213 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_3112 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008709  Ping_3112  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family protein  100 
 
 
828 aa  1683    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.471561 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0855  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  26.13 
 
 
863 aa  189  2e-46  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.252083  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0859  dead/deah box helicase domain protein  26.13 
 
 
863 aa  189  2e-46  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000405293 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1150  DEAD/DEAH box helicase-like  24.05 
 
 
858 aa  182  2.9999999999999997e-44  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.794218  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19790  superfamily II helicase  31.87 
 
 
852 aa  167  5e-40  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3383  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  25.62 
 
 
868 aa  163  1e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.865687  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0511  DEAD/DEAH box helicase  24.05 
 
 
869 aa  156  2e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.396939  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4837  putative dead/deah box helicase domain protein  28.66 
 
 
849 aa  132  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.907663 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2426  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  28.54 
 
 
856 aa  124  8e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00467654  normal  0.444529 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1492  helicase domain protein  25.91 
 
 
758 aa  107  7e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2029  helicase domain-containing protein  29.76 
 
 
711 aa  104  6e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.434409  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3328  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  27.54 
 
 
717 aa  98.2  6e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.953553  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4880  helicase domain protein  25.75 
 
 
713 aa  94.7  7e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.756208 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0698  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  30.03 
 
 
747 aa  90.1  1e-16  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.288055  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0560  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  26.94 
 
 
707 aa  89  4e-16  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0138  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  28.96 
 
 
746 aa  87  0.000000000000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.0326457 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0937  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  28.46 
 
 
707 aa  86.7  0.000000000000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0865986  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1765  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  29.75 
 
 
747 aa  85.9  0.000000000000003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1280  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  27.27 
 
 
707 aa  85.9  0.000000000000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0243  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  27.15 
 
 
709 aa  85.9  0.000000000000003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0781  helicase-like  27.13 
 
 
699 aa  85.5  0.000000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.137503  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1048  helicase domain protein  24.67 
 
 
729 aa  84.3  0.000000000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1659  DEAD/DEAH box helicase domain protein  22.86 
 
 
800 aa  83.6  0.00000000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2501  ski2-like helicase  25 
 
 
712 aa  83.6  0.00000000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1673  DEAD/DEAH box helicase domain protein  23.6 
 
 
785 aa  82.4  0.00000000000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2007  DEAD/DEAH box helicase domain protein  22.74 
 
 
1054 aa  82.4  0.00000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.66697 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2375  ATP-dependent helicase, DEAD/DEAH box family  22.74 
 
 
1054 aa  82.4  0.00000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3604  DEAD/DEAH box helicase domain protein  23.45 
 
 
803 aa  80.1  0.0000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0627  DEAD/DEAH box helicase-like  20.53 
 
 
926 aa  80.1  0.0000000000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.675765  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_16471  putative DNA helicase  24.36 
 
 
908 aa  79.7  0.0000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0662  DEAD/DEAH box helicase domain protein  25.93 
 
 
1032 aa  79.3  0.0000000000003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2042  DEAD/DEAH box helicase-like  20.92 
 
 
924 aa  79.3  0.0000000000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0228  hypothetical protein  25.54 
 
 
703 aa  78.6  0.0000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.515095  normal  0.0720823 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1218  DEAD/DEAH box helicase-like protein  22.76 
 
 
1053 aa  79  0.0000000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.853055  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04059  DEAD/DEAH box helicase domain protein  24.16 
 
 
1085 aa  78.6  0.0000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2794  ski2-like helicase  26.59 
 
 
727 aa  77.8  0.0000000000008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  hitchhiker  0.00114406  normal  0.0559482 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2458  ski2-like helicase  25.07 
 
 
723 aa  77.4  0.000000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4384  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  22.96 
 
 
1166 aa  76.6  0.000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0169007  normal  0.744052 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1751  ski2-like helicase  25.22 
 
 
726 aa  76.3  0.000000000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.356939  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2508  DEAD/DEAH box helicase domain protein  24.13 
 
 
780 aa  76.6  0.000000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.540661  normal  0.377809 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0030  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  27.13 
 
 
751 aa  75.9  0.000000000003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1187  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  23.21 
 
 
1056 aa  75.5  0.000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2466  ski2-like helicase  24.23 
 
 
799 aa  73.2  0.00000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00000652564  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2702  ski2-like helicase  22.83 
 
 
824 aa  73.2  0.00000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_16691  putative DNA helicase  23.36 
 
 
908 aa  73.2  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2649  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.51 
 
 
267 aa  73.6  0.00000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3630  DEAD/DEAH box helicase-like  23.42 
 
 
1173 aa  72.4  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.890362 
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_21388  predicted protein  24.18 
 
 
2189 aa  72  0.00000000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0338841  n/a   
 
 
-
 
NC_006691  CNF04330  pre-mRNA splicing factor, putative  24.46 
 
 
2152 aa  72  0.00000000005  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.743243  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3743  DSH domain protein  23.6 
 
 
889 aa  71.6  0.00000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3461  DSH-like  21.93 
 
 
905 aa  70.9  0.0000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3171  DEAD/DEAH box helicase domain protein  20.9 
 
 
817 aa  70.5  0.0000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.106755  normal  0.84372 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3508  ski2-like helicase  22.69 
 
 
729 aa  69.7  0.0000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.197475  normal  0.39746 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_16571  putative DNA helicase  22.87 
 
 
908 aa  70.1  0.0000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1560  DEAD/DEAH box helicase-like  22.68 
 
 
908 aa  69.3  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.14763  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1245  DEAD/DEAH box helicase domain protein  21.95 
 
 
845 aa  68.9  0.0000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3053  DEAD/DEAH box helicase-like  23.19 
 
 
1173 aa  68.2  0.0000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.554309 
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_42332  predicted protein  21.91 
 
 
1767 aa  67.8  0.0000000007  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1793  helicase-like protein  22.85 
 
 
882 aa  67.8  0.0000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0319232  normal  0.918397 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_04601  putative DNA helicase  21.03 
 
 
924 aa  67.8  0.0000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009368  OSTLU_43137  predicted protein  23.12 
 
 
402 aa  67.8  0.0000000008  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3073  DEAD/DEAH box helicase domain protein  20.76 
 
 
762 aa  67.4  0.0000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.650604  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0401  DEAD/DEAH box helicase domain protein  25.07 
 
 
694 aa  66.2  0.000000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0671  DEAD/DEAH box helicase domain protein  23.59 
 
 
807 aa  66.6  0.000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.44544  normal  0.434553 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_31874  predicted protein  23.21 
 
 
1060 aa  66.2  0.000000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.630707 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1964  DEAD/DEAH box helicase domain protein  22.72 
 
 
799 aa  66.2  0.000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4864  DEAD/DEAH box helicase domain protein  24.8 
 
 
1004 aa  65.5  0.000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.188606  normal  0.603613 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0266  DEAD/DEAH box helicase domain protein  23.92 
 
 
715 aa  65.1  0.000000005  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0947  hypothetical protein  23.24 
 
 
1051 aa  65.1  0.000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0339095  normal 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_51353  RNA helicase-related protein required for pre-mRNA splicing  23.04 
 
 
2111 aa  65.1  0.000000006  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011689  PHATRDRAFT_39994  Mer3 meiotic cross-over helicase  23.24 
 
 
1710 aa  64.3  0.000000008  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1324  DEAD/DEAH box helicase-like  21.59 
 
 
919 aa  64.3  0.000000008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0091  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  25.51 
 
 
1265 aa  64.3  0.000000009  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_02739  DNA-directed DNA polymerase theta, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G05260)  21.43 
 
 
901 aa  63.9  0.00000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.539021  normal  0.18376 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1455  DEAD/DEAH box helicase domain protein  31.51 
 
 
430 aa  62.8  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3736  DEAD/DEAH box helicase domain protein  21.18 
 
 
791 aa  62.8  0.00000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1207  DEAD/DEAH box helicase domain protein  21.57 
 
 
662 aa  62.8  0.00000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  unclonable  0.00000229661  hitchhiker  0.00000914405 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1102  ski2-like helicase  23.45 
 
 
760 aa  60.8  0.00000009  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.0000000802157  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_10194  pre-mRNA splicing helicase, putative (AFU_orthologue; AFUA_8G04740)  19.86 
 
 
2208 aa  59.7  0.0000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3167  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  22.38 
 
 
919 aa  59.7  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0976741  hitchhiker  0.00000193784 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1063  DEAD/DEAH box helicase domain protein  22.39 
 
 
1032 aa  59.7  0.0000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18660  superfamily II RNA helicase  22.86 
 
 
853 aa  60.1  0.0000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.103147  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0498  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  21.49 
 
 
739 aa  58.9  0.0000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_44002  predicted protein  22.42 
 
 
2157 aa  58.2  0.0000006  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.507692  normal  0.466679 
 
 
-
 
NC_006694  CNI00970  DNA helicase, putative  21.14 
 
 
1465 aa  57.8  0.0000007  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.530754  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5115  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  21.79 
 
 
1205 aa  57.8  0.0000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_25  predicted protein  23.23 
 
 
1589 aa  57.4  0.0000009  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5274  DEAD/DEAH box helicase domain protein  22.95 
 
 
827 aa  57.8  0.0000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1374  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  21.64 
 
 
700 aa  57.8  0.0000009  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.0378845 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0689  ski2-like helicase  22.14 
 
 
808 aa  57.4  0.000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.167802 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2083  DSH domain protein  33.33 
 
 
516 aa  56.2  0.000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00750043  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1695  DEAD/DEAH box helicase domain protein  23.18 
 
 
873 aa  56.2  0.000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.558592  decreased coverage  0.000760063 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0800  ski2-like helicase  22.92 
 
 
693 aa  56.6  0.000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_49799  predicted protein  23.02 
 
 
933 aa  56.2  0.000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.238463 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3396  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  23.04 
 
 
832 aa  55.8  0.000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.17865  normal  0.487568 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1151  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.33 
 
 
706 aa  56.2  0.000003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  decreased coverage  2.46627e-18 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1672  superfamily II helicase-like protein  21.13 
 
 
1165 aa  55.8  0.000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.406776 
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_34768  predicted protein  39.08 
 
 
874 aa  55.8  0.000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0821301  normal  0.252993 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0112  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  19.81 
 
 
710 aa  55.8  0.000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.757622  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2260  DEAD/DEAH box helicase-like  20.49 
 
 
885 aa  55.5  0.000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00837381 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>