213 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_3328 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_3328  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  100 
 
 		 717 aa  1466    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.953553  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1048  helicase domain protein  42.84 
 
 		 729 aa  583  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4880  helicase domain protein  33.43 
 
 		 713 aa  357  2.9999999999999997e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.756208 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0781  helicase-like  32.65 
 
 		 699 aa  337  5e-91  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.137503  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2029  helicase domain-containing protein  31.14 
 
 		 711 aa  295  2e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.434409  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0228  hypothetical protein  34.22 
 
 		 703 aa  234  5e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.515095  normal  0.0720823 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3383  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  27.54 
 
 		 868 aa  108  5e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.865687  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1150  DEAD/DEAH box helicase-like  25.58 
 
 		 858 aa  102  2e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.794218  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4837  putative dead/deah box helicase domain protein  24.72 
 
 		 849 aa  99  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.907663 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3112  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family protein  27.54 
 
 		 828 aa  97.8  7e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.471561 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0511  DEAD/DEAH box helicase  25.94 
 
 		 869 aa  90.5  1e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.396939  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0859  dead/deah box helicase domain protein  25.96 
 
 		 863 aa  87  0.000000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000405293 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0855  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  25.96 
 
 		 863 aa  87  0.000000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.252083  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19790  superfamily II helicase  30.71 
 
 		 852 aa  78.6  0.0000000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1245  DEAD/DEAH box helicase domain protein  22.54 
 
 		 845 aa  78.2  0.0000000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_34768  predicted protein  21.74 
 
 		 874 aa  75.5  0.000000000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0821301  normal  0.252993 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02482  DEAD/DEAH box helicase, putative (AFU_orthologue; AFUA_4G03070)  25.25 
 
 		 2015 aa  70.1  0.0000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.573711  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1670  ATP-dependent RNA helicase  24.48 
 
 		 955 aa  70.5  0.0000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1659  DEAD/DEAH box helicase domain protein  22.34 
 
 		 800 aa  69.7  0.0000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1672  superfamily II helicase-like protein  21.27 
 
 		 1165 aa  69.3  0.0000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.406776 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2508  DEAD/DEAH box helicase domain protein  23.06 
 
 		 780 aa  68.2  0.0000000006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.540661  normal  0.377809 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0800  ski2-like helicase  23.3 
 
 		 693 aa  66.6  0.000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0671  DEAD/DEAH box helicase domain protein  22.62 
 
 		 807 aa  67  0.000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.44544  normal  0.434553 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4384  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  23.37 
 
 		 1166 aa  66.6  0.000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0169007  normal  0.744052 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_33072  predicted protein  22.78 
 
 		 872 aa  65.5  0.000000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.988083  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_51353  RNA helicase-related protein required for pre-mRNA splicing  24.74 
 
 		 2111 aa  65.9  0.000000003  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0947  hypothetical protein  23.27 
 
 		 1051 aa  65.1  0.000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0339095  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0401  DEAD/DEAH box helicase domain protein  24.25 
 
 		 694 aa  65.1  0.000000004  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2426  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  21.24 
 
 		 856 aa  65.1  0.000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00467654  normal  0.444529 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05480  superfamily II RNA helicase  24.93 
 
 		 842 aa  64.3  0.000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2007  DEAD/DEAH box helicase domain protein  23.08 
 
 		 1054 aa  64.3  0.000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.66697 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2375  ATP-dependent helicase, DEAD/DEAH box family  23.08 
 
 		 1054 aa  64.3  0.000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1793  helicase-like protein  21.91 
 
 		 882 aa  64.3  0.000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0319232  normal  0.918397 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1492  helicase domain protein  23.8 
 
 		 758 aa  64.3  0.000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0549  DEAD/H associated domain protein  24.29 
 
 		 943 aa  62.8  0.00000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0909316  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05514  DEAD/DEAH box DNA helicase (Mer3), putative (AFU_orthologue; AFUA_6G13080)  23.58 
 
 		 1385 aa  62.4  0.00000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.451829  normal  0.647308 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3388  DEAD/H associated domain protein  24.84 
 
 		 954 aa  62  0.00000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2425  DEAD/H associated domain protein  23.67 
 
 		 939 aa  61.2  0.00000006  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0750378  normal  0.0387243 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2108  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  24.23 
 
 		 832 aa  61.2  0.00000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.451486  normal  0.464159 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0594  DEAD/DEAH box helicase-like  24.86 
 
 		 898 aa  60.8  0.00000007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.198586  normal  0.152656 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5274  DEAD/DEAH box helicase domain protein  23.51 
 
 		 827 aa  60.8  0.00000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3053  DEAD/DEAH box helicase-like  21.5 
 
 		 1173 aa  60.8  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.554309 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0878  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  24.1 
 
 		 838 aa  60.1  0.0000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009368  OSTLU_43137  predicted protein  22.36 
 
 		 402 aa  60.1  0.0000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_54312  DNA-directed DNA polymerase  22.98 
 
 		 1942 aa  59.3  0.0000003  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.300419  normal  0.259296 
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_42332  predicted protein  22.84 
 
 		 1767 aa  59.3  0.0000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3781  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  24.07 
 
 		 876 aa  59.3  0.0000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.485646  normal  1 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_805  predicted protein  22.73 
 
 		 1175 aa  58.2  0.0000005  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.260379  n/a   
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5231  DEAD/H associated domain protein  25.15 
 
 		 946 aa  58.2  0.0000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0498  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  22.49 
 
 		 739 aa  58.2  0.0000006  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011689  PHATRDRAFT_39994  Mer3 meiotic cross-over helicase  21.67 
 
 		 1710 aa  57.8  0.0000007  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0773  DEAD/DEAH box helicase domain protein  23.64 
 
 		 835 aa  57.8  0.0000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1964  DEAD/DEAH box helicase domain protein  22.08 
 
 		 799 aa  57.8  0.0000008  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3508  ski2-like helicase  22.56 
 
 		 729 aa  57.4  0.0000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.197475  normal  0.39746 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1063  DEAD/DEAH box helicase domain protein  32.63 
 
 		 1032 aa  57.4  0.0000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1218  DEAD/DEAH box helicase-like protein  22.03 
 
 		 1053 aa  57.4  0.0000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.853055  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3604  DEAD/DEAH box helicase domain protein  22.66 
 
 		 803 aa  57.4  0.0000009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6720  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  21.14 
 
 		 1230 aa  57  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0266  DEAD/DEAH box helicase domain protein  24.66 
 
 		 715 aa  57  0.000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0732  DEAD/DEAH box helicase-like protein  21.35 
 
 		 944 aa  57  0.000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_16471  putative DNA helicase  23.79 
 
 		 908 aa  57  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1223  DEAD/DEAH box helicase domain protein  23.53 
 
 		 890 aa  56.2  0.000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4192  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  21.52 
 
 		 950 aa  56.2  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.443512  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1673  DEAD/DEAH box helicase domain protein  21.94 
 
 		 785 aa  56.6  0.000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6200  putative ATP-dependent helicase  22.79 
 
 		 830 aa  56.2  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0671676  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2501  ski2-like helicase  22.55 
 
 		 712 aa  56.2  0.000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1187  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32.95 
 
 		 1056 aa  55.8  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3073  DEAD/DEAH box helicase domain protein  20.99 
 
 		 762 aa  55.8  0.000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.650604  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2074  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  24.59 
 
 		 848 aa  55.8  0.000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0191  ATP-dependent RNA helicase SrmB  23.2 
 
 		 423 aa  55.8  0.000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2260  DEAD/DEAH box helicase-like  21.47 
 
 		 885 aa  55.5  0.000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00837381 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2702  ski2-like helicase  21.49 
 
 		 824 aa  55.5  0.000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006694  CNI02710  translation repressor, putative  37.17 
 
 		 1185 aa  55.1  0.000005  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.708185  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1102  ski2-like helicase  23.8 
 
 		 760 aa  54.7  0.000006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.0000000802157  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3065  DEAD/DEAH box helicase domain protein  23.88 
 
 		 847 aa  54.7  0.000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.220572  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3736  DEAD/DEAH box helicase domain protein  21.63 
 
 		 791 aa  54.3  0.000008  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1751  ski2-like helicase  22.51 
 
 		 726 aa  54.3  0.000008  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.356939  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3743  DSH domain protein  20.71 
 
 		 889 aa  53.5  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1815  DEAD/DEAH box helicase domain protein  23.69 
 
 		 847 aa  53.5  0.00001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000659674 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4778  DEAD/DEAH box helicase domain protein  22.08 
 
 		 861 aa  53.5  0.00001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_16571  putative DNA helicase  24.51 
 
 		 908 aa  53.9  0.00001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0698  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  23.08 
 
 		 747 aa  53.9  0.00001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.288055  n/a   
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_21388  predicted protein  21.73 
 
 		 2189 aa  52.8  0.00002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0338841  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2231  DEAD/DEAH box helicase domain protein  22.35 
 
 		 710 aa  52.8  0.00002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.588321  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3630  DEAD/DEAH box helicase-like  31.03 
 
 		 1173 aa  53.1  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.890362 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1600  DEAD/DEAH box helicase domain protein  25.35 
 
 		 1197 aa  52.8  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.616777  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0318  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  21.21 
 
 		 756 aa  52.8  0.00002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_04601  putative DNA helicase  21.08 
 
 		 924 aa  53.1  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3552  DEAD/DEAH box helicase domain protein  24.64 
 
 		 861 aa  53.1  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10920  superfamily II RNA helicase  22.63 
 
 		 869 aa  53.1  0.00002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.769865  normal  0.737548 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3488  DEAD/DEAH box helicase domain protein  24.64 
 
 		 861 aa  53.1  0.00002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.400672  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1750  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  22.73 
 
 		 931 aa  53.1  0.00002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00374519  normal  0.037221 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04059  DEAD/DEAH box helicase domain protein  20.77 
 
 		 1085 aa  52  0.00003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004445  ATP-dependent RNA helicase SrmB  21.67 
 
 		 407 aa  52.4  0.00003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0454053  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0478  DEAD/DEAH box helicase domain protein  34.88 
 
 		 952 aa  52.4  0.00003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0511  hypothetical protein  22.74 
 
 		 903 aa  52.4  0.00003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.51218 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2794  ski2-like helicase  22.74 
 
 		 727 aa  52.4  0.00003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  hitchhiker  0.00114406  normal  0.0559482 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1765  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  22.82 
 
 		 747 aa  52  0.00004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0952  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  22.32 
 
 		 916 aa  52  0.00004  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.111516 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1695  DEAD/DEAH box helicase domain protein  20.71 
 
 		 873 aa  52  0.00004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.558592  decreased coverage  0.000760063 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>