More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0139 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_0139  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 300 aa  615  1e-175  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.145466 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0134  LysR family transcriptional regulator  98.25 
 
 		 285 aa  573  1.0000000000000001e-163  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4735  transcriptional regulator  36.49 
 
 		 305 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54130  transcriptional regulator  35.69 
 
 		 309 aa  143  3e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0568  regulatory protein, LysR  35.23 
 
 		 300 aa  139  7e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.643445 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2971  LysR family substrate binding transcriptional regulator  35.34 
 
 		 294 aa  136  5e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3147  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 293 aa  134  1.9999999999999998e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3716  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 297 aa  133  5e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.264158 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3201  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 307 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5166  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 307 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.862183 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0462  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 309 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.663626 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5113  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 307 aa  126  6e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4318  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.76 
 
 		 332 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3266  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 293 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.817799 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5412  LysR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 299 aa  109  7.000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6070  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 299 aa  108  9.000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.755346  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5711  transcriptional regulator, LysR family  26.48 
 
 		 310 aa  107  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.831574  normal  0.349345 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0097  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 299 aa  106  5e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.603539  hitchhiker  0.0000731437 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0065  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 317 aa  105  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3352  transcriptional regulator, LysR family  29.64 
 
 		 297 aa  104  2e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0361  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  28.81 
 
 		 314 aa  103  4e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0715  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 321 aa  102  8e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0258  transcriptional regulator, LysR family  32.54 
 
 		 298 aa  100  3e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.535692 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3108  LysR family transcriptional regulator  48.78 
 
 		 312 aa  99.8  5e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.12734  normal  0.186906 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1680  LysR substrate-binding  33.45 
 
 		 312 aa  99.4  7e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.915427  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0079  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 299 aa  99  1e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000353876 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1542  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 296 aa  98.6  1e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.222997  normal  0.870899 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0698  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 320 aa  98.2  2e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0094  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 299 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000160709 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3394  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  38.27 
 
 		 309 aa  96.7  4e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.946533  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0094  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 299 aa  96.7  4e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.686241  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1999  transcriptional regulator, LysR family  33.72 
 
 		 312 aa  97.1  4e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0119555  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2089  LysR substrate-binding  31.46 
 
 		 314 aa  96.3  5e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.127405 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3539  LysR family substrate binding transcriptional regulator  30.28 
 
 		 284 aa  96.7  5e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0244  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 317 aa  96.3  6e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2364  transcriptional regulator, LysR family  31.46 
 
 		 314 aa  96.3  6e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0308026 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0431  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 327 aa  95.9  7e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.919761 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5486  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 313 aa  94.4  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.272052  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0447  transcriptional regulator, LysR family  31.34 
 
 		 311 aa  94  2e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0027  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 316 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.302128  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002638  putative transcriptional regulator LysR family  29.55 
 
 		 316 aa  93.6  3e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0120713  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 317 aa  93.6  4e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3000  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 298 aa  93.6  4e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1774  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 314 aa  93.2  4e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.605757  normal  0.648056 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2761  transcription regulator protein  30.8 
 
 		 308 aa  93.2  5e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.21868  normal  0.56038 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2514  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  38.16 
 
 		 315 aa  92  1e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02274  DNA-binding transcriptional dual regulator  37.5 
 
 		 311 aa  91.3  2e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1293  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 311 aa  91.3  2e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4658  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  36.55 
 
 		 319 aa  90.9  2e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.868216  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2809  LysR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 315 aa  91.3  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2501  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  37.5 
 
 		 311 aa  91.3  2e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.987278  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02235  hypothetical protein  37.5 
 
 		 311 aa  91.3  2e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 308 aa  90.9  2e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1305  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  37.5 
 
 		 311 aa  91.3  2e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.334455  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1231  transcriptional regulator, LysR family  27.2 
 
 		 304 aa  90.5  3e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0538155  normal  0.588192 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0030  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.64 
 
 		 316 aa  89.7  5e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4025  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  37.75 
 
 		 312 aa  89.7  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4130  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  37.75 
 
 		 307 aa  89.7  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.10241  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4188  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  37.75 
 
 		 312 aa  89.7  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.938307  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00400  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 304 aa  89.7  5e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.119408 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4080  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  37.75 
 
 		 307 aa  90.1  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3359  LysR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 296 aa  89.7  6e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0501  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.52 
 
 		 322 aa  89.4  7e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0370633 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0322  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 290 aa  89.4  7e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3540  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 310 aa  89.4  8e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1453  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 303 aa  88.6  1e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.535733 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4215  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.32 
 
 		 322 aa  88.6  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1122  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 311 aa  88.2  1e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0112  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 320 aa  87.8  2e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0089776 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2465  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 309 aa  87.8  2e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000370846 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1277  LysR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 312 aa  88.2  2e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0214  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.97 
 
 		 334 aa  87.4  3e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2193  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 313 aa  87  4e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.446437  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  30.93 
 
 		 314 aa  87  4e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6858  LysR family transcriptional regulator  28.2 
 
 		 307 aa  87  4e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.1149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3451  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  35.67 
 
 		 323 aa  87  4e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0256  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 308 aa  87  4e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0933  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 293 aa  87  4e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3637  transcriptional regulator, LysR family  27.72 
 
 		 299 aa  86.7  4e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.360851 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1903  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 292 aa  87  4e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.180866 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4009  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  37.09 
 
 		 312 aa  86.7  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0998  LysR family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 290 aa  86.7  5e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.927457 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  28.04 
 
 		 299 aa  86.7  5e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1466  LysR family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 305 aa  86.7  5e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.226642 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3748  LysR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 293 aa  86.3  6e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.970136  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1845  LysR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 292 aa  85.9  7e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00465511 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5146  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 297 aa  85.9  8e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.981039 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6137  transcriptional regulator, LysR family  28.95 
 
 		 296 aa  85.9  8e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.955342  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5904  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 324 aa  85.9  8e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5901  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 313 aa  85.9  8e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00437173  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2176  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 313 aa  85.9  8e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0722015  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1785  LysR family transcriptional regulator  39.01 
 
 		 307 aa  85.9  8e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0164  transcriptional regulator, LysR family  29.7 
 
 		 316 aa  85.5  9e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2615  LysR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 294 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.138805  normal  0.54461 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6771  transcriptional regulator, LysR family  28.11 
 
 		 301 aa  85.5  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.793683  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3451  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 291 aa  85.1  0.000000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.353033  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  34.01 
 
 		 307 aa  85.1  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0983  LysR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 300 aa  85.1  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288934  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2291  LysR family transcriptional regulator  25.78 
 
 		 301 aa  85.5  0.000000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.83222 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2858  LysR family transcriptional regulator  41.53 
 
 		 313 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.648551  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>