More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5980 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5980  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 292 aa  606  9.999999999999999e-173  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.307628 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1190  LysR family transcriptional regulator  68.38 
 
 		 291 aa  422  1e-117  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2058  LysR family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 304 aa  220  1.9999999999999999e-56  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2922  transcriptional regulator, LysR family  36.3 
 
 		 312 aa  171  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.264653  normal  0.551343 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2120  LysR family regulatory protein  36.12 
 
 		 339 aa  168  8e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.246446  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0840  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 301 aa  168  8e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1856  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 299 aa  167  2e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.144419  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0483  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 299 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1967  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 299 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.166127  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0698  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 343 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.18558  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0994  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 299 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367666  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0752  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 292 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7696  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 341 aa  149  7e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.349394 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3291  LysR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 308 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3977  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 307 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.459808  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5073  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 301 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3295  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 308 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.923456  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5212  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 301 aa  143  3e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5074  transcriptional regulator, LysR family  32.67 
 
 		 304 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00820352 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0586  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 308 aa  138  1e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1252  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  31.82 
 
 		 304 aa  137  2e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.648754  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3569  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 310 aa  136  4e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.898807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2005  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 296 aa  136  5e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4485  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 308 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5010  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 306 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00400  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 304 aa  135  8e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.119408 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0164  transcriptional regulator, LysR family  31.36 
 
 		 316 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001290  transcriptional regulator LysR family protein  27.84 
 
 		 308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.913137  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6858  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 307 aa  133  3e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.1149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0027  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 316 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.302128  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4658  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  25.85 
 
 		 319 aa  131  1.0000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.868216  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2809  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 315 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226254  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  32.28 
 
 		 306 aa  131  1.0000000000000001e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0431  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 327 aa  131  1.0000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.919761 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5375  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 302 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.323066 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002638  putative transcriptional regulator LysR family  33.22 
 
 		 316 aa  130  2.0000000000000002e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0120713  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0094  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 299 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.686241  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.28 
 
 		 302 aa  130  3e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0529  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 347 aa  130  4.0000000000000003e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.438898  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0065  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 317 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.28 
 
 		 306 aa  129  6e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.69 
 
 		 303 aa  129  6e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0097  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 299 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.603539  hitchhiker  0.0000731437 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0079  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 299 aa  128  9.000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000353876 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.47 
 
 		 306 aa  128  9.000000000000001e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1453  LysR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 303 aa  127  2.0000000000000002e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.535733 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0030  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.31 
 
 		 316 aa  127  3e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3030  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 305 aa  127  3e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0262827 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 317 aa  125  6e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7408  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 330 aa  125  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.936004 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.27 
 
 		 312 aa  124  1e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5290  transcriptional regulator, LysR family  30.58 
 
 		 295 aa  125  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0902185 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4846  transcriptional regulator, LysR family  33.07 
 
 		 295 aa  124  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.067999 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0094  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 299 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000160709 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4750  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 326 aa  124  2e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3451  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  27.53 
 
 		 323 aa  124  3e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3325  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 298 aa  123  3e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.642488  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5893  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 300 aa  124  3e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.372386  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.64 
 
 		 300 aa  123  4e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1345  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 300 aa  123  4e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0410481  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3451  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 291 aa  122  7e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.353033  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04893  transcriptional regulator  27.02 
 
 		 289 aa  121  9.999999999999999e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6490  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 330 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5634  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 330 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5999  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 330 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.504175 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6153  LysR family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 330 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0157  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 305 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000802537 
 
 
-
 
NC_003296  RS00415  transcription regulator protein  28.18 
 
 		 303 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.01 
 
 		 310 aa  121  1.9999999999999998e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0891  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 299 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.867323  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0994  transcriptional regulator, LysR family  29.8 
 
 		 327 aa  120  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.414086  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1574  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 304 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0818  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 309 aa  120  1.9999999999999998e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0786272  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0176  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 305 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.175853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4430  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 298 aa  120  3e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3079  normal  0.432703 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.16 
 
 		 293 aa  120  3e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.89 
 
 		 300 aa  120  3e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.56 
 
 		 293 aa  120  3e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4620  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 303 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3743  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 303 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00613556 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.16 
 
 		 293 aa  120  3e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.16 
 
 		 293 aa  120  3e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000754  putative transcription activator  26.92 
 
 		 289 aa  119  4.9999999999999996e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000185322  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5664  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 306 aa  119  4.9999999999999996e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0318296 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3780  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 303 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.116323  decreased coverage  0.000992163 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4989  transcriptional regulator, LysR family  32.53 
 
 		 318 aa  119  7e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6398  LysR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 306 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.737732  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1431  LysR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 306 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53118  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0174  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 305 aa  118  9e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117248  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2377  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 298 aa  119  9e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.120288  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4992  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 303 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2694  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 326 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6862  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 333 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0273347  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1086  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 320 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.157723  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4215  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.87 
 
 		 322 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1339  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 312 aa  118  9.999999999999999e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2352  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 303 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1994  transcriptional regulator, LysR family  27.93 
 
 		 311 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.576839 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2717  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 308 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.624024  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.23 
 
 		 303 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>