37 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_3971 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_3971  TPR domain-containing protein  100 
 
 		 454 aa  932    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1065  tetratricopeptide TPR_2  43.14 
 
 		 447 aa  340  2.9999999999999998e-92  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03430  putative unknown membrane associated protein  38.9 
 
 		 441 aa  313  3.9999999999999997e-84  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0357  putative PAS/PAC sensor protein  28.57 
 
 		 446 aa  159  1e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.302705  normal  0.695639 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00632  hypothetical protein  26.01 
 
 		 404 aa  141  1.9999999999999998e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001861  tPR domain protein putative component of TonB system  26.52 
 
 		 407 aa  140  3.9999999999999997e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0611  TPR repeat-containing protein  26.91 
 
 		 428 aa  118  1.9999999999999998e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000267471  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02809  TPR domain protein  26.38 
 
 		 423 aa  119  1.9999999999999998e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3751  TPR domain-containing protein  28.33 
 
 		 431 aa  112  1.0000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.591337  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2985  TPR repeat-containing protein  25.48 
 
 		 419 aa  111  3e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.252966  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1667  TPR repeat-containing protein  22.49 
 
 		 414 aa  100  8e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.854657  normal  0.154898 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1630  TPR repeat-containing protein  23.46 
 
 		 415 aa  99  1e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.298427  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0874  tetratricopeptide domain-containing protein  21.62 
 
 		 510 aa  99.4  1e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1645  TPR repeat-containing protein  23.85 
 
 		 415 aa  98.2  3e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.300353  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2459  TPR repeat-containing protein  24.45 
 
 		 415 aa  98.2  3e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.230819  hitchhiker  0.0000000140637 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1829  TPR domain-containing protein  24.45 
 
 		 415 aa  98.2  3e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2621  TPR repeat-containing protein  22.98 
 
 		 415 aa  97.8  4e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.669911  hitchhiker  0.00000025253 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2713  Tetratricopeptide domain protein  23.46 
 
 		 415 aa  97.8  4e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0190372  decreased coverage  0.0000000186739 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2621  tetratricopeptide domain-containing protein  26.01 
 
 		 415 aa  95.9  1e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.15781  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2529  TPR repeat-containing protein  23.9 
 
 		 415 aa  95.5  2e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.159462  unclonable  0.0000288017 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1576  tetratricopeptide domain-containing protein  22.86 
 
 		 419 aa  90.9  4e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0116685  normal  0.0709057 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1522  TPR repeat-containing protein  23.67 
 
 		 414 aa  90.5  6e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2420  tetratricopeptide region  23.13 
 
 		 415 aa  89.7  1e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0369849  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2647  tetratricopeptide domain-containing protein  24.25 
 
 		 415 aa  88.6  2e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0256844  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3074  tetratricopeptide domain-containing protein  22.43 
 
 		 419 aa  88.6  2e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000446325  hitchhiker  0.000106629 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2473  tetratricopeptide domain-containing protein  23.82 
 
 		 415 aa  88.2  3e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0521171  hitchhiker  0.0000640342 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1259  TPR domain-containing protein  20.37 
 
 		 416 aa  73.6  0.000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.644496  hitchhiker  0.000203167 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1149  hypothetical protein  26.11 
 
 		 392 aa  69.3  0.0000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.635742  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0116  hypothetical protein  27.3 
 
 		 400 aa  63.9  0.000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0875  hypothetical protein  22.84 
 
 		 492 aa  60.1  0.00000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3867  hypothetical protein  21.87 
 
 		 365 aa  58.2  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.492379  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2343  hypothetical protein  23.53 
 
 		 452 aa  54.3  0.000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.69253  hitchhiker  0.00990009 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06755  hypothetical protein  22.14 
 
 		 390 aa  51.6  0.00003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2091  hypothetical protein  21.36 
 
 		 415 aa  51.6  0.00003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.030072  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0844  hypothetical protein  26.71 
 
 		 744 aa  44.3  0.005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0481694  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000843  tPR domain protein putative component of TonB system  21.14 
 
 		 390 aa  44.3  0.005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0007  TPR repeat-containing protein  23.64 
 
 		 395 aa  43.9  0.006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0101354 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>