More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1190 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1190  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 291 aa  595  1e-169  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5980  LysR family transcriptional regulator  68.38 
 
 		 292 aa  422  1e-117  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.307628 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2058  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 304 aa  214  9.999999999999999e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2922  transcriptional regulator, LysR family  36.3 
 
 		 312 aa  169  7e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.264653  normal  0.551343 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1856  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 299 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.144419  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7696  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 341 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.349394 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2120  LysR family regulatory protein  32.88 
 
 		 339 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.246446  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0840  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 301 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3977  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 307 aa  145  1e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.459808  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0698  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 343 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.18558  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3291  LysR family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 308 aa  144  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0483  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 299 aa  144  3e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0994  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 299 aa  144  3e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367666  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1967  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 299 aa  144  3e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.166127  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0752  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 292 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5375  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 302 aa  139  6e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.323066 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0431  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 327 aa  137  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.919761 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1252  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  29.17 
 
 		 304 aa  135  6.0000000000000005e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.648754  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6490  LysR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 330 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5634  LysR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 330 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5999  LysR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 330 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.504175 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5074  transcriptional regulator, LysR family  31.33 
 
 		 304 aa  132  6e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00820352 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0027  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 316 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.302128  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00400  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 304 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.119408 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0097  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 299 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.603539  hitchhiker  0.0000731437 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7408  LysR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 330 aa  130  3e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.936004 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001290  transcriptional regulator LysR family protein  30.03 
 
 		 308 aa  130  3e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.913137  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0094  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 299 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.686241  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0079  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 299 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000353876 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3325  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 298 aa  129  8.000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.642488  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4846  transcriptional regulator, LysR family  33.07 
 
 		 295 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.067999 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0994  transcriptional regulator, LysR family  31.36 
 
 		 327 aa  127  2.0000000000000002e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.414086  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0529  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 347 aa  127  2.0000000000000002e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.438898  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3295  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 308 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.923456  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5073  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 301 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0065  LysR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 317 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0030  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.77 
 
 		 316 aa  127  3e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1453  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 303 aa  127  3e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.535733 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4750  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 326 aa  127  3e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 		 312 aa  127  3e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5290  transcriptional regulator, LysR family  33.08 
 
 		 295 aa  127  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0902185 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5212  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 301 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.48 
 
 		 300 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0164  transcriptional regulator, LysR family  30.45 
 
 		 316 aa  126  5e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6153  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 330 aa  125  6e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0094  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 299 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000160709 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1005  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 307 aa  124  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.187099  normal  0.59249 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2005  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 296 aa  125  1e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2364  transcriptional regulator, LysR family  34.75 
 
 		 314 aa  124  2e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0308026 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002638  putative transcriptional regulator LysR family  32.3 
 
 		 316 aa  124  2e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0120713  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2089  LysR substrate-binding  34.75 
 
 		 314 aa  124  2e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.127405 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 318 aa  124  2e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6858  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 307 aa  124  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.1149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1345  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 300 aa  123  3e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0410481  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 317 aa  123  4e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0818  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 309 aa  123  4e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0786272  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1986  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 304 aa  121  9.999999999999999e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.412407  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00415  transcription regulator protein  29.69 
 
 		 303 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0586  LysR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 308 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3569  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 310 aa  120  3e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.898807  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4658  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  25.52 
 
 		 319 aa  120  3e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.868216  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0322  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 290 aa  120  3e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4215  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.58 
 
 		 322 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.96 
 
 		 306 aa  119  3.9999999999999996e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3030  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 305 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0262827 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0952  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 312 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.953475  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3068  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.88 
 
 		 315 aa  119  6e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4485  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 308 aa  119  6e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2352  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 303 aa  119  7e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5010  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 306 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3743  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 303 aa  118  9e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00613556 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4677  transcriptional regulator, LysR family  31.77 
 
 		 312 aa  118  9e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4620  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 303 aa  118  9e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2809  LysR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 315 aa  118  9.999999999999999e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226254  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6862  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 333 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0273347  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4992  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 303 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1086  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 320 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.157723  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2615  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 294 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.138805  normal  0.54461 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2646  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 331 aa  118  9.999999999999999e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.028717  normal  0.758946 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2377  LysR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 298 aa  117  1.9999999999999998e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.120288  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3780  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 303 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.116323  decreased coverage  0.000992163 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 317 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0983  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  32.78 
 
 		 300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3147  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 293 aa  117  3e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.72 
 
 		 314 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1674  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 295 aa  116  5e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.126025  normal  0.261555 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 311 aa  116  5e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4318  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.68 
 
 		 332 aa  115  6e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3219  transcriptional regulator, LysR family  31.16 
 
 		 325 aa  115  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3451  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  26.64 
 
 		 323 aa  115  8.999999999999998e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1637  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 295 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0994273  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4366  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 310 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5904  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 324 aa  115  1.0000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1999  transcriptional regulator, LysR family  34.04 
 
 		 312 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0119555  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2706  transcriptional regulator, LysR family  29.45 
 
 		 295 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.173124  hitchhiker  0.000000993281 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3108  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 312 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.12734  normal  0.186906 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2452  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 320 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000228881 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2522  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 320 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00304048  unclonable  0.0000288017 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1652  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 295 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.287567  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3957  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 314 aa  114  2.0000000000000002e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>