More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcen2424_5166 on replicon NC_008543
Organism: Burkholderia cenocepacia HI2424



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008061  Bcen_3201  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 307 aa  601  1.0000000000000001e-171  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5166  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 307 aa  601  1.0000000000000001e-171  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.862183 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5113  LysR family transcriptional regulator  99.02 
 
 		 307 aa  597  1e-170  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0462  LysR family transcriptional regulator  89.8 
 
 		 309 aa  546  1e-154  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.663626 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4318  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  48.49 
 
 		 332 aa  281  8.000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3147  LysR family transcriptional regulator  47.46 
 
 		 293 aa  269  5.9999999999999995e-71  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4735  transcriptional regulator  47.44 
 
 		 305 aa  266  5e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54130  transcriptional regulator  47.1 
 
 		 309 aa  261  8e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0568  regulatory protein, LysR  46.28 
 
 		 300 aa  255  5e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.643445 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2971  LysR family substrate binding transcriptional regulator  35.27 
 
 		 294 aa  181  9.000000000000001e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3716  LysR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 297 aa  157  3e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.264158 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0214  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.07 
 
 		 334 aa  154  1e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4215  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.67 
 
 		 322 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0501  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37 
 
 		 322 aa  153  5e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0370633 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0461  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.31 
 
 		 321 aa  150  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0441  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.31 
 
 		 321 aa  149  5e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0055  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.31 
 
 		 321 aa  149  6e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0623  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.31 
 
 		 321 aa  149  6e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.31 
 
 		 321 aa  149  6e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1372  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.31 
 
 		 321 aa  149  6e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3189  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.31 
 
 		 321 aa  149  6e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.53 
 
 		 309 aa  147  3e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2913  transcriptional regulator, LysR family  38.49 
 
 		 306 aa  147  3e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.268989  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0383  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.07 
 
 		 320 aa  143  4e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0304  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 294 aa  142  6e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002638  putative transcriptional regulator LysR family  34.32 
 
 		 316 aa  142  9e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0120713  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0669  transcriptional regulator, LysR family  42.97 
 
 		 309 aa  142  9e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2723  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 310 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0994  transcriptional regulator, LysR family  34.05 
 
 		 327 aa  141  1.9999999999999998e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.414086  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01684  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 		 313 aa  139  3.9999999999999997e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.04 
 
 		 312 aa  139  3.9999999999999997e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3319  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 296 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.159195  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 318 aa  139  7.999999999999999e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1431  LysR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 306 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53118  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6398  LysR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 306 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.737732  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0647  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 307 aa  137  3.0000000000000003e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1086  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 320 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.157723  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0414  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.69 
 
 		 348 aa  135  8e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0376293  normal  0.0295817 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0529  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 347 aa  135  9e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.438898  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2890  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.01 
 
 		 329 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2900  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.01 
 
 		 329 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4030  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 310 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2275  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.01 
 
 		 329 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0698  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 320 aa  133  3.9999999999999996e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4588  LysR family transcriptional regulator  39 
 
 		 314 aa  132  6e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.042937  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1999  transcriptional regulator, LysR family  34.93 
 
 		 312 aa  132  6e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0119555  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2802  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.35 
 
 		 323 aa  132  6e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6233  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.67 
 
 		 328 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.308755 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4773  transcriptional regulator, LysR family  32.43 
 
 		 295 aa  132  7.999999999999999e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1680  LysR substrate-binding  35.27 
 
 		 312 aa  132  7.999999999999999e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.915427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5279  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 305 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.7008 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2940  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.35 
 
 		 328 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1365  LysR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 313 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.585644  normal  0.0630209 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 308 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0325  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.45 
 
 		 320 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  35.92 
 
 		 314 aa  130  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0244  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 317 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0491  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.92 
 
 		 315 aa  129  5.0000000000000004e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 311 aa  129  6e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0403  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 305 aa  129  6e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.177749 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1341  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 299 aa  129  6e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3294  LysR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 321 aa  129  7.000000000000001e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.228779  normal  0.107887 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2331  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 305 aa  129  7.000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0724376  normal  0.145615 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3951  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 295 aa  128  9.000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1453  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 303 aa  128  1.0000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.535733 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0664  LysR family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 325 aa  127  2.0000000000000002e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.520137 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.47 
 
 		 310 aa  127  3e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1385  LysR family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 311 aa  127  3e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.765137  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0715  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 321 aa  127  3e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0058  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.67 
 
 		 297 aa  127  3e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2639  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 296 aa  127  3e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0139  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 300 aa  127  3e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.145466 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0187  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.56 
 
 		 320 aa  127  3e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.163484  normal  0.742641 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.56 
 
 		 308 aa  126  4.0000000000000003e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.78 
 
 		 304 aa  126  4.0000000000000003e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4256  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 291 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00267283 
 
 
-
 
NC_003296  RS00893  transcription regulator protein  36.13 
 
 		 304 aa  125  6e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0257134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0181  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.64 
 
 		 320 aa  125  6e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2465  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 309 aa  125  7e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000370846 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3368  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 307 aa  125  9e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3266  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 293 aa  124  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.817799 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5904  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 324 aa  124  1e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3539  LysR family substrate binding transcriptional regulator  32.54 
 
 		 284 aa  125  1e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3068  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.23 
 
 		 315 aa  125  1e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49110  transcriptional regulator  34.45 
 
 		 296 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000474321 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 		 308 aa  124  2e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.66 
 
 		 307 aa  124  2e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.72 
 
 		 306 aa  124  2e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0361  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  27.72 
 
 		 314 aa  124  2e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0134  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 285 aa  124  2e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0247  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 289 aa  123  3e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 		 299 aa  123  4e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3327  transcriptional regulator, LysR family  32.67 
 
 		 303 aa  123  4e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3624  transcriptional regulator, LysR family  31.21 
 
 		 295 aa  123  4e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3137  transcriptional regulator, LysR family  33.89 
 
 		 287 aa  123  5e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.076596  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.89 
 
 		 305 aa  122  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0431  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 327 aa  122  7e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.919761 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.89 
 
 		 305 aa  122  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.89 
 
 		 305 aa  122  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.89 
 
 		 305 aa  122  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>