88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4355 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4355  polysaccharide deacetylase  100 
 
 		 251 aa  512  1e-144  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.409612  normal  0.738025 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2876  polysaccharide deacetylase  64.34 
 
 		 257 aa  327  9e-89  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0390  polysaccharide deacetylase  49.55 
 
 		 294 aa  218  1e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1686  polysaccharide deacetylase  35.53 
 
 		 255 aa  144  9e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.290278  normal  0.0457798 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0673  polysaccharide deacetylase  32.22 
 
 		 249 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.250144  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1536  polysaccharide deacetylase  40.37 
 
 		 257 aa  141  9.999999999999999e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.804262 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2794  polysaccharide deacetylase  28.51 
 
 		 597 aa  70.5  0.00000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0412434 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3117  polysaccharide deacetylase  28.22 
 
 		 387 aa  58.2  0.0000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0342085  normal  0.78437 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1683  polysaccharide deacetylase; chitooligosaccharide deacetylase  25.62 
 
 		 234 aa  57.8  0.0000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.381461  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0720  polysaccharide deacetylase, putative  32.97 
 
 		 279 aa  56.6  0.0000004  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.178637  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1842  putative polysaccharide deacetylase  26.92 
 
 		 234 aa  56.2  0.0000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3501  putative polysaccharide deacetylase  26.92 
 
 		 234 aa  55.5  0.0000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2571  polysaccharide deacetylase  26.02 
 
 		 235 aa  55.5  0.0000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1086  polysaccharide deacetylase  28.57 
 
 		 261 aa  55.5  0.0000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2522  polysaccharide deacetylase  27.97 
 
 		 237 aa  54.7  0.000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.250856  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1836  polysaccharide deacetylase  26.92 
 
 		 234 aa  55.1  0.000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1702  polysaccharide deacetylase  26.92 
 
 		 234 aa  55.1  0.000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.124227  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1880  putative polysaccharide deacetylase  26.92 
 
 		 234 aa  55.1  0.000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.725748 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1924  polysaccharide deacetylase, putative  27.43 
 
 		 234 aa  54.7  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.267114  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1658  polysaccharide deacetylase; chitooligosaccharide deacetylase  24.27 
 
 		 234 aa  54.3  0.000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1959  putative polysaccharide deacetylase  25.89 
 
 		 234 aa  53.9  0.000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.29961  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1696  polysaccharide deacetylase  32.91 
 
 		 234 aa  52  0.000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.847499  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1579  polysaccharide deacetylase  31.63 
 
 		 262 aa  52  0.00001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2795  polysaccharide deacetylase  27.41 
 
 		 600 aa  51.6  0.00001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0146758 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0823  polysaccharide deacetylase family protein  26.8 
 
 		 305 aa  50.8  0.00002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000472378  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1231  polysaccharide deacetylase  27.36 
 
 		 630 aa  51.2  0.00002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.534738  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0991  polysaccharide deacetylase family protein  27.12 
 
 		 244 aa  50.8  0.00002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2712  polysaccharide deacetylase  34.69 
 
 		 204 aa  50.1  0.00003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3452  chitin deacetylase  24.65 
 
 		 373 aa  50.1  0.00004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.203782  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7981  chitin deacetylase  31.2 
 
 		 287 aa  49.7  0.00004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.365154  normal  0.444008 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0633  polysaccharide deacetylase  33.78 
 
 		 247 aa  50.1  0.00004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.256712 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_18670  predicted xylanase/chitin deacetylase  31.97 
 
 		 289 aa  50.1  0.00004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2769  polysaccharide deacetylase  32.26 
 
 		 273 aa  49.7  0.00004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.322155 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1187  polysaccharide deacetylase  31.68 
 
 		 292 aa  49.3  0.00005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.544878  normal  0.485519 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0810  polysaccharide deacetylase family protein  26 
 
 		 305 aa  49.7  0.00005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00210366  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1551  polysaccharide deacetylase  36.19 
 
 		 243 aa  49.7  0.00005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_959  glycosyl transferase  28.03 
 
 		 479 aa  48.5  0.00009  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1829  polysaccharide deacetylase  26.28 
 
 		 300 aa  48.1  0.0001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000043926  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3023  polysaccharide deacetylase  39.74 
 
 		 1120 aa  48.5  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2127  polysaccharide deacetylase  30.97 
 
 		 256 aa  48.1  0.0001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0824  polysaccharide deacetylase family protein  26.7 
 
 		 417 aa  48.5  0.0001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00745261  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2417  polysaccharide deacetylase  34.56 
 
 		 280 aa  48.1  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.108367  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1141  glycosyl transferase/polysaccharide deacetylase family protein  31.63 
 
 		 481 aa  47.4  0.0002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.226715  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0123  polysaccharide deacetylase  31.19 
 
 		 352 aa  47.4  0.0002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0310  putative polysaccharide deacetylase  30.32 
 
 		 270 aa  46.6  0.0003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.341957 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1639  polysaccharide deacetylase domain protein  32.2 
 
 		 269 aa  47.4  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0907707  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1446  polysaccharide deacetylase  34.68 
 
 		 280 aa  46.6  0.0003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.781341  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3369  polysaccharide deacetylase  36.11 
 
 		 259 aa  47  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.792887  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1452  polysaccharide deacetylase  24.17 
 
 		 291 aa  46.2  0.0005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0924  polysaccharide deacetylase  29.2 
 
 		 173 aa  46.2  0.0005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2517  polysaccharide deacetylase  35.19 
 
 		 258 aa  46.2  0.0005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.197208  normal  0.18394 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4042  polysaccharide deacetylase  32.26 
 
 		 890 aa  45.8  0.0006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.785227 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4456  polysaccharide deacetylase  29.34 
 
 		 253 aa  45.8  0.0006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0110  polysaccharide deacetylase  27.36 
 
 		 344 aa  45.8  0.0006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000182672  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2251  polysaccharide deacetylase  25 
 
 		 291 aa  45.8  0.0007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.284926  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1541  polysaccharide deacetylase  34.68 
 
 		 280 aa  45.8  0.0007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0577624  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0643  polysaccharide deacetylase  33.33 
 
 		 425 aa  45.4  0.0008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1932  polysaccharide deacetylase  31.63 
 
 		 522 aa  45.4  0.0008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.461546  normal  0.430114 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1147  polysaccharide deacetylase  28.22 
 
 		 267 aa  45.1  0.001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00801217  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0548  glycosyl transferase family protein  30.12 
 
 		 1002 aa  44.7  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2378  polysaccharide deacetylase  28 
 
 		 265 aa  45.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.233278  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26930  glycosyl transferase  26.15 
 
 		 1099 aa  45.1  0.001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.938513 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3554  polysaccharide deacetylase  26.17 
 
 		 630 aa  45.1  0.001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0397  polysaccharide deacetylase  34.21 
 
 		 1154 aa  45.4  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.553625 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0615  polysaccharide deacetylase  22.98 
 
 		 843 aa  45.1  0.001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00286732 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2337  polysaccharide deacetylase  24.53 
 
 		 500 aa  45.1  0.001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00797389  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3879  polysaccharide deacetylase  28.81 
 
 		 289 aa  44.7  0.001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0970  polysaccharide deacetylase  32.69 
 
 		 479 aa  44.7  0.001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.064586  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1069  polysaccharide deacetylase  33.71 
 
 		 247 aa  44.3  0.002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.364826  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2705  polysaccharide deacetylase  28.72 
 
 		 242 aa  43.9  0.002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117989  normal  0.421806 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1373  polysaccharide deacetylase  33.77 
 
 		 267 aa  43.9  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00379023 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_09380  Putative uncharacterized protein [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q5AQQ0]  27.27 
 
 		 237 aa  44.7  0.002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.124183 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1621  xylanase/chitin deacetylase  28.28 
 
 		 488 aa  44.7  0.002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3747  polysaccharide deacetylase  29.73 
 
 		 245 aa  43.5  0.003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000014318  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1868  polysaccharide deacetylase  28.24 
 
 		 258 aa  43.1  0.004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3341  polysaccharide deacetylase  27.78 
 
 		 256 aa  43.5  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.732984  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1497  polysaccharide deacetylase  32 
 
 		 275 aa  42.7  0.005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.507826  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1449  polysaccharide deacetylase family sporulation protein PdaB  27.37 
 
 		 251 aa  42.7  0.005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1557  acetylxylan esterase  32 
 
 		 275 aa  42.7  0.005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.956674  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03855  polysaccharide deacetylase, putative  33.33 
 
 		 258 aa  42.7  0.006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06440  polysaccharide deacetylase  33.33 
 
 		 405 aa  42.4  0.007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.467697  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1932  polysaccharide deacetylase  30.69 
 
 		 244 aa  42.4  0.007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.656935  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2473  polysaccharide deactylase family protein, PEP-CTERM locus subfamily  32.84 
 
 		 279 aa  42  0.008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0650  polysaccharide deacetylase  36.76 
 
 		 233 aa  42  0.009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2064  polysaccharide deacetylase  31.17 
 
 		 368 aa  42  0.009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000028992  hitchhiker  0.000502846 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1591  putative polysaccharide deacetylase  32.86 
 
 		 241 aa  42  0.01  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0184011 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3642  putative polysaccharide deacetylase  32.86 
 
 		 217 aa  42  0.01  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3574  polysaccharide deacetylase  27.2 
 
 		 267 aa  42  0.01  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.845428  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>