More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3028 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3028  type II secretion system protein  100 
 
 		 403 aa  814    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000329873 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1345  type II secretion system protein  32.01 
 
 		 410 aa  218  1e-55  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0757  type II secretion system protein  30.75 
 
 		 406 aa  215  9.999999999999999e-55  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2922  general secretion pathway protein F  29.24 
 
 		 405 aa  213  3.9999999999999995e-54  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2209  general secretion pathway protein F  30.77 
 
 		 399 aa  211  1e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.616736  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24010  general secretion pathway protein F  29.41 
 
 		 405 aa  211  3e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2031  general secretion pathway protein F  29.41 
 
 		 405 aa  209  5e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18690  type II secretion system protein  28.02 
 
 		 410 aa  206  5e-52  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1584  type II secretion system protein  30.48 
 
 		 422 aa  206  6e-52  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.738971  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2894  general secretion pathway protein F  29.41 
 
 		 410 aa  204  2e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.196755  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0875  type II secretion system protein  30.5 
 
 		 409 aa  202  7e-51  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2680  type II secretion system protein  30.2 
 
 		 405 aa  202  7e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1301  general secretion pathway protein F  31.77 
 
 		 408 aa  202  9.999999999999999e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0233  general secretion pathway protein F  29.53 
 
 		 406 aa  199  5e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1633  type II secretion system protein  29.18 
 
 		 406 aa  199  7.999999999999999e-50  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1320  type II secretion system protein  30.96 
 
 		 409 aa  196  5.000000000000001e-49  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0145546 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2304  general secretion pathway protein F  28.29 
 
 		 406 aa  196  6e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0151  general secretion pathway protein F  29.24 
 
 		 407 aa  196  7e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0786  type IV pilin biogenesis protein PilC  27 
 
 		 403 aa  196  7e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.447941  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0155  general secretion pathway protein F  29.24 
 
 		 407 aa  196  7e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0573694 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0155  general secretion pathway protein F  29.24 
 
 		 407 aa  196  7e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4204  general secretion pathway protein F  29.24 
 
 		 407 aa  196  7e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0425  type II secretion system protein  30.56 
 
 		 406 aa  195  1e-48  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.126236  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3026  type II secretion system protein  31.5 
 
 		 417 aa  195  2e-48  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3439  type II secretion system protein  29.21 
 
 		 422 aa  194  3e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0385589 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5703  general secretion pathway protein F  29.63 
 
 		 408 aa  194  3e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0555477  normal  0.0587373 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3565  general secretion pathway protein F  28.15 
 
 		 407 aa  193  4e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0312  type II secretion system protein  29.1 
 
 		 420 aa  192  8e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0890  Type II secretion system F domain protein  30.1 
 
 		 403 aa  192  9e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1580  Type II secretion system F domain protein  28.75 
 
 		 412 aa  191  1e-47  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0880  type II secretion system protein  31.51 
 
 		 406 aa  192  1e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.12464 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0174  type II secretion system protein  30.17 
 
 		 405 aa  192  1e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3784  type II secretion system protein  30.05 
 
 		 419 aa  191  1e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0728  general secretion pathway protein F  30.88 
 
 		 409 aa  191  2e-47  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.164597  normal  0.206561 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17760  type II secretory pathway, component PulF  29.46 
 
 		 416 aa  191  2e-47  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.874552 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2271  type II secretion system protein F  30.05 
 
 		 401 aa  191  2e-47  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2593  type II secretion system protein  30.77 
 
 		 407 aa  190  2.9999999999999997e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0862  type IV pilus biogenesis protein PilC  29.44 
 
 		 405 aa  191  2.9999999999999997e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00603  general secretion pathway protein F  28.04 
 
 		 406 aa  190  4e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03232  type IV pilus biogenesis protein PilC  28.61 
 
 		 402 aa  189  5.999999999999999e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169969  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2080  type II secretion system protein  28.43 
 
 		 417 aa  189  5.999999999999999e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.917677  normal  0.551071 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1552  type II secretion system protein  30.71 
 
 		 402 aa  189  8e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0298839 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0123  general secretion pathway protein F  28.89 
 
 		 407 aa  189  9e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1350  general secretion pathway protein F  30.27 
 
 		 403 aa  189  1e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.534213  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2784  general secretion pathway protein F  29.73 
 
 		 405 aa  189  1e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2664  general secretion pathway protein F  29.73 
 
 		 405 aa  189  1e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0222  general secretion pathway protein F  29.73 
 
 		 405 aa  189  1e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0009  general secretion pathway protein F  29.73 
 
 		 405 aa  189  1e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3516  general secretion pathway protein F  29.73 
 
 		 405 aa  189  1e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.632046  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0009  general secretion pathway protein F  29.73 
 
 		 405 aa  188  1e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0009  general secretion pathway protein F  29.73 
 
 		 405 aa  189  1e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1888  general secretion pathway protein F  29.73 
 
 		 405 aa  189  1e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.266018  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1390  type II secretion system protein  28.07 
 
 		 404 aa  189  1e-46  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.387943  normal  0.0225351 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04887  pilin biogenesis protein  28.5 
 
 		 419 aa  188  2e-46  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3116  general secretory pathway F transmembrane protein  31.36 
 
 		 403 aa  187  2e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.205783  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1824  Type II secretion system F domain protein  31.44 
 
 		 409 aa  187  2e-46  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.608306  normal  0.597079 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1655  type II secretion system protein  28.03 
 
 		 404 aa  188  2e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4499  putative general secretory pathway protein F  29.14 
 
 		 405 aa  188  2e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.151931 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0419  type II secretion system protein  28.71 
 
 		 421 aa  188  2e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3617  general secretion pathway protein F  28.15 
 
 		 406 aa  187  3e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1631  general secretion pathway protein F  28.92 
 
 		 412 aa  187  3e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1127  type II secretion system protein  31.34 
 
 		 411 aa  187  3e-46  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.580874  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4589  general secretion pathway protein F  27.67 
 
 		 413 aa  187  4e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4732  general secretion pathway protein F  29.56 
 
 		 407 aa  187  4e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0181431  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2412  type II secretion system protein  28.93 
 
 		 405 aa  187  4e-46  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0424  type II secretion system protein  29.25 
 
 		 421 aa  186  4e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000440885 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3072  general secretion pathway protein F  29.14 
 
 		 405 aa  186  4e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000734436 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0010  general secretion pathway protein F  29.14 
 
 		 405 aa  187  4e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1279  general secretion pathway protein F  30.6 
 
 		 403 aa  186  4e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0079  general secretion pathway protein F  29.14 
 
 		 405 aa  187  4e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0060  general secretion pathway protein F  29.14 
 
 		 405 aa  187  4e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.211909  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3401  general secretion pathway protein F  31.11 
 
 		 403 aa  186  5e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.54461 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0412  type II secretion system protein  28.36 
 
 		 422 aa  186  6e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2108  fimbrial assembly protein  29 
 
 		 463 aa  186  7e-46  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3938  general secretion pathway protein F  28.64 
 
 		 405 aa  186  7e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.147565 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3173  general secretion pathway protein F  30.05 
 
 		 403 aa  186  8e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.131882  normal  0.0228377 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0146  general secretion pathway protein F  28.4 
 
 		 407 aa  186  8e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2030  type II secretion system protein  29 
 
 		 463 aa  186  9e-46  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.419764  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2560  type II secretion system protein  29.1 
 
 		 403 aa  185  1.0000000000000001e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2136  Type II secretion system F domain protein  28.04 
 
 		 408 aa  185  1.0000000000000001e-45  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.909569  normal  0.255057 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2569  type II secretion system protein F  29.85 
 
 		 401 aa  185  1.0000000000000001e-45  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1300  type II secretion system protein  27.74 
 
 		 405 aa  185  1.0000000000000001e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0254672 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2858  general secretion pathway protein F  30.54 
 
 		 408 aa  185  2.0000000000000003e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2512  type II secretion system protein  27.43 
 
 		 405 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0158  general secretion pathway protein F  27.9 
 
 		 407 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0153  general secretion pathway protein F  27.9 
 
 		 407 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0658  type II secretion system protein  29.72 
 
 		 417 aa  184  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3054  general secretion pathway protein F  30.62 
 
 		 403 aa  184  3e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0624  type II secretion system protein  29.46 
 
 		 417 aa  184  3e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3424  type II secretion system protein  28.71 
 
 		 421 aa  184  3e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.760778  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0458  MSHA biogenesis protein MshG  28.03 
 
 		 406 aa  184  3e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.954592  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0415  type IV pilus biogenesis protein PilC  28 
 
 		 423 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3242  general secretion pathway protein F  28.64 
 
 		 405 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.458785 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0050  general secretion pathway protein F  28.64 
 
 		 405 aa  183  5.0000000000000004e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.899692  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0311  type II secretion system protein F  26 
 
 		 406 aa  183  6e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0393  type II secretion system protein  28.54 
 
 		 405 aa  183  6e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.510231  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55430  putative type II secretion system protein  30.1 
 
 		 404 aa  182  6e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000716105  normal  0.0429131 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4356  general secretion pathway protein F  28.43 
 
 		 407 aa  182  7e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2175  type II secretion system protein  26.91 
 
 		 410 aa  182  7e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.357882  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0658  type II secretion system protein  29.2 
 
 		 417 aa  182  7e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>