45 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1576 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1576  tetratricopeptide domain-containing protein  100 
 
 		 419 aa  854    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0116685  normal  0.0709057 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3074  tetratricopeptide domain-containing protein  79.24 
 
 		 419 aa  682    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000446325  hitchhiker  0.000106629 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2621  tetratricopeptide domain-containing protein  77.33 
 
 		 415 aa  655    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.15781  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2473  tetratricopeptide domain-containing protein  76.06 
 
 		 415 aa  622  1e-177  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0521171  hitchhiker  0.0000640342 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2647  tetratricopeptide domain-containing protein  74.58 
 
 		 415 aa  617  1e-175  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0256844  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2420  tetratricopeptide region  71.36 
 
 		 415 aa  612  9.999999999999999e-175  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0369849  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1667  TPR repeat-containing protein  71.6 
 
 		 414 aa  610  1e-173  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.854657  normal  0.154898 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1630  TPR repeat-containing protein  71.43 
 
 		 415 aa  604  9.999999999999999e-173  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.298427  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1522  TPR repeat-containing protein  71.91 
 
 		 414 aa  605  9.999999999999999e-173  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2529  TPR repeat-containing protein  72.44 
 
 		 415 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.159462  unclonable  0.0000288017 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1645  TPR repeat-containing protein  71.67 
 
 		 415 aa  604  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.300353  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2459  TPR repeat-containing protein  71.95 
 
 		 415 aa  600  1e-170  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.230819  hitchhiker  0.0000000140637 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2713  Tetratricopeptide domain protein  70.95 
 
 		 415 aa  600  1e-170  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0190372  decreased coverage  0.0000000186739 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2621  TPR repeat-containing protein  71.43 
 
 		 415 aa  600  1e-170  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.669911  hitchhiker  0.00000025253 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1829  TPR domain-containing protein  71.57 
 
 		 415 aa  588  1e-167  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1259  TPR domain-containing protein  64.68 
 
 		 416 aa  529  1e-149  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.644496  hitchhiker  0.000203167 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2985  TPR repeat-containing protein  40.38 
 
 		 419 aa  299  5e-80  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.252966  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02809  TPR domain protein  39.24 
 
 		 423 aa  287  2.9999999999999996e-76  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3751  TPR domain-containing protein  39.13 
 
 		 431 aa  280  3e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.591337  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0116  hypothetical protein  28.5 
 
 		 400 aa  127  2.0000000000000002e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06755  hypothetical protein  28.75 
 
 		 390 aa  120  3.9999999999999996e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000843  tPR domain protein putative component of TonB system  26.98 
 
 		 390 aa  116  8.999999999999998e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001861  tPR domain protein putative component of TonB system  24.03 
 
 		 407 aa  110  5e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00632  hypothetical protein  25 
 
 		 404 aa  106  8e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1065  tetratricopeptide TPR_2  24.42 
 
 		 447 aa  101  2e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1149  hypothetical protein  25.62 
 
 		 392 aa  98.6  2e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.635742  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0357  putative PAS/PAC sensor protein  28.67 
 
 		 446 aa  90.9  4e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.302705  normal  0.695639 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3971  TPR domain-containing protein  22.86 
 
 		 454 aa  90.5  5e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03430  putative unknown membrane associated protein  26.58 
 
 		 441 aa  90.1  7e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0611  TPR repeat-containing protein  23.33 
 
 		 428 aa  84.3  0.000000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000267471  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0874  tetratricopeptide domain-containing protein  23.42 
 
 		 510 aa  70.5  0.00000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0008  TPR repeat-containing protein  21.16 
 
 		 397 aa  62.4  0.00000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0875  hypothetical protein  20.61 
 
 		 492 aa  62  0.00000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0008  hypothetical protein  22.19 
 
 		 397 aa  58.9  0.0000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0007  TPR repeat-containing protein  20.45 
 
 		 395 aa  52.4  0.00001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0101354 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2153  TPR repeat-containing protein  28.46 
 
 		 448 aa  48.5  0.0002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.569131  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03477  tetratricopeptide repeat domain protein  21.8 
 
 		 397 aa  48.1  0.0003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2032  TPR repeat-containing protein  26.37 
 
 		 883 aa  45.8  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.192732  normal  0.125101 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3867  hypothetical protein  21.69 
 
 		 365 aa  44.3  0.004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.492379  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2048  TPR repeat-containing protein  33.03 
 
 		 573 aa  44.3  0.004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.732994  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1356  beta-lactamase domain-containing protein  22.86 
 
 		 833 aa  43.9  0.005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1699  TPR repeat-containing protein  25 
 
 		 409 aa  43.9  0.006  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.52405  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1620  hypothetical protein  21.47 
 
 		 399 aa  43.9  0.006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.583527  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2439  TPR repeat-containing protein  27.97 
 
 		 448 aa  43.5  0.007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0207467  normal  0.980065 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0035  TPR repeat-containing protein  25.83 
 
 		 402 aa  43.1  0.01  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.446314  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>