More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CA2559_02735 on replicon NC_014230
Organism: Croceibacter atlanticus HTCC2559



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014230  CA2559_02735  hypothetical protein  100 
 
 
283 aa  573  1.0000000000000001e-163  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.469687  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02131  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  34.41 
 
 
319 aa  145  6e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02111  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  34.05 
 
 
319 aa  144  2e-33  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.496147  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  33.21 
 
 
300 aa  144  2e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  32.59 
 
 
305 aa  143  3e-33  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.43 
 
 
296 aa  142  7e-33  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0195  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  33.69 
 
 
319 aa  141  9.999999999999999e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0799995  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  34.64 
 
 
311 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  33.69 
 
 
305 aa  139  3.9999999999999997e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  34.88 
 
 
305 aa  139  4.999999999999999e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  34.88 
 
 
305 aa  139  4.999999999999999e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  30.29 
 
 
309 aa  139  7.999999999999999e-32  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  34.3 
 
 
311 aa  137  1e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  31.25 
 
 
329 aa  138  1e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.63 
 
 
305 aa  137  2e-31  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.25 
 
 
296 aa  137  2e-31  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.09 
 
 
303 aa  135  6.0000000000000005e-31  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  30.6 
 
 
324 aa  135  9e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.77 
 
 
303 aa  134  9.999999999999999e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1353  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.45 
 
 
403 aa  134  9.999999999999999e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.270637  normal  0.743014 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  34.42 
 
 
305 aa  134  9.999999999999999e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02221  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  32.01 
 
 
320 aa  134  1.9999999999999998e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.135305  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0778  pseudouridine synthase, RluA family  32.16 
 
 
318 aa  132  9e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2141  pseudouridine synthase, RluD  30.96 
 
 
339 aa  131  1.0000000000000001e-29  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1344  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.76 
 
 
403 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  34.17 
 
 
306 aa  130  2.0000000000000002e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02691  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  31.64 
 
 
326 aa  130  3e-29  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.88343  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0749  pseudouridine synthase, RluA family  32.16 
 
 
318 aa  130  3e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  31.9 
 
 
304 aa  130  3e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  29.79 
 
 
314 aa  129  4.0000000000000003e-29  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1560  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  31.18 
 
 
326 aa  130  4.0000000000000003e-29  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1413  pseudouridine synthase, RluA family  37.73 
 
 
293 aa  129  5.0000000000000004e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0119542  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  31.07 
 
 
313 aa  129  7.000000000000001e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  33.81 
 
 
306 aa  129  7.000000000000001e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  31.02 
 
 
306 aa  129  8.000000000000001e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  29.75 
 
 
313 aa  128  9.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_02111  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  30.94 
 
 
327 aa  127  2.0000000000000002e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  32.36 
 
 
303 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1572  RluA family pseudouridine synthase  30.06 
 
 
420 aa  127  2.0000000000000002e-28  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00305296  hitchhiker  0.00710721 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04873  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.28 
 
 
333 aa  127  3e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  30.28 
 
 
315 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.35 
 
 
312 aa  126  5e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  32.13 
 
 
310 aa  125  7e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4547  RluA family pseudouridine synthase  29.66 
 
 
352 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0663  RluA family pseudouridine synthase  29.66 
 
 
352 aa  125  9e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.241862  normal  0.120069 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2409  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.99 
 
 
349 aa  124  1e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  30.18 
 
 
326 aa  125  1e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.82 
 
 
333 aa  125  1e-27  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27270  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.74 
 
 
308 aa  124  1e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.42777  normal  0.302751 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  28.85 
 
 
331 aa  125  1e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0669  RluA family pseudouridine synthase  29.66 
 
 
352 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  28.93 
 
 
304 aa  124  2e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  33.7 
 
 
305 aa  124  2e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  31.52 
 
 
302 aa  124  2e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1072  RluA family pseudouridine synthase  28.99 
 
 
349 aa  123  3e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0863187  normal  0.714428 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  31.03 
 
 
306 aa  123  3e-27  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  29.04 
 
 
323 aa  123  3e-27  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.41 
 
 
316 aa  123  3e-27  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.97184  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1591  pseudouridine synthase, RluA family  28.37 
 
 
370 aa  122  5e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.150486  decreased coverage  0.00904495 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1919  pseudouridine synthase, RluA family  28.37 
 
 
370 aa  122  6e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.338974  normal  0.0110313 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3230  RluA family pseudouridine synthase  31.73 
 
 
320 aa  122  6e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0624  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  27.71 
 
 
354 aa  122  6e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0839  pseudouridine synthase, RluA family  30.51 
 
 
336 aa  122  6e-27  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00962928 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  29.37 
 
 
320 aa  122  7e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  32.14 
 
 
304 aa  122  7e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3657  RluA family pseudouridine synthase  29.49 
 
 
344 aa  122  8e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0134519  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3012  RluA family pseudouridine synthase  30 
 
 
311 aa  121  9.999999999999999e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.17598  normal  0.601739 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.31 
 
 
320 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.587851  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1257  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.48 
 
 
400 aa  121  9.999999999999999e-27  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.810064 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.11 
 
 
313 aa  121  9.999999999999999e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1127  pseudouridine synthase, RluD  29.49 
 
 
396 aa  121  9.999999999999999e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.965473 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2118  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.52 
 
 
337 aa  121  9.999999999999999e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.14 
 
 
304 aa  121  9.999999999999999e-27  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0288  RluA family pseudouridine synthase  28.8 
 
 
336 aa  121  9.999999999999999e-27  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3490  pseudouridine synthase, RluA family  28.62 
 
 
329 aa  121  9.999999999999999e-27  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.788611  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5183  pseudouridine synthase  30.88 
 
 
320 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.521194  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0726  pseudouridine synthase, RluD  29.31 
 
 
320 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1196  pseudouridine synthase, RluA family  34.8 
 
 
307 aa  120  1.9999999999999998e-26  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5094  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.58 
 
 
402 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.760184 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1856  RluA family pseudouridine synthase  31.34 
 
 
327 aa  120  1.9999999999999998e-26  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2235  RluA family pseudouridine synthase  30.5 
 
 
313 aa  121  1.9999999999999998e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.894524  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1817  RluA family pseudouridine synthase  29.58 
 
 
360 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.294999 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  30.23 
 
 
302 aa  120  3e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.23 
 
 
302 aa  120  3e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  30.23 
 
 
302 aa  120  3e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  30.23 
 
 
302 aa  120  3e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  30.23 
 
 
302 aa  120  3e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1481  RluA family pseudouridine synthase  29.58 
 
 
400 aa  120  3e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00249005  normal  0.0889319 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2551  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.21 
 
 
321 aa  120  3e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.682293  hitchhiker  0.00325884 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1612  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.94 
 
 
356 aa  120  3e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000933226 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6286  pseudouridine synthase, RluD  29.58 
 
 
402 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0390  RluA family pseudouridine synthase  29.51 
 
 
339 aa  120  3e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1793  RluA family pseudouridine synthase  29.58 
 
 
402 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.23 
 
 
302 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1918  pseudouridylate synthase  31.25 
 
 
331 aa  120  3.9999999999999996e-26  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.313476  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1704  RluA family pseudouridine synthase  29.58 
 
 
407 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225391  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1731  RluA family pseudouridine synthase  29.58 
 
 
405 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2510  23S rRNA pseudouridylate synthase C  29.12 
 
 
318 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000592786  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2815  23S rRNA pseudouridylate synthase C  29.02 
 
 
318 aa  119  6e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000464709  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1358  pseudouridine synthase, RluA family  28.78 
 
 
303 aa  119  6e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.364414  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>