More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_000754 on replicon NC_013457
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013457  VEA_000754  putative transcription activator  100 
 
 
289 aa  596  1e-169  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000185322  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04893  transcriptional regulator  70.24 
 
 
289 aa  431  1e-120  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0844  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 
295 aa  165  6.9999999999999995e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.546579  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4299  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 
301 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.544326  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0661  transcriptional regulator AmpR, putative  34.84 
 
 
294 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.486007  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0695  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 
294 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0125106 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.9 
 
 
306 aa  161  1e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2385  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 
301 aa  161  1e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4045  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 
304 aa  156  5.0000000000000005e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4817  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 
299 aa  155  6e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.92045  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.99 
 
 
306 aa  153  2.9999999999999998e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5069  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 
302 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00568872  normal  0.0350365 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3693  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 
296 aa  153  2.9999999999999998e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.330059 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  32.64 
 
 
306 aa  152  5.9999999999999996e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.53 
 
 
306 aa  152  8.999999999999999e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 
314 aa  151  1e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0495  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.48 
 
 
301 aa  150  2e-35  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000126497  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.68 
 
 
310 aa  150  3e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 
294 aa  150  3e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.54 
 
 
303 aa  149  4e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.78 
 
 
303 aa  149  5e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.88 
 
 
294 aa  149  7e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 
303 aa  148  8e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.19 
 
 
294 aa  148  8e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 
303 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.73 
 
 
294 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.73 
 
 
294 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.73 
 
 
294 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.99 
 
 
300 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.73 
 
 
294 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 
303 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.67 
 
 
303 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0176  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 
305 aa  146  3e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.175853  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.2 
 
 
303 aa  147  3e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0157  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 
305 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000802537 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 
302 aa  146  4.0000000000000006e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 
303 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 
303 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 
303 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 
303 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 
303 aa  146  5e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 
318 aa  145  8.000000000000001e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 
303 aa  145  9e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 
303 aa  145  9e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 
303 aa  145  9e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 
293 aa  144  1e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.88 
 
 
303 aa  144  1e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 
311 aa  144  2e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5015  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.07 
 
 
328 aa  144  2e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46519  normal  0.168867 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1692  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
305 aa  144  2e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.88 
 
 
303 aa  142  5e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.41 
 
 
305 aa  142  5e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0174  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 
305 aa  142  7e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117248  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 
293 aa  142  8e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 
293 aa  142  8e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 
293 aa  142  8e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4553  hypothetical protein  33.33 
 
 
302 aa  142  8e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2267  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
302 aa  142  8e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000460407  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 
317 aa  142  9e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3473  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 
302 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.878224 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 
308 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.77 
 
 
307 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.51 
 
 
305 aa  140  3e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.96 
 
 
305 aa  140  3e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.96 
 
 
305 aa  140  3e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.96 
 
 
305 aa  140  3e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5893  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 
295 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4430  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 
298 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3079  normal  0.432703 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5010  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 
306 aa  139  6e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 
311 aa  139  6e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  32.41 
 
 
311 aa  139  7.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.65 
 
 
305 aa  138  8.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.65 
 
 
305 aa  138  8.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.65 
 
 
305 aa  138  8.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.65 
 
 
305 aa  138  8.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.65 
 
 
305 aa  138  8.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8482  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 
311 aa  137  1e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.736171  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5462  transcriptional regulator, LysR family  31.36 
 
 
306 aa  138  1e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.278821  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  32.41 
 
 
311 aa  138  1e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 
300 aa  138  1e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.99 
 
 
307 aa  137  2e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2548  LysR family transcriptional regulator  32.46 
 
 
328 aa  137  2e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4077  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 
291 aa  137  2e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0100  transcriptional regulator, LysR family  30.24 
 
 
300 aa  137  2e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.872592 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.31 
 
 
307 aa  137  2e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2151  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 
312 aa  137  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.349903  normal  0.92042 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4485  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 
308 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3569  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 
310 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.898807  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4920  transcriptional regulator, LysR family  30.14 
 
 
301 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0596  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.14 
 
 
301 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.327486 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4194  transcriptional regulator, LysR family  32.41 
 
 
302 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0402435 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0519  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 
305 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0247  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 
289 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2586  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 
305 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  31.65 
 
 
305 aa  136  4e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.65 
 
 
305 aa  136  4e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.07 
 
 
309 aa  136  4e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.65 
 
 
305 aa  136  4e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.65 
 
 
305 aa  136  4e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.65 
 
 
305 aa  136  4e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>