More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2005 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_2005  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
296 aa  600  1.0000000000000001e-171  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0027  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 
316 aa  161  1e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.302128  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0097  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 
299 aa  159  5e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.603539  hitchhiker  0.0000731437 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7696  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 
341 aa  157  1e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.349394 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3291  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 
308 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0094  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 
299 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.686241  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0079  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 
299 aa  149  5e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000353876 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0094  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
299 aa  149  8e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000160709 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00400  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 
304 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.119408 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3881  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
297 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0030  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.45 
 
 
316 aa  143  3e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0483  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 
299 aa  142  5e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0994  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 
299 aa  142  5e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367666  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1967  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 
299 aa  142  5e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.166127  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2922  transcriptional regulator, LysR family  32.31 
 
 
312 aa  142  6e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.264653  normal  0.551343 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0698  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 
343 aa  142  6e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.18558  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0840  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 
301 aa  142  6e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2120  LysR family regulatory protein  34.23 
 
 
339 aa  142  7e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.246446  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1856  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 
299 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.144419  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2352  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 
303 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0065  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 
317 aa  139  6e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4045  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 
304 aa  139  7.999999999999999e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4992  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 
303 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0164  transcriptional regulator, LysR family  32.32 
 
 
316 aa  138  8.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5999  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 
330 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.504175 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5634  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 
330 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6490  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 
330 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3743  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 
303 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00613556 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4620  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 
303 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5980  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 
292 aa  136  5e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.307628 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3780  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 
303 aa  136  5e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.116323  decreased coverage  0.000992163 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2058  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 
304 aa  136  5e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0431  LysR family transcriptional regulator  34.17 
 
 
327 aa  135  7.000000000000001e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.919761 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5073  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
301 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3295  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
308 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.923456  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5074  transcriptional regulator, LysR family  34.98 
 
 
304 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00820352 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001290  transcriptional regulator LysR family protein  33.46 
 
 
308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.913137  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7408  LysR family transcriptional regulator  30.46 
 
 
330 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.936004 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5212  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 
301 aa  134  3e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4485  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 
308 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.66 
 
 
304 aa  132  5e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.2 
 
 
307 aa  132  5e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0752  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
292 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1725  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 
326 aa  131  1.0000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3569  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
310 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.898807  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3030  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 
305 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0262827 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0529  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 
347 aa  130  2.0000000000000002e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.438898  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.8 
 
 
307 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0586  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 
308 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5010  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 
306 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0994  transcriptional regulator, LysR family  31.23 
 
 
327 aa  130  3e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.414086  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6153  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 
330 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  34.66 
 
 
305 aa  129  8.000000000000001e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  34.66 
 
 
305 aa  129  8.000000000000001e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.66 
 
 
305 aa  129  8.000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.66 
 
 
305 aa  129  8.000000000000001e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.66 
 
 
305 aa  129  8.000000000000001e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.66 
 
 
305 aa  129  8.000000000000001e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  34.66 
 
 
305 aa  129  8.000000000000001e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.66 
 
 
305 aa  129  8.000000000000001e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.66 
 
 
305 aa  129  8.000000000000001e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.25 
 
 
305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.25 
 
 
305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.98 
 
 
303 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.21 
 
 
305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.21 
 
 
305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.98 
 
 
303 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.98 
 
 
303 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.21 
 
 
305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.21 
 
 
305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.21 
 
 
305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.25 
 
 
305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.98 
 
 
303 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_003296  RS00415  transcription regulator protein  31.1 
 
 
303 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.12 
 
 
303 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2809  LysR family transcriptional regulator  37.98 
 
 
315 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226254  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.44 
 
 
300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.86 
 
 
308 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1692  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 
305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6858  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 
307 aa  127  3e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.1149  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 
295 aa  127  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.57 
 
 
303 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.57 
 
 
303 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.68 
 
 
305 aa  126  4.0000000000000003e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1094  LysR family transcriptional regulator  36.94 
 
 
313 aa  126  5e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1341  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 
305 aa  126  5e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.281725  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.57 
 
 
303 aa  126  5e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.57 
 
 
303 aa  126  5e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0495  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.85 
 
 
301 aa  125  6e-28  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000126497  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.47 
 
 
303 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.74 
 
 
303 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.86 
 
 
308 aa  125  9e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0891  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 
299 aa  124  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.867323  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0033  putative transcriptional regulator  34.92 
 
 
299 aa  125  1e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.195958  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2519  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 
305 aa  124  1e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.543102  hitchhiker  0.00756718 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.3 
 
 
303 aa  124  1e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.74 
 
 
303 aa  125  1e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.3 
 
 
303 aa  125  1e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1190  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 
291 aa  125  1e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5693  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
307 aa  125  1e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.45057 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>