More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I1252 on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011312  VSAL_I1252  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 304 aa  628  1e-179  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.648754  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0157  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 305 aa  155  7e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000802537 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0176  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 305 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.175853  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0174  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 305 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117248  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5069  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 302 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00568872  normal  0.0350365 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001290  transcriptional regulator LysR family protein  30.8 
 
 		 308 aa  145  8.000000000000001e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.913137  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3977  LysR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 307 aa  145  1e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.459808  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0030  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.93 
 
 		 316 aa  143  4e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0079  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 299 aa  142  6e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000353876 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2352  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 303 aa  142  6e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4430  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 298 aa  142  7e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3079  normal  0.432703 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5015  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.67 
 
 		 328 aa  142  7e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46519  normal  0.168867 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5375  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 302 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.323066 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0097  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 299 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.603539  hitchhiker  0.0000731437 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3780  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 303 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.116323  decreased coverage  0.000992163 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00400  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 304 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.119408 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3743  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 303 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00613556 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4620  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 303 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5462  transcriptional regulator, LysR family  30.3 
 
 		 306 aa  140  3e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.278821  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0094  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 299 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.686241  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4256  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 291 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00267283 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4992  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 303 aa  138  1e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5980  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 292 aa  137  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.307628 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0550  putative transcriptional regulator  28.52 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.540128  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1856  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.144419  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0116  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 299 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.734759  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3569  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 310 aa  136  4e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.898807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1190  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 291 aa  135  6.0000000000000005e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0027  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 316 aa  135  9e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.302128  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0094  LysR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 299 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000160709 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05850  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 302 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0033  putative transcriptional regulator  32.09 
 
 		 299 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.195958  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2120  LysR family regulatory protein  29.45 
 
 		 339 aa  133  3e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.246446  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0840  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 301 aa  134  3e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7696  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 341 aa  134  3e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.349394 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3325  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 298 aa  133  5e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.642488  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0586  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 308 aa  132  6e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5010  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 306 aa  132  6e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4485  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 308 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0669  transcriptional regulator LysR family  31.86 
 
 		 299 aa  132  7.999999999999999e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0483  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 299 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0698  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 343 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.18558  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0994  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 299 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367666  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0065  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 317 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1967  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 299 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.166127  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3994  transcriptional regulator, LysR family  34.6 
 
 		 290 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4074  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 290 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0752  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 292 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 311 aa  130  2.0000000000000002e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_003296  RS00415  transcription regulator protein  28.18 
 
 		 303 aa  130  3e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6858  LysR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 307 aa  130  3e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.1149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 308 aa  130  3e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2058  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 304 aa  130  3e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4104  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 290 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4192  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 290 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0164  transcriptional regulator, LysR family  28.52 
 
 		 316 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5074  transcriptional regulator, LysR family  28.33 
 
 		 304 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00820352 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3697  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 290 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3295  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 308 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.923456  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.99 
 
 		 304 aa  127  2.0000000000000002e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5073  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 301 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5716  transcriptional regulator LysR family  33.22 
 
 		 299 aa  127  2.0000000000000002e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0340323  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5212  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 301 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0891  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 299 aa  127  3e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.867323  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3030  LysR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 305 aa  127  3e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0262827 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2717  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 308 aa  126  5e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.624024  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1038  transcriptional regulator, LysR family  29.87 
 
 		 302 aa  126  6e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.143731 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3881  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 297 aa  125  7e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3291  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 308 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3885  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 290 aa  125  9e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.19798 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3689  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 290 aa  125  9e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0256  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 290 aa  125  9e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24960  LysR family transcriptional regulator protein  27.42 
 
 		 304 aa  124  1e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0247  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 289 aa  124  1e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04893  transcriptional regulator  31.19 
 
 		 289 aa  125  1e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  32.34 
 
 		 305 aa  124  2e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  32.34 
 
 		 305 aa  124  2e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4107  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 298 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.41444 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.78 
 
 		 305 aa  124  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0295  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 294 aa  124  2e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1757  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 298 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0074148 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2531  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.68 
 
 		 303 aa  124  2e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.629256  normal  0.926867 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.78 
 
 		 305 aa  124  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.34 
 
 		 305 aa  124  2e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.34 
 
 		 305 aa  124  2e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3680  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 298 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.301341  hitchhiker  0.00043388 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.78 
 
 		 305 aa  124  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.78 
 
 		 305 aa  124  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.78 
 
 		 305 aa  124  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.34 
 
 		 305 aa  124  2e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.34 
 
 		 305 aa  124  2e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.34 
 
 		 305 aa  124  2e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  32.34 
 
 		 305 aa  124  2e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.34 
 
 		 305 aa  124  2e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4025  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  29.8 
 
 		 312 aa  123  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.55 
 
 		 307 aa  123  3e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1259  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 288 aa  124  3e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0031  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 299 aa  124  3e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.213809  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4413  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 300 aa  123  3e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.163519  normal  0.82352 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3693  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 296 aa  124  3e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.330059 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>