More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_2728 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009901  Spea_2728  pseudouridine synthase  100 
 
 
305 aa  640    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0787  pseudouridine synthase  70.5 
 
 
281 aa  424  1e-117  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3153  pseudouridine synthase  65.72 
 
 
283 aa  387  1e-106  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.79077  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1515  pseudouridine synthase  67.02 
 
 
282 aa  365  1e-100  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2547  pseudouridine synthase  61.54 
 
 
287 aa  356  2.9999999999999997e-97  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3679  RNA pseudouridine synthase family protein  46.49 
 
 
318 aa  245  6e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1708  pseudouridine synthase  43.15 
 
 
300 aa  234  2.0000000000000002e-60  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.104417  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1686  pseudouridine synthase  41.92 
 
 
267 aa  217  2e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.48867  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0958  pseudouridine synthase  37.01 
 
 
281 aa  181  1e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_12586  predicted protein  32.75 
 
 
216 aa  96.3  5e-19  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1580  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.09 
 
 
308 aa  96.7  5e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0928054  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6830  pseudouridine synthase, RluA family  28.04 
 
 
303 aa  93.6  3e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2414  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  25.69 
 
 
290 aa  92.4  7e-18  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  25.54 
 
 
300 aa  92  1e-17  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1581  pseudouridine synthase, RluA family  28.67 
 
 
308 aa  90.9  2e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0791  pseudouridine synthase  34.18 
 
 
204 aa  89.7  5e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00896147  normal  0.0723816 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0824  RluA family pseudouridine synthase  30.72 
 
 
317 aa  89.7  6e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  26.47 
 
 
300 aa  89  1e-16  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0318  RluA  27.99 
 
 
299 aa  88.6  1e-16  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.264747  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1196  pseudouridine synthase, RluA family  27.65 
 
 
307 aa  88.2  1e-16  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3940  pseudouridine synthase  27.88 
 
 
232 aa  87.4  2e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  25.45 
 
 
307 aa  87  3e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1014  RluA family pseudouridine synthase  26.64 
 
 
307 aa  87.4  3e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22700  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.9 
 
 
311 aa  87  4e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.17143 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2401  pseudouridine synthase, RluA family  28.24 
 
 
309 aa  86.7  4e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.556381 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  27.41 
 
 
302 aa  86.7  4e-16  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1191  pseudouridine synthase  28.25 
 
 
242 aa  86.7  4e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.8752  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1084  pseudouridine synthase, RluA family  27.05 
 
 
313 aa  87  4e-16  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0583  pseudouridine synthase, RluA family  39.68 
 
 
305 aa  86.7  5e-16  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1420  pseudouridine synthase, RluA family  29.11 
 
 
310 aa  86.3  5e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.276517 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  26.06 
 
 
301 aa  86.3  6e-16  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1115  pseudouridine synthase, RluA family  27.57 
 
 
321 aa  86.3  6e-16  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.494763 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3169  pseudouridylate synthase  28.07 
 
 
278 aa  85.9  7e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1933  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  26.18 
 
 
222 aa  85.9  8e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.640885  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1184  ribosomal large subunit pseudouridylate synthase D  25.45 
 
 
307 aa  85.5  9e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1802  RluA family pseudouridine synthase  32.68 
 
 
304 aa  85.1  0.000000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1600  pseudouridine synthase, RluA family  28.5 
 
 
525 aa  85.5  0.000000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.220651  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1446  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  25.09 
 
 
307 aa  85.5  0.000000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2087  RluA family pseudouridine synthase  24.3 
 
 
330 aa  85.5  0.000000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1405  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  23.81 
 
 
307 aa  84.3  0.000000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.899251  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  25.68 
 
 
296 aa  84.7  0.000000000000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1736  pseudouridine synthase  25.65 
 
 
222 aa  84.3  0.000000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.175202  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2989  pseudouridine synthase  33.33 
 
 
548 aa  84.3  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13500  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  26.06 
 
 
320 aa  84.7  0.000000000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1572  RluA family pseudouridine synthase  27.63 
 
 
420 aa  84.3  0.000000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00305296  hitchhiker  0.00710721 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1276  pseudouridine synthase  26.17 
 
 
233 aa  84.7  0.000000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.220673  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1096  pseudouridylate synthase  27.54 
 
 
232 aa  84.7  0.000000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5735  pseudouridine synthase, RluA family  28.9 
 
 
312 aa  84.7  0.000000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1032  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  26.55 
 
 
314 aa  84.7  0.000000000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.55205  normal  0.0222288 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2175  pseudouridylate synthase  23.94 
 
 
330 aa  84  0.000000000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0919  RluA family pseudouridine synthase  28.7 
 
 
293 aa  84  0.000000000000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.976861  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3831  pseudouridylate synthase  29.81 
 
 
218 aa  84  0.000000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0536  RNA pseudouridine synthase family protein  30.62 
 
 
567 aa  83.6  0.000000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1206  RNA pseudouridylate synthase  24.73 
 
 
307 aa  83.6  0.000000000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.575901  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1382  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  24.73 
 
 
307 aa  83.6  0.000000000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.53631 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4154  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  30.38 
 
 
218 aa  83.2  0.000000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229307  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02735  hypothetical protein  25.78 
 
 
283 aa  83.6  0.000000000000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.469687  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1304  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  24.73 
 
 
307 aa  83.6  0.000000000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1630  pseudouridylate synthase  27.44 
 
 
223 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.427552  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4520  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  27.78 
 
 
227 aa  83.2  0.000000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1208  RluA family pseudouridine synthase  25.09 
 
 
307 aa  83.2  0.000000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0107  pseudouridine synthase, RluA family  25.17 
 
 
304 aa  82.8  0.000000000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1014  pseudouridine synthase  27.11 
 
 
229 aa  82.4  0.000000000000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10900  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.96 
 
 
308 aa  82.4  0.000000000000009  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.295076  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2883  RluA family pseudouridine synthase  26.76 
 
 
309 aa  82  0.00000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.464437  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG2067  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.8 
 
 
294 aa  81.6  0.00000000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4000  pseudouridine synthase RluA family  27.1 
 
 
312 aa  81.6  0.00000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.782666 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  23.53 
 
 
223 aa  82  0.00000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.84 
 
 
296 aa  82  0.00000000000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3052  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.48 
 
 
312 aa  81.6  0.00000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.159413  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0100  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  29.72 
 
 
219 aa  82  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0729931  normal  0.810633 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  23.91 
 
 
310 aa  81.6  0.00000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3289  pseudouridine synthase  27.54 
 
 
285 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.629665  hitchhiker  0.00000299463 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0056  pseudouridine synthase  29.41 
 
 
302 aa  81.3  0.00000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2195  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  27.11 
 
 
213 aa  81.3  0.00000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.372254 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0105  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  29.72 
 
 
219 aa  81.6  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000472444  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0107  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  29.72 
 
 
219 aa  81.6  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000191196  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3654  pseudouridine synthase  25.23 
 
 
225 aa  81.3  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.599678  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  25.84 
 
 
321 aa  81.3  0.00000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0102  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  29.72 
 
 
219 aa  81.6  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.108549  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0101  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  29.72 
 
 
219 aa  81.3  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00188355  normal  0.0335495 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1675  pseudouridine synthase  32.32 
 
 
234 aa  80.5  0.00000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.09 
 
 
320 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.587851  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2627  pseudouridine synthase, RluA family  26.91 
 
 
308 aa  80.5  0.00000000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.981062  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03700  pseudouridylate synthase for 23S rRNA (position 746) and tRNAphe(position 32), dual specificity  29.63 
 
 
238 aa  80.5  0.00000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1840  RluA family pseudouridine synthase  26.44 
 
 
304 aa  80.5  0.00000000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.37 
 
 
304 aa  80.5  0.00000000000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0570  putative RNA pseudouridylate synthase  28.78 
 
 
561 aa  80.1  0.00000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0345  pseudouridine synthase  25.45 
 
 
226 aa  80.1  0.00000000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1110  RluA family pseudouridine synthase  24.43 
 
 
297 aa  80.1  0.00000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3427  RluA family pseudouridine synthase  27.01 
 
 
314 aa  80.1  0.00000000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0544491 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0207  pseudouridine synthase, RluA family  24.55 
 
 
302 aa  80.1  0.00000000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.604096  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0726  pseudouridine synthase, RluD  27.09 
 
 
320 aa  79.7  0.00000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1453  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  25.22 
 
 
285 aa  79.7  0.00000000000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0984  pseudouridine synthase, RluA family  27.21 
 
 
320 aa  79.7  0.00000000000006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0148654  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2869  pseudouridine synthase, RluA family  28.19 
 
 
308 aa  79.7  0.00000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00082597  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  28.11 
 
 
324 aa  79.7  0.00000000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1121  pseudouridine synthetase  22.71 
 
 
297 aa  79.3  0.00000000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1214  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  22.71 
 
 
297 aa  79.3  0.00000000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  26.15 
 
 
305 aa  79.3  0.00000000000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>