33 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3867 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3867  hypothetical protein  100 
 
 		 365 aa  709    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.492379  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1065  tetratricopeptide TPR_2  25.31 
 
 		 447 aa  73.6  0.000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001861  tPR domain protein putative component of TonB system  22.89 
 
 		 407 aa  70.1  0.00000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0874  tetratricopeptide domain-containing protein  25.65 
 
 		 510 aa  65.9  0.000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000843  tPR domain protein putative component of TonB system  24.64 
 
 		 390 aa  64.7  0.000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00632  hypothetical protein  21.92 
 
 		 404 aa  64.3  0.000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03430  putative unknown membrane associated protein  22.11 
 
 		 441 aa  63.9  0.000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0611  TPR repeat-containing protein  23.38 
 
 		 428 aa  63.5  0.000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000267471  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3971  TPR domain-containing protein  21.87 
 
 		 454 aa  60.8  0.00000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3751  TPR domain-containing protein  22.73 
 
 		 431 aa  59.7  0.00000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.591337  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1667  TPR repeat-containing protein  24.56 
 
 		 414 aa  58.9  0.0000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.854657  normal  0.154898 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1630  TPR repeat-containing protein  25.62 
 
 		 415 aa  58.5  0.0000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.298427  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0116  hypothetical protein  27.1 
 
 		 400 aa  58.5  0.0000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1522  TPR repeat-containing protein  25.24 
 
 		 414 aa  58.2  0.0000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2621  TPR repeat-containing protein  24.05 
 
 		 415 aa  58.5  0.0000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.669911  hitchhiker  0.00000025253 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2647  tetratricopeptide domain-containing protein  23.74 
 
 		 415 aa  57.8  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0256844  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06755  hypothetical protein  23.8 
 
 		 390 aa  57.8  0.0000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0357  putative PAS/PAC sensor protein  22.84 
 
 		 446 aa  57  0.0000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.302705  normal  0.695639 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1645  TPR repeat-containing protein  25.18 
 
 		 415 aa  57  0.0000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.300353  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2713  Tetratricopeptide domain protein  24.44 
 
 		 415 aa  56.6  0.0000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0190372  decreased coverage  0.0000000186739 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2529  TPR repeat-containing protein  24.39 
 
 		 415 aa  56.6  0.0000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.159462  unclonable  0.0000288017 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1829  TPR domain-containing protein  24.06 
 
 		 415 aa  55.8  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2459  TPR repeat-containing protein  24.04 
 
 		 415 aa  55.1  0.000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.230819  hitchhiker  0.0000000140637 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2473  tetratricopeptide domain-containing protein  24.67 
 
 		 415 aa  52.8  0.000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0521171  hitchhiker  0.0000640342 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2985  TPR repeat-containing protein  21.53 
 
 		 419 aa  52.4  0.00001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.252966  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2621  tetratricopeptide domain-containing protein  25.62 
 
 		 415 aa  47.8  0.0003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.15781  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2478  TPR repeat-containing protein  33.04 
 
 		 884 aa  47.8  0.0003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.599046  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2420  tetratricopeptide region  21.99 
 
 		 415 aa  46.6  0.0006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0369849  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02809  TPR domain protein  23.9 
 
 		 423 aa  46.2  0.001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1149  hypothetical protein  26.59 
 
 		 392 aa  44.7  0.003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.635742  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1576  tetratricopeptide domain-containing protein  21.69 
 
 		 419 aa  44.3  0.004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0116685  normal  0.0709057 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0875  hypothetical protein  28.45 
 
 		 492 aa  43.5  0.005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0828  TPR repeat-containing protein  28.43 
 
 		 886 aa  43.1  0.008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>