 aa  83.2  0.000000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.319958  normal  0.544372 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0902  phosphoglycerate mutase  29.32 
 
 		 411 aa  83.2  0.000000000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0126145  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1597  Phosphoglycerate mutase  31.87 
 
 		 206 aa  82.8  0.000000000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3274  Phosphoglycerate mutase  27.04 
 
 		 370 aa  80.9  0.00000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000275954  hitchhiker  0.000874495 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1031  alpha-ribazole-5'-phosphate phosphatase, putative  27.49 
 
 		 249 aa  80.9  0.00000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3595  phosphoglycerate mutase  30.25 
 
 		 402 aa  78.6  0.00000000000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.977614  hitchhiker  0.000137269 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0707  phosphoglycerate mutase  29.57 
 
 		 209 aa  78.6  0.00000000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3281  phosphoglycerate mutase  27.03 
 
 		 240 aa  78.2  0.00000000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0464  alpha-ribazole-5`-phosphate phosphatase CobC, putative  32.03 
 
 		 197 aa  77.4  0.0000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0462  Phosphoglycerate mutase  33.77 
 
 		 192 aa  77.8  0.0000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000310239  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5889  bifunctional RNase H/acid phosphatase  31.5 
 
 		 427 aa  77.4  0.0000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.733472 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1673  Phosphoglycerate mutase  28.95 
 
 		 378 aa  77  0.0000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00482153  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003690  alpha-ribazole-5'-phosphate phosphatase  29.17 
 
 		 204 aa  77  0.0000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3812  phosphoglycerate mutase  28.85 
 
 		 224 aa  75.1  0.0000000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.234713 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3431  Phosphoglycerate mutase  29.56 
 
 		 201 aa  74.7  0.0000000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2205  Phosphoglycerate mutase  28.22 
 
 		 217 aa  74.3  0.000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3183  phosphoglycerate mutase  27.03 
 
 		 240 aa  73.6  0.000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1298  Phosphoglycerate mutase  30 
 
 		 211 aa  73.2  0.000000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000085953  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0423  Phosphoglycerate mutase  28.83 
 
 		 210 aa  72.4  0.000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3334  Phosphoglycerate mutase  29.34 
 
 		 366 aa  72.4  0.000000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0185699  normal  0.415559 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0839  phosphoglycerate mutase  27.48 
 
 		 240 aa  72  0.000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0862  putative alpha-ribazole-5`-phosphate phosphatase CobC  31.15 
 
 		 200 aa  71.6  0.000000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0651  phosphoglycerate mutase  27.33 
 
 		 235 aa  71.6  0.000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.761339 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2637  phosphoglycerate mutase  29.01 
 
 		 190 aa  71.6  0.000000000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00707522  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1953  bifunctional RNase H/acid phosphatase  27.75 
 
 		 382 aa  69.7  0.00000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2078  phosphoglycerate mutase  28.75 
 
 		 212 aa  68.9  0.00000000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1465  alpha-ribazole phosphatase  24.23 
 
 		 205 aa  68.9  0.00000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0454  phosphoglycerate mutase  28.92 
 
 		 193 aa  68.6  0.00000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.079929  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1936  phosphoglycerate mutase  28.83 
 
 		 233 aa  68.2  0.00000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0170489  normal  0.370052 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3882  phosphoglycerate mutase  29.48 
 
 		 198 aa  68.2  0.00000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3811  alpha-ribazole phosphatase  28.3 
 
 		 198 aa  67.8  0.0000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0759  alpha-ribazole-5'-phosphate phosphatase, putative  27.46 
 
 		 208 aa  67.8  0.0000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0771  Phosphoglycerate mutase  29.67 
 
 		 222 aa  67.4  0.0000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0621  phosphoglycerate mutase family protein  29.67 
 
 		 222 aa  67.4  0.0000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6815  Fructose-2 6-bisphosphatase-like protein  30.63 
 
 		 452 aa  66.6  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.142428 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1381  Phosphoglycerate mutase  27.81 
 
 		 240 aa  67  0.0000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3895  alpha-ribazole phosphatase  28.3 
 
 		 198 aa  67.4  0.0000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0234787 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1760  phosphoglycerate mutase family protein  26.53 
 
 		 199 aa  66.6  0.0000000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000115709  normal  0.449804 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3618  bifunctional RNase H/acid phosphatase  32.29 
 
 		 369 aa  66.6  0.0000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.324125  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1513  phosphoribosyltransferase, putative/phosphoglycerate mutase family protein  29.3 
 
 		 438 aa  65.9  0.0000000004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000537342 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0928  Phosphoglycerate mutase  29.66 
 
 		 201 aa  66.2  0.0000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3133  Phosphoglycerate mutase  26.54 
 
 		 200 aa  65.9  0.0000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1894  phosphatase PhoE  26.11 
 
 		 203 aa  65.9  0.0000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00837019  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3312  Phosphoglycerate mutase  26.25 
 
 		 212 aa  65.9  0.0000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.176703  normal  0.738547 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2789  Phosphoglycerate mutase  26.25 
 
 		 212 aa  65.9  0.0000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0580  Phosphoglycerate mutase  27.6 
 
 		 221 aa  65.5  0.0000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1761  phosphoglycerate mutase family protein  24.74 
 
 		 208 aa  65.5  0.0000000006  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000435031  normal  0.107927 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0562  phosphoglycerate mutase  30 
 
 		 185 aa  65.1  0.0000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0434916 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3818  Phosphoglycerate mutase  26.29 
 
 		 227 aa  65.1  0.0000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.824484  normal  0.361533 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1466  Phosphoglycerate mutase  28.66 
 
 		 198 aa  64.7  0.0000000009  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.570916  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3653  phosphoglycerate mutase  34.23 
 
 		 249 aa  64.7  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00889427  normal  0.0152076 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3502  Phosphoglycerate mutase  29.74 
 
 		 200 aa  64.3  0.000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0357  Phosphoglycerate mutase  33.61 
 
 		 196 aa  64.3  0.000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.806672  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12257  bifunctional RNase H/acid phosphatase  32.49 
 
 		 364 aa  64.7  0.000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000101677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2324  phosphoglycerate mutase  27.22 
 
 		 213 aa  64.3  0.000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0703569 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0008  phosphoglycerate mutase  28.57 
 
 		 241 aa  63.5  0.000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0357979 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1203  phosphoglycerate mutase  28.48 
 
 		 190 aa  63.9  0.000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4036  phosphoglycerate mutase  28.48 
 
 		 190 aa  63.9  0.000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.252948  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2647  Phosphoglycerate mutase  25.62 
 
 		 212 aa  63.9  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.372085 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2177  Phosphoglycerate mutase  27.88 
 
 		 203 aa  63.9  0.000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.887348 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>