55 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2473 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2473  tetratricopeptide domain-containing protein  100 
 
 		 415 aa  841    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0521171  hitchhiker  0.0000640342 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3074  tetratricopeptide domain-containing protein  78.45 
 
 		 419 aa  664    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000446325  hitchhiker  0.000106629 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1576  tetratricopeptide domain-containing protein  75.3 
 
 		 419 aa  632  1e-180  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0116685  normal  0.0709057 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2621  tetratricopeptide domain-containing protein  72.53 
 
 		 415 aa  625  1e-178  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.15781  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2621  TPR repeat-containing protein  71.08 
 
 		 415 aa  615  1e-175  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.669911  hitchhiker  0.00000025253 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1630  TPR repeat-containing protein  70.6 
 
 		 415 aa  615  1e-175  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.298427  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1645  TPR repeat-containing protein  70.12 
 
 		 415 aa  612  9.999999999999999e-175  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.300353  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2529  TPR repeat-containing protein  70.6 
 
 		 415 aa  612  9.999999999999999e-175  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.159462  unclonable  0.0000288017 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2459  TPR repeat-containing protein  70.6 
 
 		 415 aa  613  9.999999999999999e-175  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.230819  hitchhiker  0.0000000140637 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2420  tetratricopeptide region  70.84 
 
 		 415 aa  607  1e-173  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0369849  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2713  Tetratricopeptide domain protein  69.88 
 
 		 415 aa  609  1e-173  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0190372  decreased coverage  0.0000000186739 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1667  TPR repeat-containing protein  70.36 
 
 		 414 aa  609  1e-173  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.854657  normal  0.154898 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2647  tetratricopeptide domain-containing protein  73.25 
 
 		 415 aa  606  9.999999999999999e-173  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0256844  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1829  TPR domain-containing protein  70.12 
 
 		 415 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1522  TPR repeat-containing protein  69.71 
 
 		 414 aa  597  1e-169  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1259  TPR domain-containing protein  64.27 
 
 		 416 aa  536  1e-151  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.644496  hitchhiker  0.000203167 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2985  TPR repeat-containing protein  40.39 
 
 		 419 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.252966  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02809  TPR domain protein  40.34 
 
 		 423 aa  289  5.0000000000000004e-77  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3751  TPR domain-containing protein  37.91 
 
 		 431 aa  285  1.0000000000000001e-75  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.591337  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0116  hypothetical protein  29.41 
 
 		 400 aa  139  1e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001861  tPR domain protein putative component of TonB system  26.55 
 
 		 407 aa  133  6.999999999999999e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000843  tPR domain protein putative component of TonB system  28.18 
 
 		 390 aa  126  7e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06755  hypothetical protein  27.84 
 
 		 390 aa  122  9.999999999999999e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00632  hypothetical protein  23.91 
 
 		 404 aa  117  3e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1149  hypothetical protein  28.67 
 
 		 392 aa  111  2.0000000000000002e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.635742  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1065  tetratricopeptide TPR_2  25.06 
 
 		 447 aa  110  5e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03430  putative unknown membrane associated protein  25.43 
 
 		 441 aa  106  7e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0357  putative PAS/PAC sensor protein  28.38 
 
 		 446 aa  93.2  7e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.302705  normal  0.695639 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3971  TPR domain-containing protein  23.82 
 
 		 454 aa  88.2  3e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0611  TPR repeat-containing protein  23.57 
 
 		 428 aa  77.4  0.0000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000267471  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0874  tetratricopeptide domain-containing protein  21.43 
 
 		 510 aa  73.2  0.000000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0007  TPR repeat-containing protein  21.79 
 
 		 395 aa  66.2  0.000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0101354 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0008  TPR repeat-containing protein  23.12 
 
 		 397 aa  62.8  0.00000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0875  hypothetical protein  19.52 
 
 		 492 aa  57.4  0.0000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0008  hypothetical protein  22.07 
 
 		 397 aa  55.8  0.000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3867  hypothetical protein  24.67 
 
 		 365 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.492379  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03477  tetratricopeptide repeat domain protein  20.92 
 
 		 397 aa  52  0.00002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1356  beta-lactamase domain-containing protein  25.73 
 
 		 833 aa  48.9  0.0002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0447  TPR domain-containing protein  22.84 
 
 		 992 aa  48.5  0.0002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000620141  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2395  hypothetical protein  31.62 
 
 		 213 aa  47.8  0.0003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2073  TPR domain-containing protein  25.83 
 
 		 417 aa  47.4  0.0004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0409184  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0213  TPR repeat-containing protein  29.59 
 
 		 409 aa  47.4  0.0005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1318  TPR repeat-containing protein  28.4 
 
 		 534 aa  46.6  0.0008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.00000000693072  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2073  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  26.79 
 
 		 214 aa  46.2  0.001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0814777  normal  0.412873 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0901  TPR repeat-containing protein  26.53 
 
 		 409 aa  45.8  0.001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3146  TonB family protein  26.58 
 
 		 223 aa  45.1  0.002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00104452  normal  0.89985 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0693  TPR repeat-containing protein  23.83 
 
 		 395 aa  44.7  0.003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0712051  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1770  TPR repeat-containing protein  25.53 
 
 		 393 aa  44.7  0.004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.452955  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1699  TPR repeat-containing protein  26.26 
 
 		 409 aa  43.9  0.005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.52405  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0133  TPR repeat-containing protein  23.57 
 
 		 393 aa  43.9  0.005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.310931  normal  0.0473724 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2048  TPR repeat-containing protein  27.68 
 
 		 573 aa  44.3  0.005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.732994  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5004  hypothetical protein  21.56 
 
 		 396 aa  43.9  0.005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.126109 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0520  TPR repeat-containing protein  26.38 
 
 		 621 aa  43.9  0.006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1333  TPR repeat-containing protein  30.33 
 
 		 288 aa  43.9  0.006  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.433409  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1841  TPR repeat-containing protein  23.08 
 
 		 3035 aa  43.5  0.007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>