More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_3173 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_3173  general secretion pathway protein F  100 
 
 
403 aa  800    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.131882  normal  0.0228377 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55430  putative type II secretion system protein  80.2 
 
 
404 aa  619  1e-176  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000716105  normal  0.0429131 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4823  putative type II secretion system protein  79.95 
 
 
404 aa  614  1e-175  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0274243  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2209  general secretion pathway protein F  64.6 
 
 
399 aa  508  1e-143  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.616736  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3401  general secretion pathway protein F  55.58 
 
 
403 aa  405  1.0000000000000001e-112  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.54461 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3054  general secretion pathway protein F  55.83 
 
 
403 aa  407  1.0000000000000001e-112  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3116  general secretory pathway F transmembrane protein  55.83 
 
 
403 aa  404  1e-111  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.205783  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3394  general secretion pathway protein F  53.09 
 
 
405 aa  395  1e-109  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.955056  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3231  general secretion pathway protein F  54.57 
 
 
405 aa  394  1e-108  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0101612  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0079  general secretion pathway protein F  51.6 
 
 
405 aa  388  1e-107  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3242  general secretion pathway protein F  51.36 
 
 
405 aa  388  1e-107  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.458785 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0010  general secretion pathway protein F  51.6 
 
 
405 aa  388  1e-107  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0060  general secretion pathway protein F  51.6 
 
 
405 aa  388  1e-107  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.211909  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3516  general secretion pathway protein F  51.97 
 
 
405 aa  387  1e-106  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.632046  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0009  general secretion pathway protein F  51.97 
 
 
405 aa  387  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2784  general secretion pathway protein F  51.97 
 
 
405 aa  387  1e-106  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2664  general secretion pathway protein F  51.97 
 
 
405 aa  387  1e-106  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0009  general secretion pathway protein F  51.97 
 
 
405 aa  387  1e-106  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0222  general secretion pathway protein F  51.97 
 
 
405 aa  387  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0009  general secretion pathway protein F  51.97 
 
 
405 aa  387  1e-106  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1888  general secretion pathway protein F  51.97 
 
 
405 aa  387  1e-106  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.266018  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4499  putative general secretory pathway protein F  51.72 
 
 
405 aa  387  1e-106  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.151931 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0060  general secretion pathway protein F  51.11 
 
 
405 aa  386  1e-106  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3938  general secretion pathway protein F  51.48 
 
 
405 aa  387  1e-106  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.147565 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0050  general secretion pathway protein F  51.11 
 
 
405 aa  386  1e-106  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.899692  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3072  general secretion pathway protein F  50.86 
 
 
405 aa  382  1e-105  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000734436 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0061  general secretion pathway protein F  50.37 
 
 
405 aa  380  1e-104  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1071  general secretion pathway protein F  50.99 
 
 
405 aa  369  1e-101  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.545064 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3429  general secretion pathway protein F  48.15 
 
 
405 aa  343  2.9999999999999997e-93  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000239637 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5703  general secretion pathway protein F  46.57 
 
 
408 aa  330  3e-89  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0555477  normal  0.0587373 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1350  general secretion pathway protein F  44.31 
 
 
403 aa  328  1.0000000000000001e-88  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.534213  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1331  general secretion pathway protein F  46.49 
 
 
410 aa  327  2.0000000000000001e-88  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.466659  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3138  general secretory pathway protein F  46.78 
 
 
404 aa  322  7e-87  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000899303 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1071  general secretion pathway protein F  45.74 
 
 
411 aa  320  1.9999999999999998e-86  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.299024  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4732  general secretion pathway protein F  43.1 
 
 
407 aa  316  5e-85  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0181431  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24010  general secretion pathway protein F  45.05 
 
 
405 aa  315  9e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0107  general secretion pathway protein F  42.05 
 
 
410 aa  315  9.999999999999999e-85  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0642  general secretion pathway protein F  45.48 
 
 
409 aa  314  1.9999999999999998e-84  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.662272  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0663  general secretion pathway protein F  45.48 
 
 
409 aa  314  1.9999999999999998e-84  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.7077 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2031  general secretion pathway protein F  44.8 
 
 
405 aa  311  9e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0099  general secretion pathway protein F  41.73 
 
 
396 aa  311  1e-83  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4356  general secretion pathway protein F  42.61 
 
 
407 aa  311  1e-83  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3617  general secretion pathway protein F  42.61 
 
 
406 aa  311  2e-83  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0544  general secretion pathway protein F  43.55 
 
 
411 aa  309  5e-83  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1301  general secretion pathway protein F  43.35 
 
 
408 aa  308  8e-83  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0123  general secretion pathway protein F  42.65 
 
 
407 aa  308  9e-83  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2858  general secretion pathway protein F  44.09 
 
 
408 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0146  general secretion pathway protein F  41.13 
 
 
407 aa  305  1.0000000000000001e-81  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0233  general secretion pathway protein F  41.09 
 
 
406 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4589  general secretion pathway protein F  38.46 
 
 
413 aa  300  2e-80  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0151  general secretion pathway protein F  40.64 
 
 
407 aa  300  2e-80  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0155  general secretion pathway protein F  40.64 
 
 
407 aa  300  2e-80  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0155  general secretion pathway protein F  40.64 
 
 
407 aa  300  2e-80  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0573694 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4204  general secretion pathway protein F  40.64 
 
 
407 aa  300  2e-80  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3565  general secretion pathway protein F  40.64 
 
 
407 aa  299  5e-80  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0754  general secretion pathway protein F  42.96 
 
 
412 aa  298  1e-79  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0769832 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00603  general secretion pathway protein F  39.6 
 
 
406 aa  298  2e-79  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0143  general secretion pathway protein F  43.87 
 
 
407 aa  296  6e-79  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2392  general secretion pathway protein F  43.63 
 
 
404 aa  295  7e-79  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000517266 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1414  general secretion pathway protein F  44.23 
 
 
408 aa  295  9e-79  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2922  general secretion pathway protein F  39.6 
 
 
405 aa  292  6e-78  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0005  general secretion pathway protein F  40.89 
 
 
407 aa  291  1e-77  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.138499 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0168  general secretion pathway protein F  41.87 
 
 
407 aa  290  2e-77  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1472  general secretion pathway protein F  42.36 
 
 
408 aa  291  2e-77  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.655662  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03958  general secretion pathway protein F  41.63 
 
 
408 aa  289  5.0000000000000004e-77  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0153  general secretion pathway protein F  41.13 
 
 
407 aa  289  6e-77  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001890  general secretion pathway protein F  40.2 
 
 
405 aa  289  7e-77  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1414  general secretion pathway protein F  42.57 
 
 
405 aa  288  8e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0648646  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0158  general secretion pathway protein F  40.64 
 
 
407 aa  288  9e-77  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0153  general secretion pathway protein F  40.64 
 
 
407 aa  288  9e-77  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3974  general secretion pathway protein F  43.31 
 
 
411 aa  288  1e-76  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1631  general secretion pathway protein F  45.28 
 
 
412 aa  288  2e-76  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0227  general secretion pathway protein F  42.3 
 
 
404 aa  288  2e-76  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2304  general secretion pathway protein F  40.25 
 
 
406 aa  285  8e-76  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1904  general secretion pathway protein F  43.56 
 
 
401 aa  285  1.0000000000000001e-75  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2371  general secretion pathway protein F  42.44 
 
 
410 aa  281  1e-74  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.371859  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0171  general secretion pathway protein F  40.89 
 
 
407 aa  281  1e-74  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1314  type II secretory pathway protein LspF  38.31 
 
 
399 aa  279  5e-74  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1317  type II secretory pathway protein LspF  38.31 
 
 
399 aa  279  7e-74  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2924  general secretion pathway protein F  44.31 
 
 
405 aa  276  5e-73  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.646431  normal  0.200315 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2531  general secretion pathway protein F  45.61 
 
 
410 aa  269  8e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.356657  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3425  general secretion pathway protein F  37.5 
 
 
407 aa  267  2e-70  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3410  general secretion pathway protein GspF  38.05 
 
 
407 aa  267  2.9999999999999995e-70  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3245  general secretion pathway protein GspF  37.99 
 
 
407 aa  266  5.999999999999999e-70  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.750263 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02836  hypothetical type II secretion protein GspF  37.75 
 
 
407 aa  265  8e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000156909  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02786  hypothetical protein  37.75 
 
 
407 aa  265  8e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000209561  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3136  general secretion pathway protein F  37.5 
 
 
407 aa  265  1e-69  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4249  general secretion pathway protein F  35.64 
 
 
403 aa  251  2e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0204352 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3578  TonB-dependent siderophore receptor  39.18 
 
 
411 aa  249  4e-65  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.477901 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0252  general secretion pathway protein F  33.98 
 
 
404 aa  246  4e-64  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0684  general secretion pathway protein F  38.88 
 
 
409 aa  244  9.999999999999999e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1279  general secretion pathway protein F  37.13 
 
 
403 aa  242  1e-62  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0728  general secretion pathway protein F  37.77 
 
 
409 aa  241  2e-62  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.164597  normal  0.206561 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1045  general secretion pathway protein F  39.51 
 
 
400 aa  239  5e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0718  general secretion pathway protein F  38.63 
 
 
409 aa  239  5.999999999999999e-62  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0719  general secretion pathway protein F  38.63 
 
 
409 aa  239  5.999999999999999e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.975907  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4178  general secretion pathway protein F  38.92 
 
 
400 aa  238  2e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.363514  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0327  general secretion pathway protein F  36.61 
 
 
403 aa  237  3e-61  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0256  general secretion pathway protein F  40.3 
 
 
400 aa  237  3e-61  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.726784 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03178  general secretory pathway component, cryptic  34.81 
 
 
398 aa  236  5.0000000000000005e-61  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>