More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0107 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009997  Sbal195_0110  selenocysteine-specific translation elongation factor  86.49 
 
 		 681 aa  1215    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0106  selenocysteine-specific translation elongation factor  95.54 
 
 		 673 aa  1323    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0109  selenocysteine-specific translation elongation factor  84.43 
 
 		 681 aa  1188    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0107  selenocysteine-specific translation elongation factor SelB  100 
 
 		 673 aa  1380    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0102  selenocysteine-specific translation elongation factor SelB  98.22 
 
 		 673 aa  1363    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0105  selenocysteine-specific translation elongation factor  84.29 
 
 		 681 aa  1188    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0107  selenocysteine-specific translation elongation factor SelB  97.33 
 
 		 673 aa  1349    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0443  selenocysteine-specific translation elongation factor  46.62 
 
 		 635 aa  529  1e-149  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.363793  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0091  selenocysteinyl-tRNA-specific translation factor  44.52 
 
 		 615 aa  490  1e-137  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4961  selenocysteinyl-tRNA-specific translation factor  42.49 
 
 		 614 aa  490  1e-137  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.503297  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4114  selenocysteinyl-tRNA-specific translation factor  42.71 
 
 		 657 aa  489  1e-137  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03445  selenocysteinyl-tRNA-specific translation factor  42.01 
 
 		 614 aa  486  1e-136  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4088  selenocysteinyl-tRNA-specific translation factor  42.01 
 
 		 614 aa  488  1e-136  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03396  hypothetical protein  42.01 
 
 		 614 aa  486  1e-136  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4005  selenocysteinyl-tRNA-specific translation factor  42.17 
 
 		 614 aa  486  1e-136  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.799296  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3896  selenocysteinyl-tRNA-specific translation factor  42.41 
 
 		 616 aa  486  1e-136  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3795  selenocysteinyl-tRNA-specific translation factor  42.01 
 
 		 614 aa  487  1e-136  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4067  selenocysteinyl-tRNA-specific translation factor  42.41 
 
 		 616 aa  486  1e-136  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0043  selenocysteinyl-tRNA-specific translation factor  42.55 
 
 		 657 aa  486  1e-136  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3918  selenocysteinyl-tRNA-specific translation factor  42.01 
 
 		 614 aa  488  1e-136  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.696319 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4005  selenocysteinyl-tRNA-specific translation factor  42.56 
 
 		 616 aa  486  1e-136  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.187255 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0118  selenocysteine-specific translation elongation factor  42.01 
 
 		 614 aa  485  1e-135  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3882  selenocysteinyl-tRNA-specific translation factor  42.41 
 
 		 616 aa  483  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0123  selenocysteinyl-tRNA-specific translation factor  41.85 
 
 		 614 aa  485  1e-135  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3960  selenocysteinyl-tRNA-specific translation factor  42.41 
 
 		 616 aa  484  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.293877  normal  0.449434 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0141  selenocysteinyl-tRNA-specific translation factor  42.17 
 
 		 621 aa  469  1.0000000000000001e-131  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.645753  normal  0.973594 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3485  selenocysteine-specific translation elongation factor  37.85 
 
 		 643 aa  376  1e-103  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.035122  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63530  selenocysteine-specific elongation factor  37.56 
 
 		 641 aa  364  2e-99  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.440984  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2548  selenocysteine-specific translation elongation factor SelB  36.8 
 
 		 637 aa  362  1e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.88579 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5526  selenocysteine-specific elongation factor  37.25 
 
 		 641 aa  356  6.999999999999999e-97  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4592  selenocysteine-specific translation elongation factor  36.67 
 
 		 641 aa  352  1e-95  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.251602  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2095  selenocysteine-specific translation elongation factor SelB  37.13 
 
 		 641 aa  350  7e-95  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3884  selenocysteine-specific translation elongation factor  36.64 
 
 		 641 aa  348  1e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0882754  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4377  selenocysteine-specific translation elongation factor  36.83 
 
 		 641 aa  348  2e-94  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.574205  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3539  selenocysteine-specific translation elongation factor  36.83 
 
 		 641 aa  348  2e-94  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.791284  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3989  selenocysteine-specific translation elongation factor  36.83 
 
 		 641 aa  348  2e-94  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3382  selenocysteine-specific translation elongation factor  36.48 
 
 		 641 aa  347  5e-94  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4523  selenocysteine-specific translation elongation factor  35.86 
 
 		 646 aa  344  2e-93  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6555  selenocysteine-specific translation elongation factor  36.26 
 
 		 637 aa  344  2.9999999999999997e-93  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0281066  hitchhiker  0.00125424 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0712  selenocysteine-specific translation elongation factor  35.97 
 
 		 641 aa  341  2.9999999999999998e-92  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0537  selenocysteine-specific translation elongation factor  37.23 
 
 		 640 aa  338  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.82907  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2707  selenocysteine-specific translation elongation factor SelB  36.51 
 
 		 636 aa  336  1e-90  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.285696 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1810  selenocysteine-specific translation elongation factor SelB  35.37 
 
 		 627 aa  334  3e-90  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.251758 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0494  selenocysteine-specific translation elongation factor  36.93 
 
 		 640 aa  333  5e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.190998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2254  translation elongation factor, selenocysteine-specific  36.78 
 
 		 651 aa  333  7.000000000000001e-90  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0142669  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2391  translation elongation factor, selenocysteine-specific  36.78 
 
 		 651 aa  332  1e-89  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.451398  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0576  translation elongation factor, selenocysteine-specific  36.78 
 
 		 651 aa  332  1e-89  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1678  selenocysteine-specific translation elongation factor  36.78 
 
 		 641 aa  332  1e-89  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1904  translation elongation factor, selenocysteine-specific  36.78 
 
 		 651 aa  332  1e-89  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0528  selenocysteine-specific translation elongation factor  36.98 
 
 		 640 aa  332  1e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.465523 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1697  translation elongation factor, selenocysteine-specific  36.78 
 
 		 651 aa  332  1e-89  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0725  selenocysteine-specific translation elongation factor  36.62 
 
 		 641 aa  331  3e-89  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2869  selenocysteine-specific translation elongation factor  35.86 
 
 		 655 aa  318  2e-85  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0571166  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0549  selenocysteine-specific translation elongation factor  35.83 
 
 		 640 aa  317  7e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.177696 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3266  selenocysteine-specific translation elongation factor  35.73 
 
 		 643 aa  312  2e-83  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.901802  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0762  selenocysteine-specific translation elongation factor  33.94 
 
 		 634 aa  305  1.0000000000000001e-81  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.97012  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2825  selenocysteine-specific translation elongation factor  34.98 
 
 		 643 aa  301  3e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.518854  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1220  selenocysteine-specific translation elongation factor  32.7 
 
 		 642 aa  281  3e-74  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00584658  normal  0.153868 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2503  selenocysteine-specific translation elongation factor SelB  32.54 
 
 		 634 aa  280  8e-74  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00650537  normal  0.143065 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2086  selenocysteine-specific translation elongation factor  33.28 
 
 		 657 aa  278  2e-73  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0347898  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2019  selenocysteine-specific translation elongation factor  32.72 
 
 		 634 aa  267  4e-70  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0284313  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2560  selenocysteine-specific translation elongation factor  30.83 
 
 		 631 aa  267  5e-70  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.475206  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2441  selenocysteine-specific translation elongation factor  33.69 
 
 		 642 aa  265  2e-69  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4266  selenocysteine-specific translation elongation factor  30.81 
 
 		 634 aa  264  4.999999999999999e-69  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1094  selenocysteine-specific translation elongation factor  32.33 
 
 		 635 aa  262  2e-68  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3173  selenocysteine-specific translation elongation factor SelB  31.23 
 
 		 644 aa  261  2e-68  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3567  selenocysteine-specific translation elongation factor  31.96 
 
 		 636 aa  261  3e-68  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0653  selenocysteine-specific translation elongation factor  30.65 
 
 		 636 aa  261  4e-68  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0190681  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3332  selenocysteine-specific translation elongation factor  31.45 
 
 		 691 aa  258  3e-67  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.665581 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2506  selenocysteine-specific translation elongation factor  31.97 
 
 		 650 aa  258  3e-67  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1114  selenocysteine-specific translation elongation factor  29.28 
 
 		 633 aa  257  5e-67  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.366063 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0102  selenocysteine-specific translation elongation factor  33.12 
 
 		 636 aa  256  1.0000000000000001e-66  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3415  selenocysteine-specific translation elongation factor SelB  32.62 
 
 		 636 aa  256  1.0000000000000001e-66  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0034  selenocysteine-specific translation elongation factor  31.27 
 
 		 636 aa  255  1.0000000000000001e-66  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1385  selenocysteine-specific translation elongation factor  31.28 
 
 		 619 aa  255  2.0000000000000002e-66  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0419  selenocysteine-specific translation elongation factor SelB  32 
 
 		 649 aa  255  2.0000000000000002e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1693  selenocysteine-specific translation elongation factor  32.77 
 
 		 643 aa  254  3e-66  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.986647 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0447  selenocysteine-specific translation elongation factor  32.1 
 
 		 649 aa  253  7e-66  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.436923  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1647  selenocysteine-specific translation elongation factor  29.91 
 
 		 644 aa  253  8.000000000000001e-66  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00236334  hitchhiker  0.000000010303 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0448  selenocysteine-specific translation elongation factor  31.94 
 
 		 649 aa  253  1e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0035  selenocysteine-specific translation elongation factor  31.11 
 
 		 636 aa  250  5e-65  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2185  selenocysteine-specific translation elongation factor  30.76 
 
 		 635 aa  250  5e-65  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.573253  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1982  selenocysteine-specific translation elongation factor SelB  34.08 
 
 		 612 aa  249  1e-64  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.869997  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4150  selenocysteine-specific translation elongation factor  31.65 
 
 		 649 aa  245  1.9999999999999999e-63  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00997007 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0164  selenocysteine-specific translation elongation factor  31.99 
 
 		 636 aa  245  1.9999999999999999e-63  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2372  selenocysteine-specific translation elongation factor  29.53 
 
 		 635 aa  244  3e-63  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2084  selenocysteine-specific translation elongation factor  29.81 
 
 		 635 aa  244  3e-63  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0832  selenocysteine-specific translation elongation factor  31.59 
 
 		 637 aa  243  1e-62  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4628  selenocysteine-specific translation elongation factor SelB  31.09 
 
 		 628 aa  239  8e-62  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.889697 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25300  selenocysteine-specific elongation factor SelB  30.68 
 
 		 641 aa  228  2e-58  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.291858 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0673  selenocysteine-specific translation elongation factor  29.86 
 
 		 635 aa  226  1e-57  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0769  selenocysteine-specific translation elongation factor  30.56 
 
 		 629 aa  225  2e-57  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.709604  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6613  selenocysteine-specific translation elongation factor  29.95 
 
 		 648 aa  224  4.9999999999999996e-57  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0913819 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11400  selenocysteine-specific elongation factor SelB  28.48 
 
 		 657 aa  214  4.9999999999999996e-54  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1123  selenocysteine-specific translation elongation factor  29.79 
 
 		 627 aa  213  1e-53  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0756  selenocysteine-specific translation elongation factor  34.92 
 
 		 606 aa  194  4e-48  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0541  selenocysteine-specific translation elongation factor  27.14 
 
 		 605 aa  194  4e-48  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00149249  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3739  selenocysteine-specific translation elongation factor  42.8 
 
 		 591 aa  188  2e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.267457  normal  0.0215815 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0832  translation elongation factor, selenocysteine-specific  26.85 
 
 		 611 aa  187  7e-46  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.5118  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09660  selenocysteine-specific translation elongation factor SelB  29.05 
 
 		 594 aa  182  2e-44  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>