More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2369 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_2369  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 286 aa  581  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0475001 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2483  LysR family transcriptional regulator  74.56 
 
 		 287 aa  451  1.0000000000000001e-126  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4622  LysR family transcriptional regulator  75 
 
 		 284 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.40881  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48500  putative transcriptional regulator  73.84 
 
 		 295 aa  436  1e-121  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000351287  normal  0.143961 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2562  transcriptional regulator, LysR family  69.26 
 
 		 294 aa  413  1e-114  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 311 aa  156  3e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1341  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 299 aa  154  2e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 		 303 aa  152  7e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7696  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 341 aa  151  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.349394 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  32.99 
 
 		 305 aa  150  2e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 305 aa  150  2e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.99 
 
 		 305 aa  150  2e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6398  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 306 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.737732  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.79 
 
 		 305 aa  150  2e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.99 
 
 		 305 aa  150  2e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.99 
 
 		 305 aa  150  2e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.99 
 
 		 305 aa  150  2e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  32.99 
 
 		 305 aa  150  2e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.79 
 
 		 305 aa  150  2e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1431  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 306 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53118  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.99 
 
 		 305 aa  150  2e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.79 
 
 		 305 aa  150  2e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.99 
 
 		 305 aa  150  2e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.87 
 
 		 303 aa  150  2e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.87 
 
 		 303 aa  150  3e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 		 303 aa  149  4e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.53 
 
 		 304 aa  149  5e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 311 aa  149  6e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.99 
 
 		 305 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.99 
 
 		 305 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.99 
 
 		 305 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.99 
 
 		 305 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 317 aa  148  1.0000000000000001e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.99 
 
 		 305 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2479  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 316 aa  147  2.0000000000000003e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.102884  hitchhiker  0.0063597 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.1 
 
 		 308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54130  transcriptional regulator  37.15 
 
 		 309 aa  146  3e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.1 
 
 		 307 aa  146  3e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.67 
 
 		 306 aa  147  3e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.18 
 
 		 303 aa  145  5e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.18 
 
 		 303 aa  145  5e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.18 
 
 		 303 aa  145  5e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.18 
 
 		 303 aa  145  5e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.1 
 
 		 305 aa  145  7.0000000000000006e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0381  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 327 aa  145  7.0000000000000006e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.54152  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.1 
 
 		 307 aa  145  8.000000000000001e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2674  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 310 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.910839 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.18 
 
 		 303 aa  145  9e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.18 
 
 		 303 aa  144  1e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.07 
 
 		 308 aa  144  1e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.18 
 
 		 303 aa  144  1e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.18 
 
 		 303 aa  144  1e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6448  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 318 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0295  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 294 aa  144  2e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.18 
 
 		 303 aa  144  2e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5583  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 321 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5947  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 321 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.287273 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4735  transcriptional regulator  35.69 
 
 		 305 aa  143  4e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3066  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 296 aa  143  4e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.249094  hitchhiker  0.00377983 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  32.76 
 
 		 314 aa  142  4e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1584  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 295 aa  142  5e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.534905  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.5 
 
 		 309 aa  142  5e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.54 
 
 		 306 aa  142  7e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.53 
 
 		 303 aa  142  7e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.53 
 
 		 303 aa  142  8e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 311 aa  142  8e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4553  hypothetical protein  35.07 
 
 		 302 aa  142  9e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0383  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 		 320 aa  142  9e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2267  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 302 aa  142  9e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000460407  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1680  LysR substrate-binding  35.02 
 
 		 312 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.915427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0222  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 291 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.108067 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0698  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 320 aa  141  9.999999999999999e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  32.54 
 
 		 306 aa  141  9.999999999999999e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.14 
 
 		 303 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6131  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 310 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002638  putative transcriptional regulator LysR family  33.1 
 
 		 316 aa  141  1.9999999999999998e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0120713  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4192  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 290 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6419  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 297 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.68 
 
 		 294 aa  140  3e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4074  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 290 aa  140  3e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.71 
 
 		 294 aa  140  3e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4104  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 290 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.6 
 
 		 294 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2946  transcriptional regulator, LysR family  34.25 
 
 		 292 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.601984 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3994  transcriptional regulator, LysR family  32.41 
 
 		 290 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1999  transcriptional regulator, LysR family  35.27 
 
 		 312 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0119555  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0325  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.72 
 
 		 320 aa  139  4.999999999999999e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.71 
 
 		 294 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1637  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 295 aa  139  6e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0994273  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2706  transcriptional regulator, LysR family  34.38 
 
 		 295 aa  139  6e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.173124  hitchhiker  0.000000993281 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0698  LysR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 305 aa  139  7e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.587126  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.45 
 
 		 321 aa  138  1e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.27 
 
 		 310 aa  138  1e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1652  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 295 aa  138  1e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.287567  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0461  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.45 
 
 		 321 aa  138  1e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3189  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.45 
 
 		 321 aa  138  1e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.91 
 
 		 293 aa  138  1e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0623  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.45 
 
 		 321 aa  138  1e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.91 
 
 		 293 aa  138  1e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1372  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.45 
 
 		 321 aa  138  1e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>