More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_4318 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007005  Psyr_4318  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  100 
 
 		 332 aa  691    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0568  regulatory protein, LysR  48.46 
 
 		 300 aa  282  6.000000000000001e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.643445 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54130  transcriptional regulator  47.28 
 
 		 309 aa  281  8.000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5166  LysR family transcriptional regulator  48.49 
 
 		 307 aa  281  9e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.862183 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3201  LysR family transcriptional regulator  48.49 
 
 		 307 aa  281  9e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5113  LysR family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 307 aa  278  1e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4735  transcriptional regulator  47.28 
 
 		 305 aa  278  1e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0462  LysR family transcriptional regulator  48.14 
 
 		 309 aa  277  2e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.663626 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3147  LysR family transcriptional regulator  45.39 
 
 		 293 aa  260  2e-68  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2913  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 306 aa  152  8e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.268989  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3716  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 297 aa  147  2.0000000000000003e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.264158 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1431  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 306 aa  146  5e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53118  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6398  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 306 aa  146  5e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.737732  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2971  LysR family substrate binding transcriptional regulator  32.21 
 
 		 294 aa  146  6e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0698  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 320 aa  145  1e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2331  LysR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 305 aa  144  3e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0724376  normal  0.145615 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1999  transcriptional regulator, LysR family  36.05 
 
 		 312 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0119555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4195  transcriptional regulator  32.33 
 
 		 296 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.140218  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.45 
 
 		 309 aa  139  4.999999999999999e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3319  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 296 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.159195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0909  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 306 aa  137  2e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49110  transcriptional regulator  30.46 
 
 		 296 aa  138  2e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000474321 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4658  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  29.7 
 
 		 319 aa  137  3.0000000000000003e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.868216  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1680  LysR substrate-binding  35.66 
 
 		 312 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.915427  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5711  transcriptional regulator, LysR family  32.88 
 
 		 310 aa  136  6.0000000000000005e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.831574  normal  0.349345 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0383  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.42 
 
 		 320 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0325  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.79 
 
 		 320 aa  135  7.000000000000001e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0414  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.87 
 
 		 348 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0376293  normal  0.0295817 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2058  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 304 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0112  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 320 aa  134  3e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0089776 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.78 
 
 		 312 aa  134  3e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3068  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.68 
 
 		 315 aa  133  5e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0461  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.74 
 
 		 321 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3451  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  28.85 
 
 		 323 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48500  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 295 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000351287  normal  0.143961 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0097  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 299 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.603539  hitchhiker  0.0000731437 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0055  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.74 
 
 		 321 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1372  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.74 
 
 		 321 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0623  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.74 
 
 		 321 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0027  LysR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 316 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.302128  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3189  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.74 
 
 		 321 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0441  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.74 
 
 		 321 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0279  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 		 308 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.126577  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.74 
 
 		 321 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2802  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.23 
 
 		 323 aa  129  6e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2940  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.23 
 
 		 328 aa  129  6e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0094  LysR family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 299 aa  129  6e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.686241  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0079  LysR family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 299 aa  129  9.000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000353876 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0247  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 289 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0164  transcriptional regulator, LysR family  31.56 
 
 		 316 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2369  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 286 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0475001 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.07 
 
 		 306 aa  128  1.0000000000000001e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0214  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.9 
 
 		 334 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2514  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  29.9 
 
 		 315 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2890  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.77 
 
 		 329 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2900  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.77 
 
 		 329 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0187  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.29 
 
 		 320 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.163484  normal  0.742641 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6772  transcriptional regulator, LysR family  31.99 
 
 		 296 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2275  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.77 
 
 		 329 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 305 aa  127  3e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 317 aa  126  5e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0491  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.78 
 
 		 315 aa  126  5e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0094  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 299 aa  126  5e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000160709 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0030  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.56 
 
 		 316 aa  126  6e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3624  transcriptional regulator, LysR family  30.64 
 
 		 295 aa  126  6e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  31.4 
 
 		 314 aa  126  6e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3108  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 312 aa  126  6e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.12734  normal  0.186906 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0501  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.41 
 
 		 322 aa  125  7e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0370633 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4215  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.82 
 
 		 322 aa  125  7e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 308 aa  125  8.000000000000001e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1341  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 299 aa  125  9e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1672  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 331 aa  125  1e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.324341  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 311 aa  125  1e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0322  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 290 aa  125  1e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2483  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 287 aa  124  2e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4622  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 284 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.40881  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3953  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 321 aa  123  4e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.386735  normal  0.188606 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.36 
 
 		 303 aa  123  5e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.36 
 
 		 303 aa  123  5e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0181  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.65 
 
 		 320 aa  123  5e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2562  transcriptional regulator, LysR family  31.1 
 
 		 294 aa  123  5e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.36 
 
 		 303 aa  123  5e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.36 
 
 		 303 aa  123  5e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2272  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 295 aa  122  6e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.565879  normal  0.046421 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0994  transcriptional regulator, LysR family  30.36 
 
 		 327 aa  122  6e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.414086  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1426  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 306 aa  122  6e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.16714  normal  0.508277 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.68 
 
 		 308 aa  122  7e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2501  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  29.29 
 
 		 311 aa  122  8e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.987278  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0384  transcriptional regulator, LysR family protein  30.95 
 
 		 289 aa  122  8e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0985  transcriptional regulator AmpR  32.12 
 
 		 296 aa  122  8e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0288132  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01684  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.03 
 
 		 313 aa  122  9e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0572  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 311 aa  122  9e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.220776  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4712  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 297 aa  122  9e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0181499  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4188  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  29.97 
 
 		 312 aa  122  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.938307  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4025  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  29.97 
 
 		 312 aa  122  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3368  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 307 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2479  LysR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 316 aa  122  9.999999999999999e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.102884  hitchhiker  0.0063597 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0952  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 312 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.953475  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5754  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 300 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0134  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 285 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>