More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE1963 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002967  TDE1963  selenocysteine-specific translation elongation factor  100 
 
 		 590 aa  1200    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.387563  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0487  selenocysteine-specific translation elongation factor  34.24 
 
 		 605 aa  330  6e-89  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1220  selenocysteine-specific translation elongation factor  30.25 
 
 		 642 aa  254  3e-66  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00584658  normal  0.153868 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1385  selenocysteine-specific translation elongation factor  29.97 
 
 		 619 aa  249  1e-64  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2503  selenocysteine-specific translation elongation factor SelB  30.14 
 
 		 634 aa  248  2e-64  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00650537  normal  0.143065 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0762  selenocysteine-specific translation elongation factor  29.92 
 
 		 634 aa  248  2e-64  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.97012  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0653  selenocysteine-specific translation elongation factor  29.38 
 
 		 636 aa  243  9e-63  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0190681  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1094  selenocysteine-specific translation elongation factor  28.71 
 
 		 635 aa  236  8e-61  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2185  selenocysteine-specific translation elongation factor  29.98 
 
 		 635 aa  236  9e-61  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.573253  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4628  selenocysteine-specific translation elongation factor SelB  29.83 
 
 		 628 aa  236  1.0000000000000001e-60  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.889697 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0034  selenocysteine-specific translation elongation factor  47.1 
 
 		 636 aa  234  2.0000000000000002e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0035  selenocysteine-specific translation elongation factor  47.49 
 
 		 636 aa  234  3e-60  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1647  selenocysteine-specific translation elongation factor  40.11 
 
 		 644 aa  233  6e-60  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00236334  hitchhiker  0.000000010303 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4266  selenocysteine-specific translation elongation factor  37.87 
 
 		 634 aa  233  6e-60  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0102  selenocysteine-specific translation elongation factor  45.56 
 
 		 636 aa  231  4e-59  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3415  selenocysteine-specific translation elongation factor SelB  45.17 
 
 		 636 aa  229  1e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1114  selenocysteine-specific translation elongation factor  27.53 
 
 		 633 aa  229  1e-58  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.366063 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3567  selenocysteine-specific translation elongation factor  29.58 
 
 		 636 aa  226  1e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0164  selenocysteine-specific translation elongation factor  46.33 
 
 		 636 aa  224  2e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2441  selenocysteine-specific translation elongation factor  36.36 
 
 		 642 aa  223  6e-57  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2019  selenocysteine-specific translation elongation factor  45.49 
 
 		 634 aa  222  9.999999999999999e-57  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0284313  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0832  selenocysteine-specific translation elongation factor  28.71 
 
 		 637 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0673  selenocysteine-specific translation elongation factor  30.56 
 
 		 635 aa  221  3.9999999999999997e-56  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0769  selenocysteine-specific translation elongation factor  35.89 
 
 		 629 aa  218  2e-55  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.709604  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2086  selenocysteine-specific translation elongation factor  38.67 
 
 		 657 aa  216  8e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0347898  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25300  selenocysteine-specific elongation factor SelB  34.69 
 
 		 641 aa  216  9e-55  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.291858 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1123  selenocysteine-specific translation elongation factor  35.6 
 
 		 627 aa  216  9.999999999999999e-55  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3173  selenocysteine-specific translation elongation factor SelB  35.67 
 
 		 644 aa  214  4.9999999999999996e-54  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2506  selenocysteine-specific translation elongation factor  35.65 
 
 		 650 aa  213  1e-53  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4150  selenocysteine-specific translation elongation factor  36.44 
 
 		 649 aa  211  3e-53  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00997007 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1982  selenocysteine-specific translation elongation factor SelB  30.77 
 
 		 612 aa  207  3e-52  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.869997  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1693  selenocysteine-specific translation elongation factor  27.33 
 
 		 643 aa  207  4e-52  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.986647 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11400  selenocysteine-specific elongation factor SelB  34.26 
 
 		 657 aa  207  5e-52  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0756  selenocysteine-specific translation elongation factor  28.91 
 
 		 606 aa  206  7e-52  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2372  selenocysteine-specific translation elongation factor  29.49 
 
 		 635 aa  206  1e-51  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2084  selenocysteine-specific translation elongation factor  29.06 
 
 		 635 aa  204  4e-51  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2560  selenocysteine-specific translation elongation factor  36.86 
 
 		 631 aa  202  1.9999999999999998e-50  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.475206  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6613  selenocysteine-specific translation elongation factor  38.44 
 
 		 648 aa  199  9e-50  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0913819 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0447  selenocysteine-specific translation elongation factor  35.73 
 
 		 649 aa  196  1e-48  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.436923  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0419  selenocysteine-specific translation elongation factor SelB  35.47 
 
 		 649 aa  196  1e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0448  selenocysteine-specific translation elongation factor  35.47 
 
 		 649 aa  194  3e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0832  translation elongation factor, selenocysteine-specific  28.1 
 
 		 611 aa  190  7e-47  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.5118  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2083  selenocysteine-specific translation elongation factor  27.52 
 
 		 611 aa  188  3e-46  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0091  selenocysteinyl-tRNA-specific translation factor  34.36 
 
 		 615 aa  185  2.0000000000000003e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0541  selenocysteine-specific translation elongation factor  28.62 
 
 		 605 aa  184  3e-45  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00149249  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16940  selenocysteine-specific translation elongation factor SelB  40.53 
 
 		 583 aa  184  3e-45  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.213421  normal  0.332319 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4377  selenocysteine-specific translation elongation factor  26.82 
 
 		 641 aa  184  3e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.574205  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3539  selenocysteine-specific translation elongation factor  26.82 
 
 		 641 aa  184  3e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.791284  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3989  selenocysteine-specific translation elongation factor  26.82 
 
 		 641 aa  184  3e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0585  selenocysteine-specific translation elongation factor  27.02 
 
 		 604 aa  184  4.0000000000000006e-45  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2869  selenocysteine-specific translation elongation factor  43.14 
 
 		 655 aa  184  4.0000000000000006e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0571166  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2548  selenocysteine-specific translation elongation factor SelB  26.87 
 
 		 637 aa  184  5.0000000000000004e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.88579 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5688  selenocysteine-specific translation elongation factor  27.77 
 
 		 596 aa  184  5.0000000000000004e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0109  selenocysteine-specific translation elongation factor  34.6 
 
 		 681 aa  183  6e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4592  selenocysteine-specific translation elongation factor  26.83 
 
 		 641 aa  183  8.000000000000001e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.251602  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0141  selenocysteinyl-tRNA-specific translation factor  34.37 
 
 		 621 aa  182  1e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.645753  normal  0.973594 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3580  selenocysteine-specific translation elongation factor  26.17 
 
 		 597 aa  181  2e-44  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.144942  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1810  selenocysteine-specific translation elongation factor SelB  34.48 
 
 		 627 aa  181  2.9999999999999997e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.251758 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09660  selenocysteine-specific translation elongation factor SelB  39.61 
 
 		 594 aa  181  2.9999999999999997e-44  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3266  selenocysteine-specific translation elongation factor  33.7 
 
 		 643 aa  181  4e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.901802  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0105  selenocysteine-specific translation elongation factor  34.33 
 
 		 681 aa  180  5.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0110  selenocysteine-specific translation elongation factor  34.33 
 
 		 681 aa  180  5.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2264  selenocysteine-specific translation elongation factor  27.41 
 
 		 580 aa  178  2e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000107455  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1632  selenocysteine-specific translation elongation factor  36.89 
 
 		 586 aa  178  2e-43  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.318083  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3485  selenocysteine-specific translation elongation factor  32.69 
 
 		 643 aa  177  6e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.035122  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5282  selenocysteine-specific translation elongation factor  27.26 
 
 		 603 aa  177  6e-43  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6555  selenocysteine-specific translation elongation factor  27.01 
 
 		 637 aa  176  8e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0281066  hitchhiker  0.00125424 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2095  selenocysteine-specific translation elongation factor SelB  30.82 
 
 		 641 aa  174  5e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3884  selenocysteine-specific translation elongation factor  26.27 
 
 		 641 aa  173  6.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0882754  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4005  selenocysteinyl-tRNA-specific translation factor  33.43 
 
 		 616 aa  173  9e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.187255 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3896  selenocysteinyl-tRNA-specific translation factor  33.43 
 
 		 616 aa  173  9e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0123  selenocysteinyl-tRNA-specific translation factor  28.23 
 
 		 614 aa  172  1e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4961  selenocysteinyl-tRNA-specific translation factor  27.96 
 
 		 614 aa  173  1e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.503297  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4067  selenocysteinyl-tRNA-specific translation factor  33.33 
 
 		 616 aa  172  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3960  selenocysteinyl-tRNA-specific translation factor  33.33 
 
 		 616 aa  171  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.293877  normal  0.449434 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3882  selenocysteinyl-tRNA-specific translation factor  33.33 
 
 		 616 aa  171  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4088  selenocysteinyl-tRNA-specific translation factor  27.96 
 
 		 614 aa  172  2e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4005  selenocysteinyl-tRNA-specific translation factor  28.1 
 
 		 614 aa  172  2e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.799296  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0118  selenocysteine-specific translation elongation factor  27.8 
 
 		 614 aa  171  3e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0712  selenocysteine-specific translation elongation factor  32.07 
 
 		 641 aa  171  3e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03445  selenocysteinyl-tRNA-specific translation factor  27.8 
 
 		 614 aa  171  5e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03396  hypothetical protein  27.8 
 
 		 614 aa  171  5e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3739  selenocysteine-specific translation elongation factor  36.55 
 
 		 591 aa  171  5e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.267457  normal  0.0215815 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3795  selenocysteinyl-tRNA-specific translation factor  27.8 
 
 		 614 aa  171  5e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3918  selenocysteinyl-tRNA-specific translation factor  27.8 
 
 		 614 aa  171  5e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.696319 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3382  selenocysteine-specific translation elongation factor  25.84 
 
 		 641 aa  171  5e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0107  selenocysteine-specific translation elongation factor SelB  32.69 
 
 		 673 aa  169  9e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3332  selenocysteine-specific translation elongation factor  42.91 
 
 		 691 aa  169  1e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.665581 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1678  selenocysteine-specific translation elongation factor  32.41 
 
 		 641 aa  169  1e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2707  selenocysteine-specific translation elongation factor SelB  30.92 
 
 		 636 aa  169  1e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.285696 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63530  selenocysteine-specific elongation factor  32.26 
 
 		 641 aa  169  1e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.440984  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0107  selenocysteine-specific translation elongation factor SelB  32.14 
 
 		 673 aa  169  1e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2825  selenocysteine-specific translation elongation factor  34.22 
 
 		 643 aa  169  1e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.518854  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3075  selenocysteine-specific translation elongation factor  39.3 
 
 		 657 aa  169  1e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0106  selenocysteine-specific translation elongation factor  32.58 
 
 		 673 aa  169  2e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0576  translation elongation factor, selenocysteine-specific  32.41 
 
 		 651 aa  169  2e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0725  selenocysteine-specific translation elongation factor  32.41 
 
 		 641 aa  169  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1697  translation elongation factor, selenocysteine-specific  32.41 
 
 		 651 aa  169  2e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1904  translation elongation factor, selenocysteine-specific  32.41 
 
 		 651 aa  169  2e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2391  translation elongation factor, selenocysteine-specific  32.41 
 
 		 651 aa  169  2e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.451398  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>